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- EMDB-38596: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem II -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38596
タイトルCryo-EM structure of cryptophyte photosystem II
マップデータ
試料
  • 複合体: Photosystem II of cryptophyte
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
  • リガンド: x 17種
キーワードCryptophyte / Photosystem II / evolution / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plastid / chlorophyll binding ...thylakoid membrane / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / plastid / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / oxidoreductase activity / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily ...Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II cytochrome c550 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I ...Photosystem II cytochrome c550 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Chroomonas placoidea (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Li K / Zhao LS / Zhang YZ / Liu LN
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem II
著者: Li K / Zhao LS / Zhang YZ / Liu LN
履歴
登録2024年1月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 271.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大0.000043330045 - 2.867777
平均 (標準偏差)0.08772699 (±0.1055664)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Structure of cryptophyte photosystem II

ファイルemd_38596_half_map_1.map
注釈Structure of cryptophyte photosystem II
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Structure of cryptophyte photosystem II

ファイルemd_38596_half_map_2.map
注釈Structure of cryptophyte photosystem II
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem II of cryptophyte

全体名称: Photosystem II of cryptophyte
要素
  • 複合体: Photosystem II of cryptophyte
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-1
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-2
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-3
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-4
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-5
    • タンパク質・ペプチド: ACPII-6
    • タンパク質・ペプチド: Psb-gama_linker
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: PsbC_CP43
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: PsbM
    • タンパク質・ペプチド: PsbO
    • タンパク質・ペプチド: PsbQ
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: PsbU
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II cytochrome c550
    • タンパク質・ペプチド: PsbW
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Psb30
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Photosystem II of cryptophyte

超分子名称: Photosystem II of cryptophyte / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
含まれる分子: #3-#5, #2, #6-#7, #19, #1, #8-#18, #20-#25, #27-#28, #26
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 1.1 MDa

+
分子 #1: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 39.59091 KDa
配列文字列: MTATLERRES ASAWERFCSW ITSTDNRLYI GWFGVLMIPT LLTATTVYII AFVAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIITG AVIPSSASI GIHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVDHF LLGVCGWIGR EWEFSYRLGM RPWISVAFTA PVAAASAVFL V YPIGQGSF ...文字列:
MTATLERRES ASAWERFCSW ITSTDNRLYI GWFGVLMIPT LLTATTVYII AFVAAPPVDI DGIREPVAGS LLYGNNIITG AVIPSSASI GIHFYPIWEA ASLDEWLYNG GPYQLIVDHF LLGVCGWIGR EWEFSYRLGM RPWISVAFTA PVAAASAVFL V YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMLVFQA EHNILMHPFH QLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANYGYK FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRALHFFLGL WPVVGIWFTA LGVMTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADI LNRANL GMEVMHERNA HNFPLDLAAG ESLPVALTAP AVNG

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #2: ACPII-4

分子名称: ACPII-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.658529 KDa
配列文字列: MLRTAILALC VAGASAFTAS PALYKSASRK AAVSGMKMQE ADRSYAMPFL SRPPALDGSM AGDVGFDPLG FSNYFDLKWL REAELKHGR VCMLGCLGFL VQEQANLPLP GFDNKLATEA FFSVPAGGLW QIFFSLGAIE IITNKGKLTP GSMFTGGRAP G DLDFDPLN ...文字列:
MLRTAILALC VAGASAFTAS PALYKSASRK AAVSGMKMQE ADRSYAMPFL SRPPALDGSM AGDVGFDPLG FSNYFDLKWL REAELKHGR VCMLGCLGFL VQEQANLPLP GFDNKLATEA FFSVPAGGLW QIFFSLGAIE IITNKGKLTP GSMFTGGRAP G DLDFDPLN LSVDETALRR FELAELKHAR LAMIGLGGML HQMLLTKQAP IEQLTNFKSL A

+
分子 #3: ACPII-1

分子名称: ACPII-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.755605 KDa
配列文字列: MFRAALLLAC LASASAFAPG SLMMPKSATR AAISRGPRMQ ANDDLAVPFL ERPPMLDGSY AGDIGFDPVG FSNYFDLRWL REAELKHGR VCMLGVVGFL VQEFVTLPMF SNGVTPVDDF FVVPATGLWQ IFFTIGFVEA FSNGFKLTPS DMFADDRAPG D LGFDPLGC ...文字列:
MFRAALLLAC LASASAFAPG SLMMPKSATR AAISRGPRMQ ANDDLAVPFL ERPPMLDGSY AGDIGFDPVG FSNYFDLRWL REAELKHGR VCMLGVVGFL VQEFVTLPMF SNGVTPVDDF FVVPATGLWQ IFFTIGFVEA FSNGFKLTPS DMFADDRAPG D LGFDPLGC GKDPAALARR QLVEVKNGRL AMIAFGGMLH QQLLTKQGVI EQLTNFKAIM

+
分子 #4: ACPII-2

分子名称: ACPII-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 22.144328 KDa
配列文字列: APRAVSKTAP RMAVFPGQFS DSVPFLKQPT NLDGSYVGDV GFDPLGFSDV FDIRVLREAE LKHGRIAMLA TLGMVVQDAY TFPFFDKVL PIPAHDVIVK SGGMSQILLW TSFAEIFGGI ALFQTIQGKR APGDYSFDPL NLSANDLEKR ERYALAEIKH S RLAMLAFS ...文字列:
APRAVSKTAP RMAVFPGQFS DSVPFLKQPT NLDGSYVGDV GFDPLGFSDV FDIRVLREAE LKHGRIAMLA TLGMVVQDAY TFPFFDKVL PIPAHDVIVK SGGMSQILLW TSFAEIFGGI ALFQTIQGKR APGDYSFDPL NLSANDLEKR ERYALAEIKH S RLAMLAFS GMVHQYFITN QGVIEQINNF RPINGFPDAT FS

+
分子 #5: ACPII-3

分子名称: ACPII-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 24.136174 KDa
配列文字列: MLRAVVLAAC VASAAAFAPG ASVLPRAAAR ATSTKGPSMQ LLPLYGEGKL QGPGTQAIPG SEPPPALDGT WVGDVGFDPL GFSRVIDMR WLREAELKHG RVCMLAATGM IVQDIALFPG VTKTFGPAKI TALHDVAVKQ GSMQQLLVWL GFLEIFGFVA I VQMLQGSG ...文字列:
MLRAVVLAAC VASAAAFAPG ASVLPRAAAR ATSTKGPSMQ LLPLYGEGKL QGPGTQAIPG SEPPPALDGT WVGDVGFDPL GFSRVIDMR WLREAELKHG RVCMLAATGM IVQDIALFPG VTKTFGPAKI TALHDVAVKQ GSMQQLLVWL GFLEIFGFVA I VQMLQGSG RQPGDFGFDP LNCGANTDTL ARRQLVELKN GRLAMIATGG MIHHFFLTGK GPIEFITTLG A

+
分子 #6: ACPII-5

分子名称: ACPII-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.400123 KDa
配列文字列: MLRVALIAAI LASASAFAPM GSLGLVKSAR SGAAISPRMQ SGDFSAAVPF LKRPSNLDGT LAGDVGFDPL GFSDVFDLRV LREAELKHG RFAMLAVLGF LVQEVYTFPF FPKMAPVDAH DYFVTQGGGS QIIFWISFVE IFGVVALFEL IQGKRDAGDF A FDPLGLGK ...文字列:
MLRVALIAAI LASASAFAPM GSLGLVKSAR SGAAISPRMQ SGDFSAAVPF LKRPSNLDGT LAGDVGFDPL GFSDVFDLRV LREAELKHG RFAMLAVLGF LVQEVYTFPF FPKMAPVDAH DYFVTQGGGS QIIFWISFVE IFGVVALFEL IQGKRDAGDF A FDPLGLGK DEATLARYKV AEIKHARLAM IAIGGFIHQF WVTKQTVLEQ LGNFQSLA

+
分子 #7: ACPII-6

分子名称: ACPII-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 25.022043 KDa
配列文字列: MLRLSILAAC LAAAQAFTSP AALLRPSTRA AVSRGPSMQL YKDGIIQGLG VEAIPGAGRP ANLDGTLVGD VGFDPLGFSN WLDLRWARE AEIKHGRVAM LAATGMIVQD AYKFPGFEGE FGGAAMMKLH NLAVEQGAMQ QLLLWLGLLE IISGVPAIIQ T LNGSERQP ...文字列:
MLRLSILAAC LAAAQAFTSP AALLRPSTRA AVSRGPSMQL YKDGIIQGLG VEAIPGAGRP ANLDGTLVGD VGFDPLGFSN WLDLRWARE AEIKHGRVAM LAATGMIVQD AYKFPGFEGE FGGAAMMKLH NLAVEQGAMQ QLLLWLGLLE IISGVPAIIQ T LNGSERQP GDFGFDPLNC GANPDTLARR QLTELKNGRL AMIAVGGMVH HYLLVGRGPI EFITNIPNFK NPLPPF

+
分子 #8: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 56.354172 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARIG VTDSWGGWSV TGESVANPG FWSFEGVALA HIGLSGLLFL AAVWHWVYWD LELFRDPRTG NPALDLPKIF GIHLLLSGVL CFGFGAFHVT G AWGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI AVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARIG VTDSWGGWSV TGESVANPG FWSFEGVALA HIGLSGLLFL AAVWHWVYWD LELFRDPRTG NPALDLPKIF GIHLLLSGVL CFGFGAFHVT G AWGPGIWV SDAYGITGKV QPVAPAWGAE GFNPFNPSGV ASHHIAAGIL GFLAGIFHIA VRPPQRLYRA LRMGNIETVL SS SIAAVFW SAFITTGTMW YGSATTPIEL FGPTRYQWDS GYFQQEIERR VENSLNEGLN LSEAWSRIPD KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGPMNKGDGI AEAWLGHPIF QDKEGKELTV RRMPAFFETF PVILVDKDGI IRADIPFRRA ESKYSIEQVG VTVS FYGGK LNGQVFKDAP TVKKYARKAQ LGEVLEFDRT TLESDGVFRS SPRGWYTFGH ANFALLFFLG HLWHGSRTLF RDVFS GIGA EVTEQVEFGA FQKLGDRSTK KQGAV

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #9: PsbC_CP43

分子名称: PsbC_CP43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 52.077359 KDa
配列文字列: MKTLYSLRRF YHVETPFNSS LSVAGRDIES TGFAWWSGNS RLINVSGKLL GAHVAHAGLM VFWCGAMTLF EVAHYIPEKP LYEQGLILL PHLAVLGWGV GPGGEIIDIY PYFVVGVLHL ISSAVLGFGG VYHSLIGPDT LEESFPAFGY DWRDKNKITT I LGIHLIVL ...文字列:
MKTLYSLRRF YHVETPFNSS LSVAGRDIES TGFAWWSGNS RLINVSGKLL GAHVAHAGLM VFWCGAMTLF EVAHYIPEKP LYEQGLILL PHLAVLGWGV GPGGEIIDIY PYFVVGVLHL ISSAVLGFGG VYHSLIGPDT LEESFPAFGY DWRDKNKITT I LGIHLIVL GIGAFLLVIK AMYVGGIYDT WAPGGGDVRI IDSPTLNPGV IFGYVLKSPW GGDGWIVSVN NMEDLVGGHI WI GIICIVG GFWHIFTKPF AWARRAYVWS GEAYLSYSLV AVSLMGFIAS QYSWYNNTAY PSEFYGPTGP EASQSQAFTF LVR DQRLGA NVSSAQGPTG LGKYLMRSPS GEIILGGETQ RFWDLRAPWI EPLRGPNGLD LNKIKNDIQP WQERRAAEYM THAP LGSLN SVGGVATEIN SVNYVSPRSW LTCAHFFLGF AFYIGHLWHA GRARAAAAGF EKGINRENEP TLSLRPID

+
分子 #10: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 39.216812 KDa
配列文字列: MTIAIGQEEG RGWFDLIDDW LKRDRFVFVG WSGLLLFPTS YLSIGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFFTAAVSTP ANSMGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WAFCALHGSF ALIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AIFVSVFLMY P LGQASWFF ...文字列:
MTIAIGQEEG RGWFDLIDDW LKRDRFVFVG WSGLLLFPTS YLSIGGWFTG TTFVTSWYTH GLASSYLEGC NFFTAAVSTP ANSMGHSLL LLWGPEAQGD FTRWCQIGGL WAFCALHGSF ALIGFCLRQF EIARLVGIRP YNAIAFSGPI AIFVSVFLMY P LGQASWFF APSLGVAAIF RFLLFIQGFH NFTLNPFHMM GVAGILGAAL LCAIHGATVQ NTIFEDGDAA NTFRAFTPTQ AE ETYSMVT ANRFWSQIFG VAFSNKRWLH FFMLFVPLAG LWTSAIGIVG LALNLRAYDF VSQELRAAED PEFETFYTKN ILL NEGIRS WMAAQDQPHE NFIFPEEVLP RGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #11: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 9.505693 KDa
配列文字列:
MSGGSTGERP FSDIITSIRY WIIHSITIPA LYVAGWLFVS TGLAYDIFGT PRPNEYFTQD RQQVPLVNDR FSAKQELEDL TKGL

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #12: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 4.845769 KDa
配列文字列:
MSKIQQPVSY PIFTFRWLAI HGLAVPTVFF LGAITSMQFI QR

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit beta

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 7.519887 KDa
配列文字列:
MALRTRLGEL LRPLNSEYGK VAPGWGTTPI MGFVMLLFFL FLLIILQIYN SSLIIENVDV DWASLGS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 4.424081 KDa
配列文字列:
MFTLKIVVYT TVTFFVSLFT FGFLSNDASR NPNRKDLE

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein I

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 3.964609 KDa
配列文字列:
MASTGRIPLW LIATVGGTLA LTVVGIFFYG SYSGVGSSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 5.005114 KDa
配列文字列:
MEAILLIAKL PEAYAVFKPI IDVAPVIPVF FLLLAFVWQA AVGFR

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 4.363087 KDa
配列文字列:
MSGPNPNKQP VELNRTSLFW GLLLIFVLAV LFSSYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #18: PsbM

分子名称: PsbM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 3.933613 KDa
配列文字列:
MNVSVAAYLA VLLGTFVPVV FLVTLYIQSE SRKAGSS

+
分子 #19: Psb-gama_linker

分子名称: Psb-gama_linker / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 31.745117 KDa
配列文字列: TRLVSDWSSD VCSSDLSRMM KSLALAAVGL AVGAEAFAPT PMVGGAKLAL RTSSTRSVAT VGPKMAMDVN AIVEGAQYLT AAVPNVPFV DEITGEPQGL TAPIVHFGSV ISLWLLFALP VWSAAYKAAG ADTAEWVGVS QVTEDAPGIG LYGKYAPEYD G PTFREGLE ...文字列:
TRLVSDWSSD VCSSDLSRMM KSLALAAVGL AVGAEAFAPT PMVGGAKLAL RTSSTRSVAT VGPKMAMDVN AIVEGAQYLT AAVPNVPFV DEITGEPQGL TAPIVHFGSV ISLWLLFALP VWSAAYKAAG ADTAEWVGVS QVTEDAPGIG LYGKYAPEYD G PTFREGLE YVLSFAWKPP ILIAWKPRAD LDRAMMDPAR DTVVSSLYKS LGGALDKTAV YDEEDQLLIL SDMETFPETE LG RRRVAQA EAAGWFTGNP SFGKSLIEYS EETKKGMREP GTVSISAKEL AALRAEAAKK

+
分子 #20: PsbO

分子名称: PsbO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 32.104006 KDa
配列文字列: NRAAACSVTM QDNSLAKKAA GIAAIPLSFL LGVNAANAIT TEDIRGLTYS QVKGTGLANR CPEVSEQNAG GTIKFADDKK YKVTELCLE PKSFQIEEEV TKRRGETKKE FVDTKLMTRA TYSLTGIEGP IVFKDGGLTF LEKGGIDYAA TTVQLPGGER V PFLFTIKE ...文字列:
NRAAACSVTM QDNSLAKKAA GIAAIPLSFL LGVNAANAIT TEDIRGLTYS QVKGTGLANR CPEVSEQNAG GTIKFADDKK YKVTELCLE PKSFQIEEEV TKRRGETKKE FVDTKLMTRA TYSLTGIEGP IVFKDGGLTF LEKGGIDYAA TTVQLPGGER V PFLFTIKE LEGKFSSSQV SAGTELGGNF KTPSYRTGLF LDPKGRGGTT GYDMAVALPG LEADGGEGQD ELFAETNKVF QV TDGSIEM AFNRVDGTNG EFSGVFVSEQ LSDTDMGSKA PKKVLLKGIV FGKIEEQTGD EDY

+
分子 #21: PsbQ

分子名称: PsbQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 15.74891 KDa
配列文字列:
AASGDFPKQS YFGAAPISAP FGDTYGTAGA PIWEKLGETE KGIFTRIAQT TKDQLEQASE LISLGSWEAS RQRLRMTMYE TRKSMVRLT DVDGSKDAKD LFATFKKKLE ALDRALVAKD KALSIKLIGD VRASYNKWAA TVGGV

+
分子 #22: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 3.664447 KDa
配列文字列:
METLVYVFLL AGTLGVIFFA VFFRDPPRIA KK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #23: PsbU

分子名称: PsbU / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 13.211063 KDa
配列文字列:
MQAESVDRRG FLGALGAAVV AAPLAASANV EYPNVPYLGG SDIIDVNNAN VRVYTRLPGM YPAIAKKIIK RAPYKDINEM LEKGDFTAA EKDILDKYLP NLTALEPAPE YVIDNINNGL YR

+
分子 #24: Photosystem II cytochrome c550

分子名称: Photosystem II cytochrome c550 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 17.708234 KDa
配列文字列:
MLKRFSSLNI ILGMLLVSFV ASPVHATDLD ENTRTVPLDS SGTTVILTPE QVKRGKRLFN SSCGNCHVGG ITKTNPNLGL EPDALSLAT PARDNIDALV DYMKNPTTYD GLESIAELHP SVKSADIFPK MRSLSDEDLF AIGGHILLQP KLSSEKWGGG K IYY

UniProtKB: Photosystem II cytochrome c550

+
分子 #25: PsbW

分子名称: PsbW / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 13.751879 KDa
配列文字列:
TRSLCDWSSD VCSSDLSKVL FLALCLVAGA SAFNAPAPMA LRASKTAMTM KAEGPMPKLA KALAPAIAAA NIAIASPVFA EGTGEALGI DDTRLIVPVI LIPVITFILY AGFASEQDNE DFFDTYDQRR K

+
分子 #26: Photosystem II reaction center protein X

分子名称: Photosystem II reaction center protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 4.149939 KDa
配列文字列:
MTPSLSAFIN SLLLGLFVVV IPIGAALFLV SQSDRVTRT

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein X

+
分子 #27: Photosystem II reaction center protein Psb30

分子名称: Photosystem II reaction center protein Psb30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 3.763581 KDa
配列文字列:
MFNPTTLFQL IALFLVITSG PAIIVLIAFR RGNL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Psb30

+
分子 #28: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 6.57399 KDa
配列文字列:
MVGLLQILVS ILILLSFALV VGVPVILVSP GEWEKSKGLV YSAAGLWFGL VIVIAAFNSF VI

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #29: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #30: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #31: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #32: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #33: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 210 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #34: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #35: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...

分子名称: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 24 / 式: 8CT
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-8CT:
(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene

+
分子 #36: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

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分子 #37: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 24 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #38: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 14 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #39: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 48 / 式: II0
分子量理論値: 564.84 Da
Chemical component information

ChemComp-II0:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / アロキサンチン

+
分子 #40: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 8 / 式: IHT
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-IHT:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン

+
分子 #41: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #42: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 16 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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分子 #43: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #44: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #45: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 84 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 168683
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る