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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38227 | |||||||||
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タイトル | C. elegans apo-SID1 structure | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | dsRNA recognition / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA transmembrane transporter activity / dsRNA transport / RNA transport / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / double-stranded RNA binding / lysosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å | |||||||||
データ登録者 | Gong DS | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Structural basis for double-stranded RNA recognition by SID1. 著者: Runhao Wang / Ye Cong / Dandan Qian / Chuangye Yan / Deshun Gong / 要旨: The nucleic acid transport properties of the systemic RNAi-defective (SID) 1 family make them attractive targets for developing RNA-based therapeutics and drugs. However, the molecular basis for ...The nucleic acid transport properties of the systemic RNAi-defective (SID) 1 family make them attractive targets for developing RNA-based therapeutics and drugs. However, the molecular basis for double-stranded (ds) RNA recognition by SID1 family remains elusive. Here, we report the cryo-EM structures of Caenorhabditis elegans (c) SID1 alone and in complex with dsRNA, both at a resolution of 2.2 Å. The dimeric cSID1 interacts with two dsRNA molecules simultaneously. The dsRNA is located at the interface between β-strand rich domain (BRD)1 and BRD2 and nearly parallel to the membrane plane. In addition to extensive ionic interactions between basic residues and phosphate backbone, several hydrogen bonds are formed between 2'-hydroxyl group of dsRNA and the contact residues. Additionally, the electrostatic potential surface shows three basic regions are fitted perfectly into three major grooves of dsRNA. These structural characteristics enable cSID1 to bind dsRNA in a sequence-independent manner and to distinguish between DNA and RNA. The cSID1 exhibits no conformational changes upon binding dsRNA, with the exception of a few binding surfaces. Structural mapping of dozens of loss-of-function mutations allows potential interpretation of their diverse functional mechanisms. Our study marks an important step toward mechanistic understanding of the SID1 family-mediated dsRNA uptake. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38227.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38227-v30.xml emd-38227.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38227_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38227.png | 120.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38227.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_38227_half_map_1.map.gz emd_38227_half_map_2.map.gz | 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38227 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38227 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38227_validation.pdf.gz | 866.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38227_full_validation.pdf.gz | 866.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38227_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38227_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38227 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38227 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8xbsMC 8xc1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38227.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38227_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38227_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : dimer of sid1
全体 | 名称: dimer of sid1 |
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要素 |
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-超分子 #1: dimer of sid1
超分子 | 名称: dimer of sid1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
-分子 #1: Systemic RNA interference defective protein 1
分子 | 名称: Systemic RNA interference defective protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 90.081664 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MIRVYLIILM HLVIGLTHHH HHHVEDYKDD DDKQNNSTTP SPIITSSNSS VLVFEISSKM KMIEKKLEAN TVHVLRLELD QSFILDLTK VAAEIVDSSK YSKEDGVILE VTVSNGRDSF LLKLPTVYPN LKLYTDGKLL NPLVEQDFGA HRKRHRIGDP H FHQNLIVT ...文字列: MIRVYLIILM HLVIGLTHHH HHHVEDYKDD DDKQNNSTTP SPIITSSNSS VLVFEISSKM KMIEKKLEAN TVHVLRLELD QSFILDLTK VAAEIVDSSK YSKEDGVILE VTVSNGRDSF LLKLPTVYPN LKLYTDGKLL NPLVEQDFGA HRKRHRIGDP H FHQNLIVT VQSRLNADID YRLHVTHLDR AQYDFLKFKT GQTTKTLSNQ KLTFVKPIGF FLNCSEQNIS QFHVTLYSED DI CANLITV PANESIYDRS VISDKTHNRR VLSFTKRADI FFTETEISMF KSFRIFVFIA PDDSGCSTNT SRKSFNEKKK ISF EFKKLE NQSYAVPTAL MMIFLTTPCL LFLPIVINII KNSRKLAPSQ SNLISFSPVP SEQRDMDLSH DEQQNTSSEL ENNG EIPAA ENQIVEEITA ENQETSVEEG NREIQVKIPL KQDSLSLHGQ MLQYPVAIIL PVLMHTAIEF HKWTTSTMAN RDEMC FHNH ACARPLGELR AWNNIITNIG YTLYGAIFIV LSICRRGRHE YSHVFGTYEC TLLDVTIGVF MVLQSIASAT YHICPS DVA FQFDTPCIQV ICGLLMVRQW FVRHESPSPA YTNILLVGVV SLNFLISAFS KTSYVRFIIA VIHVIVVGSI CLAKERS LG SEKLKTRFFI MAFSMGNFAA IVMYLTLSAF HLNQIATYCF IINCIMYLMY YGCMKVLHSE RITSKAKLCG ALSLLAWA V AGFFFFQDDT DWTRSAAASR ALNKPCLLLG FFGSHDLWHI FGALAGLFTF IFVSFVDDDL INTRKTSINI F UniProtKB: Systemic RNA interference defective protein 1 |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #5: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |