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- EMDB-39045: Structure of HCoV-HKU1C spike in the glycan-activated-1up conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39045
タイトルStructure of HCoV-HKU1C spike in the glycan-activated-1up conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: HKU1C spike with sialoglycan
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHKU1C / spike / TMPRSS2 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, HKU1-like / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, murine hepatitis virus-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human coronavirus HKU1 (ウイルス) / Human coronavirus HKU1 (isolate N5) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Lu YC / Zhang X / Wang HF / Sun L / Yang HT
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92169109 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: TMPRSS2 and glycan receptors synergistically facilitate coronavirus entry.
著者: Haofeng Wang / Xiaoce Liu / Xiang Zhang / Zhuoqian Zhao / Yuchi Lu / Dingzhe Pu / Zeyang Zhang / Jie Chen / Yajie Wang / Mengfei Li / Xuxue Dong / Yinkai Duan / Yujia He / Qiyu Mao / Hangtian ...著者: Haofeng Wang / Xiaoce Liu / Xiang Zhang / Zhuoqian Zhao / Yuchi Lu / Dingzhe Pu / Zeyang Zhang / Jie Chen / Yajie Wang / Mengfei Li / Xuxue Dong / Yinkai Duan / Yujia He / Qiyu Mao / Hangtian Guo / Haoran Sun / Yihan Zhou / Qi Yang / Yan Gao / Xiuna Yang / Hongzhi Cao / Luke Guddat / Lei Sun / Zihe Rao / Haitao Yang /
要旨: The entry of coronaviruses is initiated by spike recognition of host cellular receptors, involving proteinaceous and/or glycan receptors. Recently, TMPRSS2 was identified as the proteinaceous ...The entry of coronaviruses is initiated by spike recognition of host cellular receptors, involving proteinaceous and/or glycan receptors. Recently, TMPRSS2 was identified as the proteinaceous receptor for HCoV-HKU1 alongside sialoglycan as a glycan receptor. However, the underlying mechanisms for viral entry remain unknown. Here, we investigated the HCoV-HKU1C spike in the inactive, glycan-activated, and functionally anchored states, revealing that sialoglycan binding induces a conformational change of the NTD and promotes the neighboring RBD of the spike to open for TMPRSS2 recognition, exhibiting a synergistic mechanism for the entry of HCoV-HKU1. The RBD of HCoV-HKU1 features an insertion subdomain that recognizes TMPRSS2 through three previously undiscovered interfaces. Furthermore, structural investigation of HCoV-HKU1A in combination with mutagenesis and binding assays confirms a conserved receptor recognition pattern adopted by HCoV-HKU1. These studies advance our understanding of the complex viral-host interactions during entry, laying the groundwork for developing new therapeutics against coronavirus-associated diseases.
履歴
登録2024年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月17日-
マップ公開2024年7月17日-
更新2024年7月17日-
現状2024年7月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39045.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å		0.82 Å/pix.
x 400 pix.
= 328. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.0429417 - 1.9653239
平均 (標準偏差)-0.00071919255 (±0.06588206)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39045_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39045_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HKU1C spike with sialoglycan

全体名称: HKU1C spike with sialoglycan
要素
  • 複合体: HKU1C spike with sialoglycan
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HKU1C spike with sialoglycan

超分子名称: HKU1C spike with sialoglycan / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human coronavirus HKU1 (ウイルス)

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human coronavirus HKU1 (isolate N5) (ウイルス)
株: isolate N5
分子量理論値: 140.242453 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VIGDFNCTNS FINDYNKTIP RISEDVVDVS LGLGTYYVLN RVYLNTTLLF TGYFPKSGAN FRDLALKGSI YLSTLWYKPP FLSDFNNGI FSKVKNTKLY VNNTLYSEFS TIVIGSVFVN TSYTIVVQPH NGILEITACQ YTMCEYPHTV CKSKGSIRNE S WHIDSSEP ...文字列:
VIGDFNCTNS FINDYNKTIP RISEDVVDVS LGLGTYYVLN RVYLNTTLLF TGYFPKSGAN FRDLALKGSI YLSTLWYKPP FLSDFNNGI FSKVKNTKLY VNNTLYSEFS TIVIGSVFVN TSYTIVVQPH NGILEITACQ YTMCEYPHTV CKSKGSIRNE S WHIDSSEP LCLFKKNFTY NVSADWLYFH FYQERGVFYA YYADVGMPTT FLFSLYLGTI LSHYYVMPLT CNAISSNTDN ET LEYWVTP LSRRQYLLNF DEHGVITNAV DCSSSFLSEI QCKTQSFAPN TGVYDLSGFT VKPVATVYRR IPNLPDCDID NWL NNVSVP SPLNWERRIF SNCNFNLSTL LRLVHVDSFS CNNLDKSKIF GSCFNSITVD KFAIPNRRRD DLQLGSSGFL QSSN YKIDI SSSSCQLYYS LPLVNVTINN FNPSSWNRRY GFGSFNLSSY DVVYSDHCFS VNSDFCPCAD PSVVNSCAKS KPPSA ICPA GTKYRHCDLD TTLYVKNWCR CSCLPDPIST YSPNTCPQKK VVVGIGEHCP GLGINEEKCG TQLNHSSCFC SPDAFL GWS FDSCISNNRC NIFSNFIFNG INSGTTCSND LLYSNTEIST GVCVNYDLYG ITGQGIFKEV SAAYYNNWQN LLYDSNG NI IGFKDFLTNK TYTILPCYSG RVSAAFYQNS SSPALLYRNL KCSYVLNNIS FISQPFYFDS YLGCVLNAVN LTSYSVSS C DLRMGSGFCI DYALPSSGGS GSGISSPYRF VTFEPFNVSF VNDSVETVGG LFEIQIPTNF TIAGHEEFIQ TSSPKVTID CSAFVCSNYA ACHDLLSEYG TFCDNINSIL NEVNDLLDIT QLQVANALMQ GVTLSSNLNT NLHSDVDNID FKSLLGCLGS QCGSSSRSP LEDLLFNKVK LSDVGFVEAY NNCTGGSEIR DLLCVQSFNG IKVLPPILSE TQISGYTTAA TVAAMFPPWS A AAGVPFPL NVQYRINGLG VTMDVLNKNQ KLIANAFNKA LLSIQNGFTA TPSALAKIQS VVNANAQALN SLLQQLFNKF GA ISSSLQE ILSRLDPPEA QVQIDRLING RLTALNAYVS QQLSDITLIK AGASRAIEKV NECVKSQSPR INFCGNGNHI LSL VQNAPY GLLFIHFSYK PTSFKTVLVS PGLCLSGDRG IAPKQGYFIK QNDSWMFTGS SYYYPEPISD KNVVFMNSCS VNFT KAPFI YLNNSIPNLS DFEAELSLWF KNHTSIAPNL TFNSHINATF LDLYYEMNVI QESIKSLN

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 20 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43541
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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