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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39200 | |||||||||
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タイトル | Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | protein / RNA / RNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / RNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex | |||||||||
生物種 | Selenomonas sp. (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Mechanisms for HNH-mediated target DNA cleavage in type I CRISPR-Cas systems. 著者: Chendi Zhang / Fugen Chen / Feng Wang / Haijiang Xu / Jialin Xue / Zhuang Li / 要旨: The metagenome-derived type I-E and type I-F variant CRISPR-associated complex for antiviral defense (Cascade) complexes, fused with HNH domains, precisely cleave target DNA, representing recently ...The metagenome-derived type I-E and type I-F variant CRISPR-associated complex for antiviral defense (Cascade) complexes, fused with HNH domains, precisely cleave target DNA, representing recently identified genome editing tools. However, the underlying working mechanisms remain unknown. Here, structures of type I-F and I-E Cascade complexes at different states are reported. In type I-F Cascade, Cas8f loosely attaches to Cascade head and is adjacent to the 5' end of the target single-stranded DNA (ssDNA). Formation of the full R-loop drives the Cascade head to move outward, allowing Cas8f to detach and rotate ∼150° to accommodate target ssDNA for cleavage. In type I-E Cascade, Cas5e domain is adjacent to the 5' end of the target ssDNA. Full crRNA-target pairing drives the lift of the Cascade head, widening the substrate channel for target ssDNA entrance. Altogether, these analyses into both complexes revealed that crRNA-guided positioning of target DNA and target DNA-induced HNH unlocking are two key factors for their site-specific cleavage of target DNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39200.map.gz | 98.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39200-v30.xml emd-39200.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_39200_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_39200.png | 119.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39200.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_39200_half_map_1.map.gz emd_39200_half_map_2.map.gz | 98.3 MB 98.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39200 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39200 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39200_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39200_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39200_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39200_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39200 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39200 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39200_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39200_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex
全体 | 名称: Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex
超分子 | 名称: Type I-FHNH Cascade-dsDNA R-loop complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #5-#6, #4, #7 |
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由来(天然) | 生物種: Selenomonas sp. (バクテリア) |
-分子 #1: Cas5f
分子 | 名称: Cas5f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Selenomonas sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 28.703135 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMKGYILLEK VNIENANAFN NIIVGIPAIT SFLGFARALE RKLNAKEIAI RINGVGLEFH EYELKGYKNK RGQYVTSCPL PGSIPGQNE KKLDAHIMNQ AYIDLNMSFL LEVEGPHVDM STCKSIKSTM ETLRIAGGII RNYKKIRLID TLADIPYGYF L TLRQDNLN ...文字列: MMKGYILLEK VNIENANAFN NIIVGIPAIT SFLGFARALE RKLNAKEIAI RINGVGLEFH EYELKGYKNK RGQYVTSCPL PGSIPGQNE KKLDAHIMNQ AYIDLNMSFL LEVEGPHVDM STCKSIKSTM ETLRIAGGII RNYKKIRLID TLADIPYGYF L TLRQDNLN DAAGDDMLDK MIHALQQEDT LVPIAVGFKA LSEVGHVEGQ RDPEKDHCFV ESIFSLGGFE CSKILEDINS CL WRYKTEE GLYLCTII |
-分子 #2: Cas8f fusion with HNH
分子 | 名称: Cas8f fusion with HNH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Selenomonas sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 39.339742 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLRNKILAAI SQKIPEEQKI NKYIEGLFQS IDKNHLATHV AKFTETNSPG NIGAYDILSS DMNCGYLDTA NAGWKEPDIV TNDAKYKRP QGFVAMEMSD GRTVMEHLQE DSAELRHEME ELTDKYDEIR DGILNMPSMQ PYRTNQFIKQ VFFPVGGSYH L LSILPSTV ...文字列: MLRNKILAAI SQKIPEEQKI NKYIEGLFQS IDKNHLATHV AKFTETNSPG NIGAYDILSS DMNCGYLDTA NAGWKEPDIV TNDAKYKRP QGFVAMEMSD GRTVMEHLQE DSAELRHEME ELTDKYDEIR DGILNMPSMQ PYRTNQFIKQ VFFPVGGSYH L LSILPSTV LNYEVSDRLY RSKIPKIRLR LLSSNAASTT GSRLVSKNKW PLVFQALPPK FLEKNLAKAL DKEYLLPDIN ID ELEGVDN GCLIDEALLP LIIDEGKRKG EGNYRPRHLR DERKEETVQA FLDKYGYCNI PVGYEVHHIV PLSQGGADSI KNM IMLSIE HHERVTEAHA SYFKWRNT |
-分子 #3: Cas6f
分子 | 名称: Cas6f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Selenomonas sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 20.735873 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFSQILIIKP GTGISPNIII SEDIFPVLHS LFVEHDKKFG ITFPAYSFDK KGHLGNIIEV LSEDKEALAS LCLEEHLAEV TDYVKVKKE ITFTDDYVLF KRIREENQYE TTARRMRKRG HTELGRPLEM HIKKKNQQIF CHAYIKVKSA STGQSYNIFL A PTDIKHGS FSAYGLLRGD THA |
-分子 #4: Cas7f
分子 | 名称: Cas7f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Selenomonas sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 38.700172 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAANKKATNV TLKSRPENLS FARCLNTTEA KFWQTDFLKR HTFKLPLLIT DKAVLASKGH EMPPDKLEKE IMDPNPQKSQ SCTLSTECD TLRIDFGIKV LPVKESMYSC SDYNYRTAIY QKIDEYIAED GFLTLAKRYV NNIANARFLW RNRKGAEIIE T IVTIEDKE ...文字列: MAANKKATNV TLKSRPENLS FARCLNTTEA KFWQTDFLKR HTFKLPLLIT DKAVLASKGH EMPPDKLEKE IMDPNPQKSQ SCTLSTECD TLRIDFGIKV LPVKESMYSC SDYNYRTAIY QKIDEYIAED GFLTLAKRYV NNIANARFLW RNRKGAEIIE T IVTIEDKE YPSFNSKSFN LDTFVEDNAT INEIAQQIAD TFAGKREYLN IYVTCFVKIG CAMEVYPSQE MTFDDDDKGK KL FKFEGSA GMHSQKINNA LRTIDTWYPD YTTYEFPIPV ENYGAARSIG IPFRPDTKSF YKLIDRMILK NEDLPIEDKH YVM AILIRG GMFSKKQEK |
-分子 #5: 60-nt crRNA
分子 | 名称: 60-nt crRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Selenomonas sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 19.440611 KDa |
配列 | 文字列: UUUAGAAGGA GAAGUCAUUU AAUAAGGCCA CUGUUAAAAA GUGUACCGCC GGAUAGGCGG |
-分子 #6: TS
分子 | 名称: TS / タイプ: other / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: Selenomonas sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 15.068426 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)AACAG(DT)GG CC(DT)(DT)A(DT)(DT)AA A(DT)GAC(DT)(DT)C(DT)C CGC(DT)AA(DT)AC |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-分子 #7: NTS
分子 | 名称: NTS / タイプ: other / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
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由来(天然) | 生物種: Selenomonas sp. (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 3.541243 KDa |
配列 | 文字列: G(DT)A(DT)(DT)AGCGG A |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |