EMDB-37941: Open falcilysin, from free falcilysin dataset

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-37941

タイトル

Open falcilysin, from free falcilysin dataset

マップデータ

試料

複合体: Falcilysin
- タンパク質・ペプチド: Falcilysin
リガンド: ZINC ION

キーワード

falcilysin open conformation / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

hemoglobin catabolic process / apicoplast / food vacuole / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / vacuolar membrane / protein processing / metalloendopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Lin JQ / Yan XF / Lescar J

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Open falcilysin, from free falcilysin dataset
著者: Lin JQ / Yan XF / Lescar J

履歴

登録	2023年10月31日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年8月7日	-
マップ公開	2024年8月7日	-
更新	2024年8月7日	-
現状	2024年8月7日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_37941.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_37941.map.gz	6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-37941-v30.xml emd-37941.xml	17.8 KB 17.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_37941_fsc.xml	4.6 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_37941.png	20 KB
マスクデータ	emd_37941_msk_1.map	8 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-37941.cif.gz	5.9 KB
その他	emd_37941_additional_1.map.gz emd_37941_additional_2.map.gz emd_37941_half_map_1.map.gz emd_37941_half_map_2.map.gz	7.5 MB 1.3 MB 6 MB 6 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37941 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37941	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_37941_validation.pdf.gz	860 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_37941_full_validation.pdf.gz	859.5 KB	表示
XML形式データ	emd_37941_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_37941_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37941 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37941	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wyyMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (5) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (5)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_37941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.15 Å/pix. x 128 pix. = 146.688 Å	1.15 Å/pix. x 128 pix. = 146.688 Å	1.15 Å/pix. x 128 pix. = 146.688 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.146 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.00967
最小 - 最大	-0.023110038 - 0.05777166
平均 (標準偏差)	0.000352752 (±0.0034197094)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_37941_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #2

ファイル

emd_37941_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_37941_additional_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_37941_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_37941_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Falcilysin

全体	名称: Falcilysin
要素	複合体: Falcilysin タンパク質・ペプチド: Falcilysin リガンド: ZINC ION

-
超分子 #1: Falcilysin

超分子	名称: Falcilysin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

-
分子 #1: Falcilysin

分子	名称: Falcilysin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
分子量	理論値: 132.034156 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列	文字列: IHEKSPKHNS YDIIEKRYNE EFKMTYTVYQ HKKAKTQVIS LGTNDPLDVE QAFAFYVKTL THSGKGIPHI LEHSVLSGSK NYNYKNSIG LLEKGTLHTH LNAYTFNDRT VYMAGSMNNK DFFNIMGVYM DSVFQPNVLE NKYIFETEGW TYEVEKLKED E KGKAEIPQ ...文字列: IHEKSPKHNS YDIIEKRYNE EFKMTYTVYQ HKKAKTQVIS LGTNDPLDVE QAFAFYVKTL THSGKGIPHI LEHSVLSGSK NYNYKNSIG LLEKGTLHTH LNAYTFNDRT VYMAGSMNNK DFFNIMGVYM DSVFQPNVLE NKYIFETEGW TYEVEKLKED E KGKAEIPQ MKDYKVSFNG IVYNEMKGAL SSPLEDLYHE EMKYMFPDNV HSNNSGGDPK EITNLTYEEF KEFYYKNYNP KK VKVFFFS KNNPTELLNF VDQYLGQLDY SKYRDDAVES VEYQTYKKGP FYIKKKYGDH SEEKENLVSV AWLLNPKVDK TNN HNNNHS NNQSSENNGY SNGSHSSDLS LENPTDYFVL LIINNLLIHT PESVLYKALT DCGLGNNVID RGLNDSLVQY IFSI GLKGI KRNNEKIKNF DKVHYEVEDV IMNALKKVVK EGFNKSAVEA SINNIEFILK EANLKTSKSI DFVFEMTSKL NYNRD PLLI FEFEKYLNIV KNKIKNEPMY LEKFVEKHFI NNAHRSVILL EGDENYAQEQ ENLEKQELKK RIENFNEQEK EQVIKN FEE LSKYKNAEES PEHLNKFPII SISDLNKKTL EVPVNVYFTN INENNNIMET YNKLKTNEHM LKDNMDVFLK KYVLKND KH NTNNNNNNNN NMDYSFTETK YEGNVPILVY EMPTTGIVYL QFVFSLDHLT VDELAYLNLF KTLILENKTN KRSSEDFV I LREKNIGSMS ANVALYSKDD HLNVTDKYNA QALFNLEMHV LSHKCNDALN IALEAVKESD FSNKKKVIDI LKRKINGMK TTFSEKGYAI LMKYVKAHLN SKHYAHNIIY GYENYLKLQE QLELAENDFK TLENILVRIR NKIFNKKNLM VSVTSDYGAL KHLFVNSNE SLKNLVSYFE ENDKYINDMQ NKVNDPTVMG WNEEIKSKKL FDEEKVKKEF FVLPTFVNSV SMSGILFKPG E YLDPSFTV IVAALKNSYL WDTVRGLNGA YGVFADIEYD GSVVFLSARD PNLEKTLATF RESAKGLRKM ADTMTENDLL RY IINTIGT IDKPRRGIEL SKLSFLRLIS NESEQDRVEF RKRIMNTKKE DFYKFADLLE SKVNEFEKNI VIITTKEKAN EYI ANVDGE FKKVLIE UniProtKB: Falcilysin

-
分子 #2: ZINC ION

分子	名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量	理論値: 65.409 Da

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	0.5 mg/mL
緩衝液	pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Na HEPES, 300 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, pH 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 101660
初期角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終角度割当	タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
マスク #1

-
追加マップ: #2

-
追加マップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
ハーフマップ: #1

-
試料の構成要素

-
全体 : Falcilysin

-
超分子 #1: Falcilysin

-
分子 #1: Falcilysin

-
分子 #2: ZINC ION

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-マスク #1

-追加マップ: #2

-追加マップ: #1

-ハーフマップ: #2

-ハーフマップ: #1

-試料の構成要素

-全体 : Falcilysin

-超分子 #1: Falcilysin

-分子 #1: Falcilysin

-分子 #2: ZINC ION

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

+画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
マスク #1

-
追加マップ: #2

-
追加マップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
ハーフマップ: #1

-
試料の構成要素

-
全体 : Falcilysin

-
超分子 #1: Falcilysin

-
分子 #1: Falcilysin

-
分子 #2: ZINC ION

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)