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- EMDB-37596: Human AGT1-rBAT complex in the apo-state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37596
タイトルHuman AGT1-rBAT complex in the apo-state
マップデータ
試料
  • 複合体: Human AGT1-rBAT complex in the apo-state
    • タンパク質・ペプチド: Amino acid transporter heavy chain SLC3A1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 7 member 13
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードcomplex / transport amino acid / leu-T fold / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC3A1 causes cystinuria (CSNU) / Defective SLC7A9 causes cystinuria (CSNU) / basic amino acid transport / basic amino acid transmembrane transporter activity / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / amino acid transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport ...Defective SLC3A1 causes cystinuria (CSNU) / Defective SLC7A9 causes cystinuria (CSNU) / basic amino acid transport / basic amino acid transmembrane transporter activity / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / amino acid transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-glutamate transmembrane transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / vacuolar membrane / antiporter activity / amino acid transport / brush border membrane / gene expression / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A1 / Solute carrier family 7 member 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Yan RH / Shi TH / Dong J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human AGT1-rBAT complex in the apo-state
著者: Yan RH / Shi TH / Dong J
履歴
登録2023年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37596.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37596.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.32 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.32 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 280.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.095 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24
最小 - 最大-0.46438318 - 1.3904227
平均 (標準偏差)0.0035150023 (±0.05426196)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 280.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37596_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37596_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human AGT1-rBAT complex in the apo-state

全体名称: Human AGT1-rBAT complex in the apo-state
要素
  • 複合体: Human AGT1-rBAT complex in the apo-state
    • タンパク質・ペプチド: Amino acid transporter heavy chain SLC3A1
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 7 member 13
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Human AGT1-rBAT complex in the apo-state

超分子名称: Human AGT1-rBAT complex in the apo-state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Amino acid transporter heavy chain SLC3A1

分子名称: Amino acid transporter heavy chain SLC3A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.856781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SGGTMASGHS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKV GSEEVDAGSS GRAEDKSKRD SIEMSMKGCQ TNNGFVHNED ILEQTPDPG SSTDNLKHST RGILGSQEPD FKGVQPYAGM PKEVLFQFSG QARYRIPREI LFWLTVASVL VLIAATIAII A LSPKCLDW ...文字列:
SGGTMASGHS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKV GSEEVDAGSS GRAEDKSKRD SIEMSMKGCQ TNNGFVHNED ILEQTPDPG SSTDNLKHST RGILGSQEPD FKGVQPYAGM PKEVLFQFSG QARYRIPREI LFWLTVASVL VLIAATIAII A LSPKCLDW WQEGPMYQIY PRSFKDSNKD GNGDLKGIQD KLDYITALNI KTVWITSFYK SSLKDFRYGV EDFREVDPIF GT MEDFENL VAAIHDKGLK LIIDFIPNHT SDKHIWFQLS RTRTGKYTDY YIWHDCTHEN GKTIPPNNWL SVYGNSSWHF DEV RNQCYF HQFMKEQPDL NFRNPDVQEE IKEILRFWLT KGVDGFSLDA VKFLLEAKHL RDEIQVNKTQ IPDTVTQYSE LYHD FTTTQ VGMHDIVRSF RQTMDQYSTE PGRYRFMGTE AYAESIDRTV MYYGLPFIQE ADFPFNNYLS MLDTVSGNSV YEVIT SWME NMPEGKWPNW MIGGPDSSRL TSRLGNQYVN VMNMLLFTLP GTPITYYGEE IGMGNIVAAN LNESYDINTL RSKSPM QWD NSSNAGFSEA SNTWLPTNSD YHTVNVDVQK TQPRSALKLY QDLSLLHANE LLLNRGWFCH LRNDSHYVVY TRELDGI DR IFIVVLNFGE STLLNLHNMI SGLPAKMRIR LSTNSADKGS KVDTSGIFLD KGEGLIFEHN TKNLLHRQTA FRDRCFVS N RACYSSVLNI LYTSC

UniProtKB: Amino acid transporter heavy chain SLC3A1

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分子 #2: Solute carrier family 7 member 13

分子名称: Solute carrier family 7 member 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.159797 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYRSGGTMAD YKDDDDKSGP DEVDASGRMD RGEKIQLKRV FGYWWGTSFL LINIIGAGIF VSPKGVLAYS CMNVGVSLCV WAGCAILAM TSTLCSAEIS ISFPCSGAQY YFLKRYFGST VAFLNLWTSL FLGSGVVAGQ ALLLAEYSIQ PFFPSCSVPK L PKKCLALA ...文字列:
DYRSGGTMAD YKDDDDKSGP DEVDASGRMD RGEKIQLKRV FGYWWGTSFL LINIIGAGIF VSPKGVLAYS CMNVGVSLCV WAGCAILAM TSTLCSAEIS ISFPCSGAQY YFLKRYFGST VAFLNLWTSL FLGSGVVAGQ ALLLAEYSIQ PFFPSCSVPK L PKKCLALA MLWIVGILTS RGVKEVTWLQ IASSVLKVSI LSFISLTGVV FLIRGKKENV ERFQNAFDAE LPDISHLIQA IF QGYFAYS GGACFTLIAG ELKKPRTTIP KCIFTALPLV TVVYLLVNIS YLTVLTPREI LSSDAVAITW ADRAFPSLAW IMP FAISTS LFSNLLISIF KSSRPIYLAS QEGQLPLLFN TLNSHSSPFT AVLLLVTLGS LAIILTSLID LINYIFFTGS LWSI LLMIG ILRRRYQEPN LSIPYKVFLS FPLATIVIDV GLVVIPLVKS PNVHYVYVLL LVLSGLLFYI PLIHFKIRLA WFEKM TCYL QLLFNICLPD VSEE

UniProtKB: Solute carrier family 7 member 13

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分子 #4: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 462604
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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