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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38300 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cryo-EM / Vesicle Trafficking / Neural Development / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle tethering to Golgi / head development / regulation of smoothened signaling pathway / axoneme / RHOH GTPase cycle / cilium assembly / ciliary basal body / intracellular protein transport / trans-Golgi network / multicellular organism growth ...vesicle tethering to Golgi / head development / regulation of smoothened signaling pathway / axoneme / RHOH GTPase cycle / cilium assembly / ciliary basal body / intracellular protein transport / trans-Golgi network / multicellular organism growth / microtubule cytoskeleton / heart development / cytoplasmic vesicle / lysosomal membrane / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Jia GW / Deng QH / Su ZM / Jia D | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: The WDR11 complex is a receptor for acidic-cluster-containing cargo proteins. 著者: Huaqing Deng / Guowen Jia / Ping Li / Yingying Tang / Lin Zhao / Qin Yang / Jia Zhao / Jinrui Wang / Yingfeng Tu / Xin Yong / Sitao Zhang / Xianming Mo / Daniel D Billadeau / Zhaoming Su / Da Jia / 要旨: Vesicle trafficking is a fundamental process that allows for the sorting and transport of specific proteins (i.e., "cargoes") to different compartments of eukaryotic cells. Cargo recognition ...Vesicle trafficking is a fundamental process that allows for the sorting and transport of specific proteins (i.e., "cargoes") to different compartments of eukaryotic cells. Cargo recognition primarily occurs through coats and the associated proteins at the donor membrane. However, it remains unclear whether cargoes can also be selected at other stages of vesicle trafficking to further enhance the fidelity of the process. The WDR11-FAM91A1 complex functions downstream of the clathrin-associated AP-1 complex to facilitate protein transport from endosomes to the TGN. Here, we report the cryo-EM structure of human WDR11-FAM91A1 complex. WDR11 directly and specifically recognizes a subset of acidic clusters, which we term super acidic clusters (SACs). WDR11 complex assembly and its binding to SAC-containing proteins are indispensable for the trafficking of SAC-containing proteins and proper neuronal development in zebrafish. Our studies thus uncover that cargo proteins could be recognized in a sequence-specific manner downstream of a protein coat. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38300.map.gz | 192.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38300-v30.xml emd-38300.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38300_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38300.png | 66.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38300.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_38300_half_map_1.map.gz emd_38300_half_map_2.map.gz | 200.7 MB 200.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38300 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38300 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38300_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38300_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38300_validation.xml.gz | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38300_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38300 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38300 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8xfbMC 8z9mC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38300.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38300_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38300_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex
全体 | 名称: Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of partial dimeric WDR11-FAM91A1 complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: WD repeat-containing protein 11
分子 | 名称: WD repeat-containing protein 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 136.843406 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MLPYTVNFKV SARTLTGALN AHNKAAVDWG WQGLIAYGCH SLVVVIDSIT AQTLQVLEKH KADVVKVKWA RENYHHNIGS PYCLRLASA DVNGKIIVWD VAAGVAQCEI QEHAKPIQDV QWLWNQDASR DLLLAIHPPN YIVLWNADTG TKLWKKSYAD N ILSFSFDP ...文字列: MLPYTVNFKV SARTLTGALN AHNKAAVDWG WQGLIAYGCH SLVVVIDSIT AQTLQVLEKH KADVVKVKWA RENYHHNIGS PYCLRLASA DVNGKIIVWD VAAGVAQCEI QEHAKPIQDV QWLWNQDASR DLLLAIHPPN YIVLWNADTG TKLWKKSYAD N ILSFSFDP FDPSHLTLLT SEGIVFISDF SPSKPPSGPG KKVYISSPHS SPAHNKLATA TGAKKALNKV KILITQEKPS AE FITLNDC LQLAYLPSKR NHMLLLYPRE ILILDLEVNQ TVGVIAIERT GVPFLQVIPC FQRDGLFCLH ENGCITLRVR RSY NNIFTT SNEEPDPDPV QELTYDLRSQ CDAIRVTKTV RPFSMVCCPV NENAAALVVS DGRVMIWELK SAVCNRNSRN SSSG VSPLY SPVSFCGIPV GVLQNKLPDL SLDNMIGQSA IAGEEHPRGS ILREVHLKFL LTGLLSGLPA PQFAIRMCPP LTTKN IKMY QPLLAVGTSN GSVLVYHLTS GLLHKELSIH SCEVKGIEWT SLTSFLSFAT STPNNMGLVR NELQLVDLPT GRSIAF RGE RGNDESAIEM IKVSHLKQYL AVVFRDKPLE LWDVRTCTLL REMSKNFPTI TALEWSPSHN LKSLRKKQLA TREAMAR QT VVSDTELSIV ESSVISLLQE AESKSELSQN ISAREHFVFT DIDGQVYHLT VEGNSVKDSA RIPPDGSMGS ITCIAWKG D TLVLGDMDGN LNFWDLKGRV SRGIPTHRSW VRKIRFAPGK GNQKLIAMYN DGAEVWDTKE VQMVSSLRSG RNVTFRILD VDWCTSDKVI LASDDGCIRV LEMSMKSACF RMDEQELTEP VWCPYLLVPR ASLALKAFLL HQPWNGQYSL DISHVDYPEN EEIKNLLQE QLNSLSNDIK KLLLDPEFTL LQRCLLVSRL YGDESELHFW TVAAHYLHSL SQEKSASTTA PKEAAPRDKL S NPLDICYD VLCENAYFQK FQLERVNLQE VKRSTYDHTR KCTDQLLLLG QTDRAVQLLL ETSADNQHYY CDSLKACLVT TV TSSGPSQ STIKLVATNM IANGKLAEGV QLLCLIDKAA DACRYLQTYG EWNRAAWLAK VRLNPEECAD VLRRWVDHLC SPQ VNQKSK ALLVLLSLGC FFSVAETLHS MRYFDRAALF VEACLKYGAF EVTEDTEKLI TAIYADYARS LKNLGFKQGA VLFA SKAGA AGKDLLNELE SPKEEPIEE UniProtKB: WD repeat-containing protein 11 |
-分子 #2: Protein FAM91A1
分子 | 名称: Protein FAM91A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 95.253234 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHM NIDVEFHIRH NYPWNKLPAN VRQSLGNSQR EYEKQVVLYS IRNQLRYRNN LVKHVKKDER RYYEELLKYS RDHLMLYPY HLSDIMVKGL RITPFSYYTG IMEDIMNSEK SYDSLPNFTA ADCLRLLGIG RNQYIDLMNQ CRSSKKFFRR K TARDLLPI ...文字列: MHHHHHHHHM NIDVEFHIRH NYPWNKLPAN VRQSLGNSQR EYEKQVVLYS IRNQLRYRNN LVKHVKKDER RYYEELLKYS RDHLMLYPY HLSDIMVKGL RITPFSYYTG IMEDIMNSEK SYDSLPNFTA ADCLRLLGIG RNQYIDLMNQ CRSSKKFFRR K TARDLLPI KPVEIAIEAW WVVQAGYITE DDIKICTLPE KCAVDKIIDS GPQLSGSLDY NVVHSLYNKG FIYLDVPISD DS CIAVPPL EGFVMNRVQG DYFETLLYKI FVSIDEHTNV AELANVLEID LSLVKNAVSM YCRLGFAHKK GQVINLDQLH SSW KNVPSV NRLKSTLDPQ KMLLSWDGGE SRSPVQEASS ATDTDTNSQE DPADTASVSS LSLSTGHTKR IAFLFDSTLT AFLM MGNLS PNLKSHAVTM FEVGKLSDES LDSFLIELEK VQSTGEGEAQ RYFDHALTLR NTILFLRHNK DLVAQTAQPD QPNYG FPLD LLRCESLLGL DPATCSRVLN KNYTLLVSMA PLTNEIRPVS SCTPQHIGPA IPEVSSVWFK LYIYHVTGQG PPSLLL SKG TRLRKLPDIF QSYDRLLITS WGHDPGVVPT SNVLTMLNDA LTHSAVLIQG HGLHGIGETV HVPFPFDETE LQGEFTR VN MGVHKALQIL RNRVDLQHLC GYVTMLNASS QLADRKLSDA SDERGEPDLA SGSDVNGSTE SFEMVIEEAT IDSATKQT S GATTEADWVP LELCFGIPLF SSELNRKVCR KIAAHGLCRK ESLQNLLHSS RKLSLQVLNF VHSFQEGASI LDIHTEPSF SSLLSQSSCA DMGVPLPAKN LIFKDGVLSE WSGRSPSSLL IANLHLQ UniProtKB: Protein FAM91A1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |