[日本語] English
万見
- EMDB-39211: Cryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39211
タイトルCryo EM structure of Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex
    • タンパク質・ペプチド: 5'-3' exoribonuclease
    • タンパク質・ペプチド: Decapping nuclease
    • タンパク質・ペプチド: Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein
キーワードtranscription termination / RNA polymerase II / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclease activity / mRNA 3'-end processing / exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA polymerase II C-terminal domain binding / DNA-templated transcription termination ...mRNA 5'-diphosphatase activity / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / nuclease activity / mRNA 3'-end processing / exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA polymerase II C-terminal domain binding / DNA-templated transcription termination / mRNA processing / rRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleic acid binding / nucleotide binding / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / 5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease ...: / 5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / RAI1-like / RAI1-like family / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / ENTH/VHS
類似検索 - ドメイン・相同性
Decapping nuclease / Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein / 5'-3' exoribonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella phaffii (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Yanagisawa T / Murayama Y / Ehara H / Sekine SI
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of eukaryotic transcription termination by the Rat1 exonuclease complex.
著者: Tatsuo Yanagisawa / Yuko Murayama / Haruhiko Ehara / Mie Goto / Mari Aoki / Shun-Ichi Sekine /
要旨: The 5´-3´ exoribonuclease Rat1/Xrn2 is responsible for the termination of eukaryotic mRNA transcription by RNAPII. Rat1 forms a complex with its partner proteins, Rai1 and Rtt103, and acts as a ...The 5´-3´ exoribonuclease Rat1/Xrn2 is responsible for the termination of eukaryotic mRNA transcription by RNAPII. Rat1 forms a complex with its partner proteins, Rai1 and Rtt103, and acts as a "torpedo" to bind transcribing RNAPII and dissociate DNA/RNA from it. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the Rat1-Rai1-Rtt103 complex and three Rat1-Rai1-associated RNAPII complexes (type-1, type-1b, and type-2) from the yeast, Komagataella phaffii. The Rat1-Rai1-Rtt103 structure revealed that Rat1 and Rai1 form a heterotetramer with a single Rtt103 bound between two Rai1 molecules. In the type-1 complex, Rat1-Rai1 forms a heterodimer and binds to the RNA exit site of RNAPII to extract RNA into the Rat1 exonuclease active site. This interaction changes the RNA path in favor of termination (the "pre-termination" state). The type-1b and type-2 complexes have no bound DNA/RNA, likely representing the "post-termination" states. These structures illustrate the termination mechanism of eukaryotic mRNA transcription.
履歴
登録2024年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2024年9月25日-
現状2024年9月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_39211.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39211.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.49 Å/pix.
x 200 pix.
= 298.8 Å		1.49 Å/pix.
x 200 pix.
= 298.8 Å		1.49 Å/pix.
x 200 pix.
= 298.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.494 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0144
最小 - 最大-0.04789768 - 0.122454494
平均 (標準偏差)0.00004000738 (±0.0039564962)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_39211_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39211_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex

全体名称: Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex
要素
  • 複合体: Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex
    • タンパク質・ペプチド: 5'-3' exoribonuclease
    • タンパク質・ペプチド: Decapping nuclease
    • タンパク質・ペプチド: Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein

-
超分子 #1: Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex

超分子名称: Komagataella phaffii Rat1-Rai1-Rtt103 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)

-
分子 #1: 5'-3' exoribonuclease

分子名称: 5'-3' exoribonuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 115.314461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGVPALFRWL SRKYPKIISP VIQDEDVDID GESRPTRYED PNPNGELDNL YLDMNGIVHP CSHPEHKPVP ETEDEMMLDV FAYTENVIM MARPRKVIYI AVDGVAPRAK MNQQRSRRFR SAQDAKDANE KKAAELKEME KKGEIIDDAI KNKKTWDSNA I TPGTPFMH ...文字列:
MGVPALFRWL SRKYPKIISP VIQDEDVDID GESRPTRYED PNPNGELDNL YLDMNGIVHP CSHPEHKPVP ETEDEMMLDV FAYTENVIM MARPRKVIYI AVDGVAPRAK MNQQRSRRFR SAQDAKDANE KKAAELKEME KKGEIIDDAI KNKKTWDSNA I TPGTPFMH RLADSLRYWA AYKLTTDPGW SGIEVIISDA SVPGEGEHKI MSYVRSLRSS PKHDPNTTHC IYGLAAALIF LG LATHEPH FKILREDVFA QDKKSYSLQD QLRMTDIERQ ELKDKKTPFL WLHLNILREY LQIELNVPGL SFPFDLEKSI DDW VFICFF CGNDFLPHLP SLDVRDNSIT TLVTIWKQIL PTMKGYLTTD GYLNLPAVER LLAELAKKED YIFRKRYEDE KRSL ENQKR RKLAQEQSSA RSQNAPNIST GKDKAPLTPN QNIPLYTTSG ESVGIKMTDS EMVNNSALIT KANEANKSIA ELLKQ NLQN EINKKRKISN EEQEVVKESV EEVVEEEDDV LVTSDPEDSS TEILIPKNEE IRLWEPGYRK RYYETKFHTK DPQKVK KIA RNMVQKYIEG VSWVLLYYYQ GCPSWNWYYP YHYAPFAADF VNLSELKIEF VEGTPFRPYE QLMSVLPAAS SHNLPDV FR SLMSDANSEI IDFYPEEFPL DMNGKKVIWQ AIPLLPFIDE NRLLKAVQSK YDQLTEDEKF RNTNRSEILV LGRSHSHY P TLVKELYEEG KDSYEFQVDS SGVSGVAIKL QSFDRSGVLR LPVKQLEGYR HYPDISNRDF LMVEFKQLPK SHAKSMILS GLIPHLRRLT QEDKDSILYG GTNFYGRNRF SPEENADFKQ YIGPHGKSQY LPRQGGYKAF IQIHSDEAKG HRHGIYHGGS HTETEFRRG GGYHQHGNRG GRGGYQGNQG YQANSGGYQN SYQGSYQGGY RGGYQGGSQG RYQAGYQSGY QGGYQGEYKN G YQGGYQGN QGNQGYNRQT YNASKSGTLP MKRRHNSGPS SGLEVLFQ

UniProtKB: 5'-3' exoribonuclease

-
分子 #2: Decapping nuclease

分子名称: Decapping nuclease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 44.595996 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli KRX (大腸菌)
配列文字列: GPGMSKEKIL PLAARSKKAM LRQPKQVAYF SRDLNYKTHP DRSNLSYYYL PDGDIDNSID LSVGSKHFLL GDSVELSKLD PILLALKEI EKESGAKTKD RIITWRGIMR KLLTLPYDSE EDFVLDVVSF DGQLFIQFNV PYLKSKDVQK QGDTEFHKKL Q FSGYKFEK ...文字列:
GPGMSKEKIL PLAARSKKAM LRQPKQVAYF SRDLNYKTHP DRSNLSYYYL PDGDIDNSID LSVGSKHFLL GDSVELSKLD PILLALKEI EKESGAKTKD RIITWRGIMR KLLTLPYDSE EDFVLDVVSF DGQLFIQFNV PYLKSKDVQK QGDTEFHKKL Q FSGYKFEK MATLPKPWPE CTRKEIDSRA KSKCNNIEQY GAIVRTGISR IKILIGGAVA CTADYYDEND PLSRYIELKT TR TINQYKD MIAFEKKLFR TWAQCFLLGI PKIIYGFRDD NCILRTVEEF STNDIPLMVK NNPLNEQPKK ENCYMSSINF YGA VVEWLN ESVKDDQVWK LSYAKRNRQY LVLKEVTDEN EKQQIVDSAI PAWFKEWRSE LRNSEGNI

UniProtKB: Decapping nuclease

-
分子 #3: Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein

分子名称: Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii (菌類)
分子量理論値: 42.27293 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli KRX (大腸菌)
配列文字列: MSYSKDIVLE KLASLEETQI SIQSIGQWCL FHHRHAPETV AIWSEFVGST QTKKLAGLYL ANEIIQQSRA KRKTTFLDEF AKVLPSTLE QIYPSMISTH QAKLKRIIDV WSQRKIFDSN LIHRLYQSIQ DQKAYNGLSS SSSNSPPINS GDLAPEISSL S TLFNKIST ...文字列:
MSYSKDIVLE KLASLEETQI SIQSIGQWCL FHHRHAPETV AIWSEFVGST QTKKLAGLYL ANEIIQQSRA KRKTTFLDEF AKVLPSTLE QIYPSMISTH QAKLKRIIDV WSQRKIFDSN LIHRLYQSIQ DQKAYNGLSS SSSNSPPINS GDLAPEISSL S TLFNKIST LKSSTSLVVN QINEQYSSLF DSETLPGTDI YLKQLGDLST LITSARSKSQ ETQELRESII NELKKLIQVQ ES WITKDAE SSGSLDEKLA TVQQKESELK EFINDVEEED GVPQYAASSD EEGDENVSKK RKMESPPTET VDSGEQPTNP VHP QLSSIL ESLSRTTGLT PEPASTSDES ATATQKQDET PVSSSINPAL ASLLSKLNGL EVLFQ

UniProtKB: Exonuclease Rat1p and Rai1p interacting protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES2-[4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazinyl]ethanesulphonic acid
100.0 mMNaClSodium chloride
10.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: EMGP2.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 61.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: alphafold2 model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77924
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る