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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38565 | |||||||||
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タイトル | Structure of the sea urchin spSLC9C1 in state-2 w/o cAMP protomer | |||||||||
マップデータ | map of spSLC9C1 state-2 protomer | |||||||||
試料 |
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キーワード | Sodium-hydrogen exchanger / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium:proton antiporter activity / sperm head / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / cGMP binding / single fertilization / sperm flagellum / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / cAMP-mediated signaling ...potassium:proton antiporter activity / sperm head / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / cGMP binding / single fertilization / sperm flagellum / cAMP binding / potassium ion transmembrane transport / cAMP-mediated signaling / regulation of intracellular pH / protein homodimerization activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | |||||||||
データ登録者 | Qu H / Zheng X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Insight / 年: 2024 タイトル: Structures of a sperm-specific sodium-hydrogen exchanger. 著者: Hongyuan Qu / Yi Zhen / Mohan Xu / Yan Huang / Yashu Wang / Gaoyuan Ji / Yuyu Zhang / Haitao Li / Zigang Dong / Xiangdong Zheng / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38565.map.gz | 57.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38565-v30.xml emd-38565.xml | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38565.png | 122.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38565.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_38565_half_map_1.map.gz emd_38565_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38565 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38565 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38565_validation.pdf.gz | 773.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38565_full_validation.pdf.gz | 772.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38565_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38565_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38565 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38565 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38565.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map of spSLC9C1 state-2 protomer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: map of spSLC9C1 state-2 protomer
ファイル | emd_38565_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | map of spSLC9C1 state-2 protomer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_38565_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : solute carrier 9C1 protomer
全体 | 名称: solute carrier 9C1 protomer |
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要素 |
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-超分子 #1: solute carrier 9C1 protomer
超分子 | 名称: solute carrier 9C1 protomer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ) |
-分子 #1: Sperm-specific sodium proton exchanger
分子 | 名称: Sperm-specific sodium proton exchanger / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ) |
分子量 | 理論値: 144.950125 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GSSSGGSGHT PTTQATHADD HDLTTHNGTE EHDDGHDDGH DDLHAHAPKV IVFISGSCLF GAISRSLFKK LPIPYTVVLL ILGAILGVV ASNVPLVEEH TRDVAHMDPH VLLQIFLPVL IFESAFAMDV HTFMRSFSQV CILALFGLVV ASVLTAVLAM N LFNYNWNF ...文字列: GSSSGGSGHT PTTQATHADD HDLTTHNGTE EHDDGHDDGH DDLHAHAPKV IVFISGSCLF GAISRSLFKK LPIPYTVVLL ILGAILGVV ASNVPLVEEH TRDVAHMDPH VLLQIFLPVL IFESAFAMDV HTFMRSFSQV CILALFGLVV ASVLTAVLAM N LFNYNWNF SEAMMFGAIM SATDPVAVVA LLKDLGASKQ LGTIIEGESL LNDGCAIVIF NVFMKMVFFP QLTSTVGQNV LY FLQVAVA GPLWGYAVAK VTVFFLSHIF NDALVEITIT LAATYLTYYI GDIWLEVSGV LAVVVLGLIV NAEKTSISPE VEV FLHRFW EMLAYLANTL IFMMVGVVVT QKALVAVDKM DWFYLIILYL AITIIRGMVI SLFSPILSRI GYGLTWRNAV IMTW GGLRG AVGLALALVV ENLAGNDVIG SKFLFHTAGI VVLTLVINAT TIQTLLRILG MSDISIPKRL AMAGAVRRIH EGQNR TLNM LKSDRFLADA DWDIATAACE ISDPYSALSD DENAPADELT LGERKSVCPG CKAMVPNEPS PREFADMMEE ARLRML KAE KISYWKQFEH GMLAREALRL LVQHAEVAAD EKDQFILVDD LKKSWQIKGI YPWLKRKLED LISEKKIAAI PMPKYKL GK LMYKICHHMA FEVTINIAIV LNIVPIIMEF VVQDKMASVS TMAAPGSTVS SEPSSLQKIE DALRISNYVF FVIYAIEA I VKILGLGRHY IVSHWNKFDA FILVVALVDI IIAETLLKGS ITINLSSIKV VKLFRLLRGL RMLRLTKALI PKLILVVNG KINNQLSLGY DVGKGYIIGE EEVGKIIDRM VDNKKILREL KHISETGRLQ VVKELGLLQR EHPGIAVSVK TRQAIRTILN HSRETIHEL QGAGLLDEME AHKLELTVEI KMKRLMNAPS SIPPPPPENL LKNVSWLAGD MKLIDFIKAR ASLLHFDYGE V IVREGDES DGLFLIVSGL VKLYGKSAFL DHDNPPVTAG SEENEVFEDY LTVGNVIGEM GVLTKKPRNA TVTCETTVQV YF ITAEDMN IAIDTFTLYP SLEYRLWRVV AIRIATPLIM EQMAFQGWTQ EKVKLHLERG YLVDLAESHF QFNIDATLED VIL INGTAY NAHTREEIRS PCLISRTVHK LTFQYTATEE PRLFVVRNAE YNGPILDGRL DVDSKRSLIS ITEISSNMCL KHAA ELRQK NSKVMLSRKS SGAAAKEEED CIPNTSDVEQ AAGVSPSVPT KTTPKPKSFL PSLGLSMSKE RVNGEAVEES PVKTK QGEE TPETEEGAAP RVNVASNSLE VLFQ UniProtKB: Sperm-specific sodium:proton exchanger |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 225150 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |