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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39478 | |||||||||
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タイトル | Structure of Aquifex aeolicus Lumazine Synthase by Cryo-Electron Microscopy to 1.42 Angstrom Resolution | |||||||||
マップデータ | Post processed map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Enzyme involved in riboflavin biosynthesis / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.42 Å | |||||||||
データ登録者 | Savva CG / Sobhy M / De Biasio A / Hamdan SM | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2024 タイトル: Structure of Aquifex aeolicus lumazine synthase by cryo-electron microscopy to 1.42 Å resolution. 著者: Christos G Savva / Mohamed A Sobhy / Alfredo De Biasio / Samir M Hamdan / 要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become an essential structural determination technique with recent hardware developments making it possible to reach atomic resolution, at which ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) has become an essential structural determination technique with recent hardware developments making it possible to reach atomic resolution, at which individual atoms, including hydrogen atoms, can be resolved. In this study, we used the enzyme involved in the penultimate step of riboflavin biosynthesis as a test specimen to benchmark a recently installed microscope and determine if other protein complexes could reach a resolution of 1.5 Å or better, which so far has only been achieved for the iron carrier ferritin. Using state-of-the-art microscope and detector hardware as well as the latest software techniques to overcome microscope and sample limitations, a 1.42 Å map of Aquifex aeolicus lumazine synthase (AaLS) was obtained from a 48 h microscope session. In addition to water molecules and ligands involved in the function of AaLS, we can observe positive density for ∼50% of the hydrogen atoms. A small improvement in the resolution was achieved by Ewald sphere correction which was expected to limit the resolution to ∼1.5 Å for a molecule of this diameter. Our study confirms that other protein complexes can be solved to near-atomic resolution. Future improvements in specimen preparation and protein complex stabilization may allow more flexible macromolecules to reach this level of resolution and should become a priority of study in the field. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39478.map.gz | 165.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39478-v30.xml emd-39478.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_39478_fsc.xml | 24.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_39478.png | 229.5 KB | ||
マスクデータ | emd_39478_msk_1.map | 1.3 GB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-39478.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_39478_half_map_1.map.gz emd_39478_half_map_2.map.gz | 1 GB 1 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39478 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39478 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39478_validation.pdf.gz | 657.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39478_full_validation.pdf.gz | 657.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39478_validation.xml.gz | 32.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39478_validation.cif.gz | 43.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39478 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39478 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8yt4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39478.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post processed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.4553 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_39478_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_39478_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_39478_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Aquifex aeolicus Lumazine Synthase
全体 | 名称: Aquifex aeolicus Lumazine Synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: Aquifex aeolicus Lumazine Synthase
超分子 | 名称: Aquifex aeolicus Lumazine Synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 1.065 MDa |
-分子 #1: Lumazine synthase
分子 | 名称: Lumazine synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQIYEGKLTA EGLRFGIVAS RFNHALVDRL VEGAIDCIVR HGGREEDITL VRVPGSWEIP VAAGELARK EDIDAVIAIG VLIRGATPHF DYIASEVSKG LANLSLELRK PITFGVITAD T LEQAIERA GTKHGNKGWE AALSAIEMAN LFKSLRWSHP QFEK UniProtKB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.75 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris pH 7.5, 150mM NaCl and 1mM DTT |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 30 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot time: 3 sec Wait time: 0 sec. |
詳細 | In buffer 20mM Tris pH 7.5, 150mM NaCl and 1mM DTT |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12657 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8yt4: |