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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39238 | |||||||||
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タイトル | The early intermediate structure of baculovirus fusion protein GP64 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modulation by virus of host process / membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral budding from plasma membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Du D / Guo J / Li S | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural transition of GP64 triggered by a pH-sensitive multi-histidine switch. 著者: Jinliang Guo / Shangrong Li / Lisha Bai / Huimin Zhao / Wenyu Shang / Zhaojun Zhong / Tuerxunjiang Maimaiti / Xueyan Gao / Ning Ji / Yanjie Chao / Zhaofei Li / Dijun Du / 要旨: The fusion of viruses with cellular membranes is a critical step in the life cycle of enveloped viruses. This process is facilitated by viral fusion proteins, many of which are conformationally pH- ...The fusion of viruses with cellular membranes is a critical step in the life cycle of enveloped viruses. This process is facilitated by viral fusion proteins, many of which are conformationally pH-sensitive. The specifics of how changes in pH initiate this fusion have remained largely elusive. This study presents the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of a prototype class III fusion protein, GP64, in its prefusion and early intermediate states, revealing the structural intermediates accompanying the membrane fusion process. The structures identify the involvement of a pH-sensitive switch, comprising H23, H245, and H304, in sensing the low pH that triggers the initial step of membrane fusion. The pH sensing role of this switch is corroborated by assays of cell-cell syncytium formation and dual dye-labeling. The findings demonstrate that coordination between multiple histidine residues acts as a pH sensor and activator. The involvement of a multi-histidine switch in viral fusion is applicable to fusogens of human-infecting thogotoviruses and other viruses, which could lead to strategies for developing anti-viral therapies and vaccines. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39238.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39238-v30.xml emd-39238.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_39238_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_39238.png | 54.8 KB | ||
マスクデータ | emd_39238_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-39238.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_39238_half_map_1.map.gz emd_39238_half_map_2.map.gz | 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39238 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39238 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39238_validation.pdf.gz | 704.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39238_full_validation.pdf.gz | 703.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39238_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39238_validation.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39238 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39238 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8yg8MC 8yg6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39238.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_39238_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GP64
全体 | 名称: GP64 |
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要素 |
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-超分子 #1: GP64
超分子 | 名称: GP64 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス) |
-分子 #1: Major envelope glycoprotein
分子 | 名称: Major envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 53.338871 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: HCNAQMKTGP YKIKNLDITP PKETLQKDVE ITIVETDYNE NVIIGYKGYY QAYAYNGGSL DPNTRVEETM KTLNVGKEDL LMWSIRQQC EVGEELIDRW GSDSDDCFRD NEGRGQWVKG KELVKRQNNN HFAHHTCNKS WRCGISTSKM YSRLECQDDT D ECQVYILD ...文字列: HCNAQMKTGP YKIKNLDITP PKETLQKDVE ITIVETDYNE NVIIGYKGYY QAYAYNGGSL DPNTRVEETM KTLNVGKEDL LMWSIRQQC EVGEELIDRW GSDSDDCFRD NEGRGQWVKG KELVKRQNNN HFAHHTCNKS WRCGISTSKM YSRLECQDDT D ECQVYILD AEGNPINVTV DTVLHRDGVS MILKQKSTFT TRQIKAACLL IKDDKNNPES VTREHCLIDN DIYDLSKNTW NC KFNRCIK RKVEHRVKKR PPTWRHNVRA KYTEGDTATK GDLMHIQEEL MYENDLLKMN IELMHAHINK LNNMLHDLIV SVA KVDERL IGNLMNNSVS STFLSDDTFL LMPCTNPPAH TSNCYNNSIY KEGRWVANTD SSQCIDFSNY KELAIDDDVE FWIP TIGNT TYHDSWKDAS GWSFIAQQKS NLITTMENTK FGGVGTSLSD ITSMAEGELA AKLTSFMFGH UniProtKB: Major envelope glycoprotein |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.02 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |