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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39001 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E.coli transcription initiation complex with transcription factor GcvA | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / response to UV ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / response to UV / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.97 Å | |||||||||
データ登録者 | Lin W / Shi J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2024 タイトル: Structural and functional insights into transcription activation of the essential LysR-type transcriptional regulators. 著者: Jing Shi / Zhenzhen Feng / Qian Song / Fulin Wang / Zhipeng Zhang / Jian Liu / Fangfang Li / Aijia Wen / Tianyu Liu / Zonghang Ye / Chao Zhang / Kalyan Das / Shuang Wang / Yu Feng / Wei Lin / 要旨: The enormous LysR-type transcriptional regulators (LTTRs), which are diversely distributed amongst prokaryotes, play crucial roles in transcription regulation of genes involved in basic metabolic ...The enormous LysR-type transcriptional regulators (LTTRs), which are diversely distributed amongst prokaryotes, play crucial roles in transcription regulation of genes involved in basic metabolic pathways, virulence and stress resistance. However, the precise transcription activation mechanism of these genes by LTTRs remains to be explored. Here, we determine the cryo-EM structure of a LTTR-dependent transcription activation complex comprising of Escherichia coli RNA polymerase (RNAP), an essential LTTR protein GcvA and its cognate promoter DNA. Structural analysis shows two N-terminal DNA binding domains of GcvA (GcvA_DBD) dimerize and engage the GcvA activation binding sites, presenting the -35 element for specific recognition with the conserved σR4. In particular, the versatile C-terminal domain of α subunit of RNAP directly interconnects with GcvA_DBD, σR4 and promoter DNA, providing more interfaces for stabilizing the complex. Moreover, molecular docking supports glycine as one potential inducer of GcvA, and single molecule photobleaching experiments kinetically visualize the occurrence of tetrameric GcvA-engaged transcription activation complex as suggested for the other LTTR homologs. Thus, a general model for tetrameric LTTR-dependent transcription activation is proposed. These findings will provide new structural and functional insights into transcription activation of the essential LTTRs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39001.map.gz | 31.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39001-v30.xml emd-39001.xml | 26.5 KB 26.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_39001.png | 49.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-39001.cif.gz | 8.6 KB | ||
その他 | emd_39001_half_map_1.map.gz emd_39001_half_map_2.map.gz | 31.3 MB 31.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39001 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39001 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39001_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39001_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39001_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39001_validation.cif.gz | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39001 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39001 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8y6uMC 8k8bC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39001_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39001_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : E.coli transcription initiation complex with GcvA
全体 | 名称: E.coli transcription initiation complex with GcvA |
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要素 |
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-超分子 #1: E.coli transcription initiation complex with GcvA
超分子 | 名称: E.coli transcription initiation complex with GcvA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
-分子 #1: Glycine cleavage system transcriptional activator
分子 | 名称: Glycine cleavage system transcriptional activator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 34.4475 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSKRLPPLNA LRVFDAAARH LSFTRAAEEL FVTQAAVSHQ IKSLEDFLGL KLFRRRNRSL LLTEEGQSYF LDIKEIFSQL TEATRKLQA RSAKGALTVS LLPSFAIHWL VPRLSSFNSA YPGIDVRIQA VDRQEDKLAD DVDVAIFYGR GNWPGLRVEK L YAEYLLPV ...文字列: MSKRLPPLNA LRVFDAAARH LSFTRAAEEL FVTQAAVSHQ IKSLEDFLGL KLFRRRNRSL LLTEEGQSYF LDIKEIFSQL TEATRKLQA RSAKGALTVS LLPSFAIHWL VPRLSSFNSA YPGIDVRIQA VDRQEDKLAD DVDVAIFYGR GNWPGLRVEK L YAEYLLPV CSPLLLTGEK PLKTPEDLAK HTLLHDASRR DWQTYTRQLG LNHINVQQGP IFSHSAMVLQ AAIHGQGVAL AN NVMAQSE IEAGRLVCPF NDVLVSKNAF YLVCHDSQAE LGKIAAFRQW ILAKAAAEQE KFRFRYEQ UniProtKB: Glycine cleavage system transcriptional activator |
-分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 36.55868 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha |
-分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 150.804922 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MVQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELEDE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta |
-分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 155.366781 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA LEEFGDEFDA KMGAEAIQAL LKSMDLEQEC EQLREELNET NSETKRKKLT KRIKLLEAFV QSGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYGKLE LRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMT RDCVNAKGEG MVLTGPKEAE RLYRSGLASL HARVKVRITE YEKDAN GEL VAKTSLKDTT VGRAILWMIV PKGLPYSIVN QALGKKAISK MLNTCYRILG LKPTVIFADQ IMYTGFAYAA RSGASVG ID DMVIPEKKHE IISEAEAEVA EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWAAANDR VSKAMMDNLQ TETVINRDGQ EEKQVSFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EDDCGTHEGI MMTPVIEGGD VKEPLRDRVL GRVTAEDVLK PGTADILVPR NTLLHEQWCD LLEENSVDAV KVRSVVSCD TDFGVCAHCY GRDLARGHII NKGEAIGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRAAAESS IQVKNKGSIK L SNVKSVVN SSGKLVITSR NTELKLIDEF GRTKESYKVP YGAVLAKGDG EQVAGGETVA NWDPHTMPVI TEVSGFVRFT DM IDGQTIT RQTDELTGLS SLVVLDSAER TAGGKDLRPA LKIVDAQGND VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV QLEDGVQISS GDT LARIPQ ESGGTKDITG GLPRVADLFE ARRPKEPAIL AEISGIVSFG KETKGKRRLV ITPVDGSDPY EEMIPKWRQL NVFE GERVE RGDVISDGPE APHDILRLRG VHAVTRYIVN EVQDVYRLQG VKINDKHIEV IVRQMLRKAT IVNAGSSDFL EGEQV EYSR VKIANRELEA NGKVGATYSR DLLGITKASL ATESFISAAS FQETTRVLTE AAVAGKRDEL RGLKENVIVG RLIPAG TGY AYHQDRMRRR AAGEAPAAPQ VTAEDASASL AELLNAGLGG SDNE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' |
-分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 |
分子量 | 理論値: 10.249547 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega |
-分子 #8: RNA polymerase sigma factor RpoD
分子 | 名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 70.352242 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEQNPQSQLK LLVTRGKEQG YLTYAEVNDH LPEDIVDSDQ IEDIIQMIND MGIQVMEEAP DADDLMLAEN TADEDAAEAA AQVLSSVES EIGRTTDPVR MYMREMGTVE LLTREGEIDI AKRIEDGINQ VQCSVAEYPE AITYLLEQYD RVEAEEARLS D LITGFVDP ...文字列: MEQNPQSQLK LLVTRGKEQG YLTYAEVNDH LPEDIVDSDQ IEDIIQMIND MGIQVMEEAP DADDLMLAEN TADEDAAEAA AQVLSSVES EIGRTTDPVR MYMREMGTVE LLTREGEIDI AKRIEDGINQ VQCSVAEYPE AITYLLEQYD RVEAEEARLS D LITGFVDP NAEEDLAPTA THVGSELSQE DLDDDEDEDE EDGDDDSADD DNSIDPELAR EKFAELRAQY VVTRDTIKAK GR SHATAQE EILKLSEVFK QFRLVPKQFD YLVNSMRVMM DRVRTQERLI MKLCVEQCKM PKKNFITLFT GNETSDTWFN AAI AMNKPW SEKLHDVSEE VHRALQKLQQ IEEETGLTIE QVKDINRRMS IGEAKARRAK KEMVEANLRL VISIAKKYTN RGLQ FLDLI QEGNIGLMKA VDKFEYRRGY KFSTYATWWI RQAITRSIAD QARTIRIPVH MIETINKLNR ISRQMLQEMG REPTP EELA ERMLMPEDKI RKVLKIAKEP ISMETPIGDD EDSHLGDFIE DTTLELPLDS ATTESLRAAT HDVLAGLTAR EAKVLR MRF GIDMNTDYTL EEVGKQFDVT RERIRQIEAK ALRKLRHPSR SEVLRSFLDD UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoD |
-分子 #2: Non-template promoter DNA
分子 | 名称: Non-template promoter DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 28.330164 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG) (DT)(DC)(DC)(DG)(DT) ...文字列: (DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG) (DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA) (DG)(DC) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG) (DG)(DA)(DT)(DG)(DC)(DA) |
-分子 #3: Template promoter DNA
分子 | 名称: Template promoter DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 28.584369 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列: (DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DT) (DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT) (DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA) (DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 583044 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |