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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38101 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub in complex with H2AK13Ub nucleosomes determined by activity-based chemical trapping strategy (adjacent H2AK13/15 dual-monoubiquitination) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNF168 / nucleosome / H2AK13/15 ubiquitination / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AK15 ubiquitin ligase activity / histone ubiquitin ligase activity / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Signaling by BMP / protein K6-linked ubiquitination / isotype switching / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein K11-linked ubiquitination / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of protein targeting to mitochondrion ...histone H2AK15 ubiquitin ligase activity / histone ubiquitin ligase activity / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Signaling by BMP / protein K6-linked ubiquitination / isotype switching / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / protein K11-linked ubiquitination / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / response to ionizing radiation / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / protein monoubiquitination / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of megakaryocyte differentiation / nucleosome binding / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / interstrand cross-link repair / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / ubiquitin ligase complex / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / telomere organization / Meiotic synapsis / positive regulation of DNA repair / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / DNA methylation / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / innate immune response in mucosa / ubiquitin binding / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Peroxisomal protein import / Transcriptional regulation by small RNAs / Regulation of TNFR1 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / protein modification process / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / heterochromatin formation / PKMTs methylate histone lysines / Metalloprotease DUBs / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / double-strand break repair via nonhomologous end joining / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / ubiquitin protein ligase activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / nucleosome / double-strand break repair / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å | |||||||||
データ登録者 | Ai HS / Tong ZB / Deng ZH / Pan M / Liu L | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Capturing Snapshots of Nucleosomal H2A K13/K15 Ubiquitination Mediated by the Monomeric E3 Ligase RNF168 著者: Ai H / Tong Z / Deng Z / Shi Q / Tao S / Liang J / Sun M / Wu X / Zheng Q / Liang L / Li JB / Gao S / Tian C / Liu L / Pan M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38101.map.gz | 3.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38101-v30.xml emd-38101.xml | 25.6 KB 25.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38101_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38101.png | 64.3 KB | ||
マスクデータ | emd_38101_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-38101.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_38101_additional_1.map.gz emd_38101_half_map_1.map.gz emd_38101_half_map_2.map.gz | 2.5 MB 49.7 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38101 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38101 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38101_validation.pdf.gz | 711.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38101_full_validation.pdf.gz | 710.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38101_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38101_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38101 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38101 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8x7kMC 8x7iC 8x7jC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.074 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_38101_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Cryo-EM map of RNF168/UbcH5c-Ub/monoubiquitinated nucleosome complex at a...
ファイル | emd_38101_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of RNF168/UbcH5c-Ub/monoubiquitinated nucleosome complex at a resolution of 6.2 angstrom | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38101_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38101_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub in complex with H2AK13Ub n...
+超分子 #1: cryo-EM structures of RNF168/UbcH5c-Ub in complex with H2AK13Ub n...
+分子 #1: Histone H3.2
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A type 1-B/E
+分子 #4: Histone H2B type 1-K
+分子 #5: Histone H2A type 1-B/E
+分子 #8: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
+分子 #9: E3 ubiquitin-protein ligase RNF168
+分子 #6: DNA (143-MER)
+分子 #7: DNA (143-MER)
+分子 #10: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |