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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37570 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the flagellar C ring in the CW state | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | Flagellum / Flagellar motor / C ring / Switch complex / MOTOR PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / phosphorelay signal transduction system / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / metal ion binding ...archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / phosphorelay signal transduction system / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tan JX / Zhang L / Zhou Y / Zhu YQ | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the flagellar C ring in the CW state 著者: Tan JX / Zhang L / Zhou Y / Zhu YQ | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37570.map.gz | 776.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37570-v30.xml emd-37570.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37570_fsc.xml | 20 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37570.png | 65 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37570.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_37570_half_map_1.map.gz emd_37570_half_map_2.map.gz | 765 MB 765 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37570 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37570 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37570_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37570_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37570_validation.xml.gz | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37570_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37570 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37570 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37570.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37570_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37570_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : C ring-containing flagellar motor-hook complex in the CW state
全体 | 名称: C ring-containing flagellar motor-hook complex in the CW state |
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要素 |
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-超分子 #1: C ring-containing flagellar motor-hook complex in the CW state
超分子 | 名称: C ring-containing flagellar motor-hook complex in the CW state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
-分子 #1: Flagellar motor switch protein FliN
分子 | 名称: Flagellar motor switch protein FliN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 102 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 14.801823 KDa |
配列 | 文字列: MSDMNNPSDE NTGALDDLWA DALNEQKATT TKSAADAVFQ QLGGGDVSGA MQDIDLIMDI PVKLTVELGR TRMTIKELLR LTQGSVVAL DGLAGEPLDI LINGYLIAQG EVVVVADKYG VRITDIITPS ERMRRLSR UniProtKB: Flagellar motor switch protein FliN |
-分子 #2: Flagellar M-ring protein
分子 | 名称: Flagellar M-ring protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 34 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 61.295645 KDa |
配列 | 文字列: MSATASTATQ PKPLEWLNRL RANPRIPLIV AGSAAVAIVV AMVLWAKTPD YRTLFSNLSD QDGGAIVAQL TQMNIPYRFA NGSGAIEVP ADKVHELRLR LAQQGLPKGG AVGFELLDQE KFGISQFSEQ VNYQRALEGE LARTIETLGP VKSARVHLAM P KPSLFVRE ...文字列: MSATASTATQ PKPLEWLNRL RANPRIPLIV AGSAAVAIVV AMVLWAKTPD YRTLFSNLSD QDGGAIVAQL TQMNIPYRFA NGSGAIEVP ADKVHELRLR LAQQGLPKGG AVGFELLDQE KFGISQFSEQ VNYQRALEGE LARTIETLGP VKSARVHLAM P KPSLFVRE QKSPSASVTV TLEPGRALDE GQISAVVHLV SSAVAGLPPG NVTLVDQSGH LLTQSNTSGR DLNDAQLKFA ND VESRIQR RIEAILSPIV GNGNVHAQVT AQLDFANKEQ TEEHYSPNGD ASKATLRSRQ LNISEQVGAG YPGGVPGALS NQP APPNEA PIATPPTNQQ NAQNTPQTST STNSNSAGPR STQRNETSNY EVDRTIRHTK MNVGDIERLS VAVVVNYKTL ADGK PLPLT ADQMKQIEDL TREAMGFSDK RGDTLNVVNS PFSAVDNTGG ELPFWQQQSF IDQLLAAGRW LLVLVVAWIL WRKAV RPQL TRRVEEAKAA QEQAQVRQET EEAVEVRLSK DEQLQQRRAN QRLGAEVMSQ RIREMSDNDP RVVALVIRQW MSNDHE UniProtKB: Flagellar M-ring protein |
-分子 #3: Flagellar motor switch protein FliM
分子 | 名称: Flagellar motor switch protein FliM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 34 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 37.901066 KDa |
配列 | 文字列: MGDSILSQAE IDALLNGDSD TKDEPTPGIA SDSDIRPYDP NTQRRVVRER LQALEIINER FARQFRMGLF NLLRRSPDIT VGAIRIQPY HEFARNLPVP TNLNLIHLKP LRGTGLVVFS PSLVFIAVDN LFGGDGRFPT KVEGREFTHT EQRVINRMLK L ALEGYSDA ...文字列: MGDSILSQAE IDALLNGDSD TKDEPTPGIA SDSDIRPYDP NTQRRVVRER LQALEIINER FARQFRMGLF NLLRRSPDIT VGAIRIQPY HEFARNLPVP TNLNLIHLKP LRGTGLVVFS PSLVFIAVDN LFGGDGRFPT KVEGREFTHT EQRVINRMLK L ALEGYSDA WKAINPLEVE YVRSEMQVKF TNITTSPNDI VVNTPFHVEI GNLTGEFNIC LPFSMIEPLR ELLVNPPLEN SR HEDQNWR DNLVRQVQHS ELELVANFAD IPLRLSQILK LKPGDVLPIE KPDRIIAHVD GVPVLTSQYG TVNGQYALRV EHL INPILN SLNEEQPK UniProtKB: Flagellar motor switch protein FliM |
-分子 #4: Flagellar motor switch protein FliG
分子 | 名称: Flagellar motor switch protein FliG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 34 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 36.890957 KDa |
配列 | 文字列: MSNLSGTDKS VILLMTIGED RAAEVFKHLS TREVQALSTA MANVRQISNK QLTDVLSEFE QEAEQFAALN INANEYLRSV LVKALGEER ASSLLEDILE TRDTTSGIET LNFMEPQSAA DLIRDEHPQI IATILVHLKR SQAADILALF DERLRHDVML R IATFGGVQ ...文字列: MSNLSGTDKS VILLMTIGED RAAEVFKHLS TREVQALSTA MANVRQISNK QLTDVLSEFE QEAEQFAALN INANEYLRSV LVKALGEER ASSLLEDILE TRDTTSGIET LNFMEPQSAA DLIRDEHPQI IATILVHLKR SQAADILALF DERLRHDVML R IATFGGVQ PAALAELTEV LNGLLDGQNL KRSKMGGVRT AAEIINLMKT QQEEAVITAV REFDGELAQK IIDEMFLFEN LV DVDDRSI QRLLQEVDSE SLLIALKGAE PPLREKFLRN MSQRAADILR DDLANRGPVR LSQVENEQKA ILLIVRRLAE TGE MVIGSG EDTYV UniProtKB: Flagellar motor switch protein FliG |
-分子 #5: Chemotaxis protein CheY
分子 | 名称: Chemotaxis protein CheY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 34 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 14.177512 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MADKELKFLV VDKFSTMRRI VRNLLKELGF NNVEEAEDGV DALNKLQAGG FGFIISDWNM PNMDGLELLK TIRADSAMSA LPVLMVTAE AKKENIIAAA QAGASGWVVK PFTAATLEEK LNKIFEKLGM UniProtKB: Chemotaxis protein CheY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2. | |||||||||||||||
詳細 | This sample was prepared by incubating the C ring-containing flagellar motor-hook complex with the constitutively active mutant of CheY (CheY**) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |