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- EMDB-37937: Local map of human CD5L bound to IgM-Fc/J -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37937
タイトルLocal map of human CD5L bound to IgM-Fc/J
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2,CD5 antigen-like
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードimmunoglobulin / CD5 antigen-like / pentamer / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of complement-dependent cytotoxicity / hexameric IgM immunoglobulin complex / response to tacrolimus / kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / interleukin-2 receptor binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex ...positive regulation of complement-dependent cytotoxicity / hexameric IgM immunoglobulin complex / response to tacrolimus / kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / interleukin-2 receptor binding / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of lymphocyte proliferation / IgA binding / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / IgM immunoglobulin complex / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / regulation of complement activation / glomerular filtration / leukocyte activation involved in immune response / pre-B cell allelic exclusion / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of phagocytosis, engulfment / CD22 mediated BCR regulation / activated T cell proliferation / Interleukin-2 signaling / cell surface receptor signaling pathway via STAT / natural killer cell activation / kinase activator activity / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of immunoglobulin production / interleukin-2-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of respiratory burst / positive regulation of dendritic spine development / humoral immune response / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / cellular defense response / immune system process / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / growth factor activity / response to wounding / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / antibacterial humoral response / carbohydrate binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / blood microparticle / transcription by RNA polymerase II / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Potential therapeutics for SARS / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / response to ethanol / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / immune response / inflammatory response / innate immune response / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. ...Interleukin-2 / Interleukin-2, conserved site / Interleukin 2 / Interleukin-2 signature. / Interleukin-2 family / Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Four-helical cytokine-like, core / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CD5 antigen-like / Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin heavy constant mu / Interleukin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Wang YX / Su C / Xiao JY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: CD5L associates with IgM via the J chain.
著者: Yuxin Wang / Chen Su / Chenggong Ji / Junyu Xiao /
要旨: CD5 antigen-like (CD5L), also known as Spα or AIM (Apoptosis inhibitor of macrophage), emerges as an integral component of serum immunoglobulin M (IgM). However, the molecular mechanism underlying ...CD5 antigen-like (CD5L), also known as Spα or AIM (Apoptosis inhibitor of macrophage), emerges as an integral component of serum immunoglobulin M (IgM). However, the molecular mechanism underlying the interaction between IgM and CD5L has remained elusive. In this study, we present a cryo-electron microscopy structure of the human IgM pentamer core in complex with CD5L. Our findings reveal that CD5L binds to the joining chain (J chain) in a Ca-dependent manner and further links to IgM via a disulfide bond. We further corroborate recently published data that CD5L reduces IgM binding to the mucosal transport receptor pIgR, but does not impact the binding of the IgM-specific receptor FcμR. Additionally, CD5L does not interfere with IgM-mediated complement activation. These results offer a more comprehensive understanding of IgM and shed light on the function of the J chain in the immune system.
履歴
登録2023年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月9日-
マップ公開2024年10月9日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37937.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37937.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å		0.83 Å/pix.
x 400 pix.
= 332. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-1.4051087 - 1.966656
平均 (標準偏差)-0.0001947008 (±0.025047349)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 332.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37937_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37937_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L

全体名称: Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L
要素
  • 複合体: Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu
    • タンパク質・ペプチド: Interleukin-2,CD5 antigen-like
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L

超分子名称: Ternary complex of IgM-Fc with the J chain and CD5L / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Interleukin-2,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu

分子名称: Interleukin-2,Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant mu
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.086461 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS ASAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KIDTTIAELP PKVSVFVPPR DGFFGNPRKS KLICQATGF SPRQIQVSWL REGKQVGSGV TTDQVQAEAK ESGPTTYKVT STLTIKESDW LGQSMFTCRV DHRGLTFQQN A SSMCVPDQ ...文字列:
MYRMQLLSCI ALSLALVTNS ASAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KIDTTIAELP PKVSVFVPPR DGFFGNPRKS KLICQATGF SPRQIQVSWL REGKQVGSGV TTDQVQAEAK ESGPTTYKVT STLTIKESDW LGQSMFTCRV DHRGLTFQQN A SSMCVPDQ DTAIRVFAIP PSFASIFLTK STKLTCLVTD LTTYDSVTIS WTRQNGEAVK THTNISESHP NATFSAVGEA SI CEDDWNS GERFTCTVTH TDLPSPLKQT ISRPKGVALH RPDVYLLPPA REQLNLRESA TITCLVTGFS PADVFVQWMQ RGQ PLSPEK YVTSAPMPEP QAPGRYFAHS ILTVSEEEWN TGETYTCVVA HEALPNRVTE RTVDKSTGKP TLYNVSLVMS DTAG TCY

UniProtKB: Interleukin-2, Immunoglobulin heavy constant mu

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分子 #2: Interleukin-2,CD5 antigen-like

分子名称: Interleukin-2,CD5 antigen-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.757547 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYRMQLLSCI ALSLALVTNS ARIHHHHHHH HSPSGVRLVG GLHRCEGRVE VEQKGQWGTV CDDGWDIKDV AVLCRELGCG AASGTPSGI LYEPPAEKEQ KVLIQSVSCT GTEDTLAQCE QEEVYDCSHD EDAGASCENP ESSFSPVPEG VRLADGPGHC K GRVEVKHQ ...文字列:
MYRMQLLSCI ALSLALVTNS ARIHHHHHHH HSPSGVRLVG GLHRCEGRVE VEQKGQWGTV CDDGWDIKDV AVLCRELGCG AASGTPSGI LYEPPAEKEQ KVLIQSVSCT GTEDTLAQCE QEEVYDCSHD EDAGASCENP ESSFSPVPEG VRLADGPGHC K GRVEVKHQ NQWYTVCQTG WSLRAAKVVC RQLGCGRAVL TQKRCNKHAY GRKPIWLSQM SCSGREATLQ DCPSGPWGKN TC NHDEDTW VECEDPFDLR LVGGDNLCSG RLEVLHKGVW GSVCDDNWGE KEDQVVCKQL GCGKSLSPSF RDRKCYGPGV GRI WLDNVR CSGEEQSLEQ CQHRFWGFHD CTHQEDVAVI CSG

UniProtKB: Interleukin-2, CD5 antigen-like

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分子 #3: Immunoglobulin J chain

分子名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.204727 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MKNHLLFWGV LAVFIKAVHV KAQEDERIVL VDNKCKCARI TSRIIRSSED PNEDIVERNI RIIVPLNNRE NISDPTSPLR TRFVYHLSD LCKKCDPTEV ELDNQIVTAT QSNICDEDSA TETCYTYDRN KCYTAVVPLV YGGETKMVET ALTPDACYPD Y PYDVPDYA

UniProtKB: Immunoglobulin J chain

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 381470
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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