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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38499 | |||||||||
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タイトル | Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Henipavirus / Fusion glycoprotein / Antibody / ANTIVIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 membrane fusion involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Henipavirus nipahense (ウイルス) / Macaca (オナガザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Fan PF / Ren Y / Yu CM / Chen W | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6 著者: Fan PF / Yu CM / Chen W / Ren Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38499.map.gz | 350.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38499-v30.xml emd-38499.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38499_fsc.xml | 15 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38499.png | 116 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38499.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_38499_half_map_1.map.gz emd_38499_half_map_2.map.gz | 344.5 MB 344.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38499 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38499 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38499_validation.pdf.gz | 858.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38499_full_validation.pdf.gz | 858.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38499_validation.xml.gz | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38499_validation.cif.gz | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38499 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38499 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8xn9MC 8xnhC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38499.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.74 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38499_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38499_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutral...
全体 | 名称: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6 |
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要素 |
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-超分子 #1: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutral...
超分子 | 名称: Nipah virus fusion glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 1D6 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) |
-超分子 #2: Nipah virus fusion glycoprotein
超分子 | 名称: Nipah virus fusion glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) |
-超分子 #3: 1D6 Fab
超分子 | 名称: 1D6 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Macaca (オナガザル) |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Henipavirus nipahense (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 55.418305 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ETGGILHYEK LSKIGLVKGV TRKYKIKSNP LTKDIVIKMI PNVSNMSQCT GSVMENYKTR LNGILTPIKG ALEIYKNNTH DLVGDVRLA GVIMAGVAIG IATAAQITAG VALYEAMKNA DNINKLKSSI ESTNEAVVKL QETAEKTVYV LTALQDYINT N LVPTIDKI ...文字列: ETGGILHYEK LSKIGLVKGV TRKYKIKSNP LTKDIVIKMI PNVSNMSQCT GSVMENYKTR LNGILTPIKG ALEIYKNNTH DLVGDVRLA GVIMAGVAIG IATAAQITAG VALYEAMKNA DNINKLKSSI ESTNEAVVKL QETAEKTVYV LTALQDYINT N LVPTIDKI SCKQTELSLD LALSKYLSDL LFVFGPNLQD PVSNSMTIQA ISQAFGGNYE TLLRTLGYAT EDFDDLLESD SI TGQIIYV DLSSYYIIVR VYFPILTEIQ QAYIQELLPV SFNNDNSEWI SIVPNFILVR NTLISNIEIG FCLITKRSVI CNQ DYATPM TNNMRECLTG STEKCPRELV VSSHVPRFAL SNGVLFANCI SVTCQCQTTG RAISQSGEQT LLMIDNTTCP TAVL GNVII SLGKYLGSVN YNSEGIAIGP PVFTDKVDIS SQISSMNQSL QQSKDYIKEA QRLLDGTMKQ IEDKIEEILS KIYHI ENEI ARIKKLIGEG GSHHHHHH UniProtKB: Fusion glycoprotein F0 |
-分子 #2: 1D6 VH
分子 | 名称: 1D6 VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca (オナガザル) |
分子量 | 理論値: 22.08533 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: PVLTQPPSAS EAARKSVTIS CSGSSSNIGS NSVSWYQQLP GTALKLLISY NDQRASGVSD RFSGSKSGTS ASLAISGLQT EDEADYYCA AWDDSLSGPV FGGGTRLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS ...文字列: PVLTQPPSAS EAARKSVTIS CSGSSSNIGS NSVSWYQQLP GTALKLLISY NDQRASGVSD RFSGSKSGTS ASLAISGLQT EDEADYYCA AWDDSLSGPV FGGGTRLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHKSYSCQV THEGSTVEKT VAP |
-分子 #3: 1D6 VL
分子 | 名称: 1D6 VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca (オナガザル) |
分子量 | 理論値: 25.657705 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGASIS SYWWGWIRQP PGKGLEWIAD IYPNSGSTNY NPSLKSRVTN SKDASKNQFS LKLSSVTAA DTAMYYCARA PRGYSYSYVF GHRFDVWGPG VLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGASIS SYWWGWIRQP PGKGLEWIAD IYPNSGSTNY NPSLKSRVTN SKDASKNQFS LKLSSVTAA DTAMYYCARA PRGYSYSYVF GHRFDVWGPG VLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDKTHHHHHH H |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 137 mM NaCl, 2.7mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 47.51 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |