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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structures of human XPR1 in closed states | |||||||||
![]() | main map | |||||||||
![]() |
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![]() | transport / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol hexakisphosphate binding / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / trans-Golgi network / virus receptor activity ...: / phosphate ion transport / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol hexakisphosphate binding / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / efflux transmembrane transporter activity / response to virus / trans-Golgi network / virus receptor activity / Golgi apparatus / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å | |||||||||
![]() | Jiang DH / Yan R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: STRUCTURE OF TRANSPORT 著者: Jiang DH / Yan R | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 117.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 74.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 978.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 978.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8x5bMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_38065_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_38065_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : transport
全体 | 名称: transport |
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要素 |
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-超分子 #1: transport
超分子 | 名称: transport / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Solute carrier family 53 member 1
分子 | 名称: Solute carrier family 53 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 54.831422 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: APAWTTFRVG LFCGIFIVLN ITLVLAAVFK LETDRSIWPL IRIYRGGFLL IEFLFLLGIN TYGWRQAGVN HVLIFELNPR SNLSHQHLF EIAGFLGILW CLSLLACFFA PISVIPTYVY PLALYGFMVF FLINPTKTFY YKSRFWLLKL LFRVFTAPFH K VGFADFWL ...文字列: APAWTTFRVG LFCGIFIVLN ITLVLAAVFK LETDRSIWPL IRIYRGGFLL IEFLFLLGIN TYGWRQAGVN HVLIFELNPR SNLSHQHLF EIAGFLGILW CLSLLACFFA PISVIPTYVY PLALYGFMVF FLINPTKTFY YKSRFWLLKL LFRVFTAPFH K VGFADFWL ADQLNSLSVI LMDLEYMICF YSLELKWDES KGLLPNNSEE SGICHKYTYG VRAIVQCIPA WLRFIQCLRR YR DTKRAFP HLVNAGKYST TFFMVTFAAL YSTHKERGHS DTMVFFYLWI VFYIISSCYT LIWDLKMDWG LFDKNAGENT FLR EEIVYP QKAYYYCAII EDVILRFAWT IQISITSTTL LPHSGDIIAT VFAPLEVFRR FVWNFFRLEN EHLNNCGEFR AVRD ISVAP LNADDQTLLE QMMDQDDGVR NRQKNRSWKY NQSISLRRPR LASQSKARDT KVLIEDTDDE ANT UniProtKB: Solute carrier family 53 member 1 |
-分子 #2: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PO4: |
-分子 #3: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 18 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-分子 #4: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLR: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 14 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 253874 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |