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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38214 | |||||||||
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タイトル | The structure of ASFV A137R | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | dodecahedron / African swine fever virus / polymer / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | A137R 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Li C / Song H / Gao GF | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2024 タイトル: African swine fever virus A137R assembles into a dodecahedron cage. 著者: Changyao Li / Mingzhu Jia / Tianjiao Hao / Qi Peng / Ruchao Peng / Yan Chai / Yi Shi / Hao Song / George F Gao / 要旨: African swine fever (ASF) is a highly contagious viral disease that affects domestic and wild pigs. The causative agent of ASF is African swine fever virus (ASFV), a large double-stranded DNA virus ...African swine fever (ASF) is a highly contagious viral disease that affects domestic and wild pigs. The causative agent of ASF is African swine fever virus (ASFV), a large double-stranded DNA virus with a complex virion structure. Among the various proteins encoded by ASFV, A137R is a crucial structural protein associated with its virulence. However, the structure and molecular mechanisms underlying the functions of A137R remain largely unknown. In this study, we present the structure of A137R determined by cryogenic electron microscopy single-particle reconstruction, which reveals that A137R self-oligomerizes to form a dodecahedron-shaped cage composed of 60 polymers. The dodecahedron is literally equivalent to a 1 icosahedron where the icosahedral vertexes are located in the center of each dodecahedral facet. Within each facet, five A137R protomers are arranged in a head-to-tail orientation with a long N-terminal helix forming the edge through which adjacent facets stitch together to form the dodecahedral cage. Combining structural analysis and biochemical evidence, we demonstrate that the N-terminal domain of A137R is crucial and sufficient for mediating the assembly of the dodecahedron. These findings imply the role of A137R cage as a core component in the icosahedral ASFV virion and suggest a promising molecular scaffold for nanotechnology applications. IMPORTANCE: African swine fever (ASF) is a lethal viral disease of pigs caused by African swine fever virus (ASFV). No commercial vaccines and antiviral treatments are available for the prevention ...IMPORTANCE: African swine fever (ASF) is a lethal viral disease of pigs caused by African swine fever virus (ASFV). No commercial vaccines and antiviral treatments are available for the prevention and control of the disease. A137R is a structural protein of ASFV that is associated with its virulence. The discovery of the dodecahedron-shaped cage structure of A137R in this study is of great importance in understanding ASFV pathogenicity. This finding sheds light on the molecular mechanisms underlying the functions of A137R. Furthermore, the dodecahedral cage formed by A137R shows promise as a molecular scaffold for nanoparticle vectors. Overall, this study provides valuable insights into the structure and function of A137R, contributing to our understanding of ASFV and potentially opening up new avenues for the development of vaccines or treatments for ASF. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38214.map.gz | 17.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38214-v30.xml emd-38214.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38214_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38214.png | 54.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38214.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_38214_half_map_1.map.gz emd_38214_half_map_2.map.gz | 139.7 MB 139.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38214 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38214 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38214_validation.pdf.gz | 575.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38214_full_validation.pdf.gz | 574.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38214_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38214_validation.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38214 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38214 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8xb8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38214.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38214_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38214_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The structure of ASFV A137R
全体 | 名称: The structure of ASFV A137R |
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要素 |
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-超分子 #1: The structure of ASFV A137R
超分子 | 名称: The structure of ASFV A137R / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) |
-分子 #1: A137R
分子 | 名称: A137R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) |
分子量 | 理論値: 16.11455 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MEAVLTKLDQ EEKKALQNFH RCAWEETKNI INDFLEIPEE RCTYKFNSYT KKMELLFTPE FHTAWHEVPE CREFILNFLR LISGHRVVL KGPTFVFTKE IKNLGIPSTI NVDFQANIEN MDDLQKGNLI GKMNIKEG UniProtKB: A137R |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |