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万見- EMDB-3752: The cryo-EM structure of Tick-borne encephalitis virus mature particle -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3752 | ||||||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of Tick-borne encephalitis virus mature particle | ||||||||||||
マップデータ | Mature tick-borne encephalitis virus particle | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | TBEV (ダニ媒介脳炎ウイルス) / Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Fuzik T / Plevka P | ||||||||||||
資金援助 | チェコ, ドイツ, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structure of tick-borne encephalitis virus and its neutralization by a monoclonal antibody. 著者: Tibor Füzik / Petra Formanová / Daniel Růžek / Kentaro Yoshii / Matthias Niedrig / Pavel Plevka / 要旨: Tick-borne encephalitis virus (TBEV) causes 13,000 cases of human meningitis and encephalitis annually. However, the structure of the TBEV virion and its interactions with antibodies are unknown. ...Tick-borne encephalitis virus (TBEV) causes 13,000 cases of human meningitis and encephalitis annually. However, the structure of the TBEV virion and its interactions with antibodies are unknown. Here, we present cryo-EM structures of the native TBEV virion and its complex with Fab fragments of neutralizing antibody 19/1786. Flavivirus genome delivery depends on membrane fusion that is triggered at low pH. The virion structure indicates that the repulsive interactions of histidine side chains, which become protonated at low pH, may contribute to the disruption of heterotetramers of the TBEV envelope and membrane proteins and induce detachment of the envelope protein ectodomains from the virus membrane. The Fab fragments bind to 120 out of the 180 envelope glycoproteins of the TBEV virion. Unlike most of the previously studied flavivirus-neutralizing antibodies, the Fab fragments do not lock the E-proteins in the native-like arrangement, but interfere with the process of virus-induced membrane fusion. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3752.map.gz | 49.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3752-v30.xml emd-3752.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3752_fsc.xml | 21 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3752.png | 336.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3752 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3752 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3752_validation.pdf.gz | 346 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3752_full_validation.pdf.gz | 345.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3752_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3752 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3752 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3752.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Mature tick-borne encephalitis virus particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.45 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR)
全体 | 名称: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR)
超分子 | 名称: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 70733 / 生物種: Tick-borne encephalitis virus (strain HYPR) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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分子量 | 理論値: 22 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Mature particle / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Envelope protein
分子 | 名称: Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: flavivirin |
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由来(天然) | 生物種: TBEV (ダニ媒介脳炎ウイルス) / 株: Hypr |
分子量 | 理論値: 53.667418 KDa |
配列 | 文字列: SRCTHLENRD FVTGTQGTTR VTLVLELGGC VTITAEGKPS MDVWLDAIYQ ENPAQTREYC LHAKLSDTKV AARCPTMGPA TLAEEHQGG TVCKRDQSDR GWGNHCGLFG KGSIVACVKA ACEAKKKATG HVYDANKIVY TVKVEPHTGD YVAANETHSG R KTASFTVS ...文字列: SRCTHLENRD FVTGTQGTTR VTLVLELGGC VTITAEGKPS MDVWLDAIYQ ENPAQTREYC LHAKLSDTKV AARCPTMGPA TLAEEHQGG TVCKRDQSDR GWGNHCGLFG KGSIVACVKA ACEAKKKATG HVYDANKIVY TVKVEPHTGD YVAANETHSG R KTASFTVS SEKTILTMGE YGDVSLLCRV ASGVDLAQTV ILELDKTVEH LPTAWQVHRD WFNDLALPWK HEGARNWNNA ER LVEFGAP HAVKMDVYNL GDQTGVLLKA LAGVPVAHIE GTKYHLKSGH VTCEVGLEKL KMKGLTYTMC DKTKFTWKRA PTD SGHDTV VMEVTFSGTK PCRIPVRAVA HGSPDVNVAM LITPNPTIEN NGGGFIEMQL PPGDNIIYVG ELSYQWFQKG SSIG RVFQK TKKGIERLTV IGEHAWDFGS AGGFLSSIGK ALHTVLGGAF NSIFGGVGFL PKLLLGVALA WLGLNMRNPT MSMSF LLAG VLVLAMTLGV GA |
-分子 #2: Small envelope protein M
分子 | 名称: Small envelope protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: flavivirin |
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由来(天然) | 生物種: TBEV (ダニ媒介脳炎ウイルス) / 株: Hypr |
分子量 | 理論値: 8.339867 KDa |
配列 | 文字列: SVLIPSHAQG ELTGRGHKWL EGDSLRTHLT RVEGWVWKNR LLALAMVTVV WLTLESVVTR VAVLVVLLCL APVYA |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: NITROGEN / 前処理 - 気圧: 0.007 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Wait time: 10 s Blot time: 2 s Blot force: -2 Drain time: 0 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5426 / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 22.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-395 |
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詳細 | An initial model was generated based on the known crystal structure of the ecto-domain (PDB:1SVB), Dengue virus type 2 and the Zika virus (PDB:5IRE,3J27) using the program Modeller. The model was rigid-body fitted to the electron density map of the TBEV particle using the program Chimera. Subsequently, the structure was manually corrected using the program Coot, followed by real-space refinement in Phenix and reciprocal space refinement in Refmac5. |
精密化 | 空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-5o6a: |