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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38109 | |||||||||
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タイトル | MCM in the Apo state. | |||||||||
マップデータ | Sample of MCM_apo | |||||||||
試料 |
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キーワード | Helicase / Replication / HYDROLASE | |||||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma J / Yi G / Ye M / MacGregor-Chatwin C / Sheng Y / Lu Y / Li M / Gilbert RJC / Zhang P | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: MCM in the Apo state 著者: Ma J / Yi G / Ye M / MacGregor-Chatwin C / Sheng Y / Lu Y / Li M / Gilbert RJC / Zhang P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38109.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38109-v30.xml emd-38109.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38109.png | 70.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38109.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38109 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38109 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38109_validation.pdf.gz | 358.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38109_full_validation.pdf.gz | 357.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38109_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38109_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38109 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38109 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38109.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sample of MCM_apo | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.072 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MCM homohexamer
全体 | 名称: MCM homohexamer |
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要素 |
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-超分子 #1: MCM homohexamer
超分子 | 名称: MCM homohexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌) |
-分子 #1: mini-chromosome maintenance complex 3
分子 | 名称: mini-chromosome maintenance complex 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus kodakarensis (古細菌) |
分子量 | 理論値: 76.631242 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDREEMIARF AKFLREYVDD EGNEVYINRL KDLLTVTPKR SLAIDWAHLN SFDPELADEL LNNPEEAIAS AEDAIQIVLR EPPLLVERE FKVHARFYNL PKTLLVKELG SEHINKLIQV EGIITRVSEV KPFVEKAVFV CRDCGNEMVR LQRPYENLVK P AKCDACGS ...文字列: MDREEMIARF AKFLREYVDD EGNEVYINRL KDLLTVTPKR SLAIDWAHLN SFDPELADEL LNNPEEAIAS AEDAIQIVLR EPPLLVERE FKVHARFYNL PKTLLVKELG SEHINKLIQV EGIITRVSEV KPFVEKAVFV CRDCGNEMVR LQRPYENLVK P AKCDACGS RNIELDVDKS RFLNFQSFRL QDRPESLKGG QMPRFVDAIL LDDLVDAALP GDRVLVTGVL RVILEQREKR PI FKKILEV NHIEQLSKEI EELEISPEDE QKIRELAKRK DIVDAIVDSI APAIWGHRIV KKGIALALFG GVQRTLPDGT KLR GESHVL LVGDPGVAKS QLLRYVANLA PRAIYTSGKS SSAAGLTAAA VRDEFTGSWV LEAGVLVLAD GGFALIDEFD KMSD RDRSA IHEALEQQTI SISKAGITAT LNSRTTVIAA ANPKFGRFNR HKSLPEQLDL PPTLLSRFDL IFLLLDEPDE KVDAS IAEH ILKVRRGEAE AVTPKIPYDL LKKYIAYARK NVHPVLSREA MEEIKRYYVK MRKGLRRGDE DGVQPIPITA RQLEAL IRL SEAHARMRLS ETVTREDARA AIEIIEAMMK TIAVDEEGNL DVSILEVGKS SKKINKIEKL VDIIKSLESE GEFGAPE EK VIEAAKQAGI GTKADIEKLL NELKSDGRVY EPRAGFYRVI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Generated using ab-initio reconstruction routine in cryoSPARC |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 445096 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |