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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37898 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human SLC15A3 (dimer) | |||||||||
マップデータ | B-factor sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidoglycan transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / peptidoglycan transport / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / monoatomic ion transport / protein transport / endosome membrane ...peptidoglycan transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / peptidoglycan transport / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / monoatomic ion transport / protein transport / endosome membrane / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.44 Å | |||||||||
データ登録者 | Kasai S / Zhang Z / Ohto U / Shimizu T | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human SLC15A3 (outward-facing partially occluded) 著者: Zhang Z / Kasai S / Sakaniwa K / Fujimura A / Ohto U / Shimizu T | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37898.map.gz | 46.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37898-v30.xml emd-37898.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37898.png | 80.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37898.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_37898_additional_1.map.gz emd_37898_half_map_1.map.gz emd_37898_half_map_2.map.gz | 45.4 MB 86 MB 86 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37898 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37898_validation.pdf.gz | 867.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37898_full_validation.pdf.gz | 866.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37898_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37898_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37898 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37898 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wx2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37898.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | B-factor sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_37898_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37898_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37898_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human SLC15A3
全体 | 名称: Human SLC15A3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Human SLC15A3
超分子 | 名称: Human SLC15A3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 15 member 3
分子 | 名称: Solute carrier family 15 member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 67.140953 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSYYHHHHHH DYKDDDDKLE VLFQGPEFMP APRAREQPRV PGERQPLLPR GARGPRRWRR AAGAAVLLVE MLERAAFFGV TANLVLYLN STNFNWTGEQ ATRAALVFLG ASYLLAPVGG WLADVYLGRY RAVALSLLLY LAASGLLPAT AFPDGRSSFC G EMPASPLG ...文字列: MSYYHHHHHH DYKDDDDKLE VLFQGPEFMP APRAREQPRV PGERQPLLPR GARGPRRWRR AAGAAVLLVE MLERAAFFGV TANLVLYLN STNFNWTGEQ ATRAALVFLG ASYLLAPVGG WLADVYLGRY RAVALSLLLY LAASGLLPAT AFPDGRSSFC G EMPASPLG PACPSAGCPR SSPSPYCAPV LYAGLLLLGL AASSVRSNLT SFGADQVMDL GRDATRRFFN WFYWSINLGA VL SLLVVAF IQQNISFLLG YSIPVGCVGL AFFIFLFATP VFITKPPMGS QVSSMLKLAL QNCCPQLWQR HSARDRQCAR VLA DERSPQ PGASPQEDIA NFQVLVKILP VMVTLVPYWM VYFQMQSTYV LQGLHLHIPN IFPANPANIS VALRAQGSSY TIPE AWLLL ANVVVVLILV PLKDRLIDPL LLRCKLLPSA LQKMALGMFF GFTSVIVAGV LEMERLHYIH HNETVSQQIG EVLYN AAPL SIWWQIPQYL LIGISEIFAS IPGLEFAYSE APRSMQGAIM GIFFCLSGVG SLLGSSLVAL LSLPGGWLHC PKDFGN INN CRMDLYFFLL AGIQAVTALL FVWIAGRYER ASQGPASHSR FSRDRG UniProtKB: Solute carrier family 15 member 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 56.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91199 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |