[日本語] English
万見
- EMDB-38855: GK tetramer of AtP5CS1 filament with adjacent hooks, reaction state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38855
タイトルGK tetramer of AtP5CS1 filament with adjacent hooks, reaction state
マップデータ
試料
  • 複合体: Arabidopsis thaliana P5CSA incubated with all substrates.
    • タンパク質・ペプチド: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase A
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードL-proline biosynthesis / filamentous enzyme / TRANSFERASE / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


delta1-pyrroline-5-carboxylate synthetase activity / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / pollen development / hyperosmotic salinity response / root development / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process ...delta1-pyrroline-5-carboxylate synthetase activity / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase / glutamate-5-semialdehyde dehydrogenase activity / glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / pollen development / hyperosmotic salinity response / root development / L-proline biosynthetic process / proline biosynthetic process / response to water deprivation / response to salt stress / phosphorylation / chloroplast / response to oxidative stress / Golgi apparatus / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Delta l-pyrroline-5-carboxylate synthetase / GPR domain / Gamma-glutamyl phosphate reductase GPR, conserved site / Gamma-glutamyl phosphate reductase signature. / Glutamate 5-kinase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase / Glutamate 5-kinase, conserved site / Glutamate 5-kinase signature. / Glutamate/acetylglutamate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family ...Delta l-pyrroline-5-carboxylate synthetase / GPR domain / Gamma-glutamyl phosphate reductase GPR, conserved site / Gamma-glutamyl phosphate reductase signature. / Glutamate 5-kinase/delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase / Glutamate 5-kinase, conserved site / Glutamate 5-kinase signature. / Glutamate/acetylglutamate kinase / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase A
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang T / Guo CJ / Liu JL
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024
タイトル: Dynamic Arabidopsis P5CS filament facilitates substrate channelling.
著者: Chen-Jun Guo / Tianyi Zhang / Qingqing Leng / Xian Zhou / Jiale Zhong / Ji-Long Liu /
要旨: In plants, the rapid accumulation of proline is a common response to combat abiotic stress. Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase (P5CS) is a rate-limiting enzyme in proline synthesis, catalysing ...In plants, the rapid accumulation of proline is a common response to combat abiotic stress. Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase (P5CS) is a rate-limiting enzyme in proline synthesis, catalysing the initial two-step conversion from glutamate to proline. Here we determine the first structure of plant P5CS. Our results show that Arabidopsis thaliana P5CS1 (AtP5CS1) and P5CS2 (AtP5CS2) can form enzymatic filaments in a substrate-sensitive manner. The destruction of AtP5CS filaments by mutagenesis leads to a significant reduction in enzymatic activity. Furthermore, separate activity tests on two domains reveal that filament-based substrate channelling is essential for maintaining the high catalytic efficiency of AtP5CS. Our study demonstrates the unique mechanism for the efficient catalysis of AtP5CS, shedding light on the intricate mechanisms underlying plant proline metabolism and stress response.
履歴
登録2024年1月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_38855.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38855.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-1.6230273 - 3.4697092
平均 (標準偏差)0.018663837 (±0.09653258)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 254.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_38855_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_38855_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38855_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Arabidopsis thaliana P5CSA incubated with all substrates.

全体名称: Arabidopsis thaliana P5CSA incubated with all substrates.
要素
  • 複合体: Arabidopsis thaliana P5CSA incubated with all substrates.
    • タンパク質・ペプチド: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase A
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

-
超分子 #1: Arabidopsis thaliana P5CSA incubated with all substrates.

超分子名称: Arabidopsis thaliana P5CSA incubated with all substrates.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 78.9 kDa/nm

-
分子 #1: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase A

分子名称: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamate 5-kinase
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 78.993086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH MEELDRSRAF ARDVKRIVVK VGTAVVTGKG GRLALGRLGA LCEQLAELNS DGFEVILVSS GAVGLGRQRL RYRQLVNSS FADLQKPQTE LDGKACAGVG QSSLMAYYET MFDQLDVTAA QLLVNDSSFR DKDFRKQLNE TVKSMLDLRV I PIFNENDA ...文字列:
MGSSHHHHHH MEELDRSRAF ARDVKRIVVK VGTAVVTGKG GRLALGRLGA LCEQLAELNS DGFEVILVSS GAVGLGRQRL RYRQLVNSS FADLQKPQTE LDGKACAGVG QSSLMAYYET MFDQLDVTAA QLLVNDSSFR DKDFRKQLNE TVKSMLDLRV I PIFNENDA ISTRRAPYQD SSGIFWDNDS LAALLALELK ADLLILLSDV EGLYTGPPSD PNSKLIHTFV KEKHQDEITF GD KSRLGRG GMTAKVKAAV NAAYAGIPVI ITSGYSAENI DKVLRGLRVG TLFHQDARLW APITDSNARD MAVAARESSR KLQ ALSSED RKKILLDIAD ALEANVTTIK AENELDVASA QEAGLEESMV ARLVMTPGKI SSLAASVRKL ADMEDPIGRV LKKT EVADG LVLEKTSSPL GVLLIVFESR PDALVQIASL AIRSGNGLLL KGGKEARRSN AILHKVITDA IPETVGGKLI GLVTS REEI PDLLKLDDVI DLVIPRGSNK LVTQIKNTTK IPVLGHADGI CHVYVDKACD TDMAKRIVSD AKLDYPAACN AMETLL VHK DLEQNAVLNE LIFALQSNGV TLYGGPRASK ILNIPEARSF NHEYCAKACT VEVVEDVYGA IDHIHRHGSA HTDCIVT ED HEVAELFLRQ VDSAAVFHNA STRFSDGFRF GLGAEVGVST GRIHARGPVG VEGLLTTRWI MRGKGQVVDG DNGIVYTH Q DIPIQA

UniProtKB: Delta-1-pyrroline-5-carboxylate synthase A

-
分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7wx3

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / 使用した粒子像数: 222855
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る