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万見
- EMDB-37498: Cryo-EM structure of GPIb-IX Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37498
タイトルCryo-EM structure of GPIb-IX Complex
マップデータ
試料
  • 複合体: GPIb-IX Complex
    • タンパク質・ペプチド: Platelet glycoprotein Ib alpha chain
  • タンパク質・ペプチド: Platelet glycoprotein Ib beta chain
  • タンパク質・ペプチド: Platelet glycoprotein IX
キーワードGPIb-IX Complex / platelet / BLOOD CLOTTING
機能・相同性
機能・相同性情報


thrombin-activated receptor activity / glycoprotein Ib-IX-V complex / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling ...thrombin-activated receptor activity / glycoprotein Ib-IX-V complex / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / blood coagulation, intrinsic pathway / Defective F9 activation / Platelet Adhesion to exposed collagen / positive regulation of platelet activation / megakaryocyte development / GP1b-IX-V activation signalling / regulation of blood coagulation / Platelet Aggregation (Plug Formation) / fibrinolysis / : / release of sequestered calcium ion into cytosol / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / platelet activation / cell morphogenesis / blood coagulation / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular exosome / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily ...: / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet glycoprotein Ib alpha chain / Platelet glycoprotein Ib beta chain / Platelet glycoprotein IX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Shu ZM / Duan JS / Zhou AW
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-Structure of GPIb-IX complex at 3.36 Angstroms resolution
著者: Shu ZM / Duan JS / Zhou AW
履歴
登録2023年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37498.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37498.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 386.712 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 386.712 Å		1.07 Å/pix.
x 360 pix.
= 386.712 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0742 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0457
最小 - 最大-0.018632924 - 2.1327229
平均 (標準偏差)0.00043259907 (±0.015095586)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 386.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37498_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37498_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GPIb-IX Complex

全体名称: GPIb-IX Complex
要素
  • 複合体: GPIb-IX Complex
    • タンパク質・ペプチド: Platelet glycoprotein Ib alpha chain
  • タンパク質・ペプチド: Platelet glycoprotein Ib beta chain
  • タンパク質・ペプチド: Platelet glycoprotein IX

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超分子 #1: GPIb-IX Complex

超分子名称: GPIb-IX Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Platelet glycoprotein Ib beta chain

分子名称: Platelet glycoprotein Ib beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.525904 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: CPAPCSCAGT LVDCGRRGLT WASLPTAFPV DTTELVLTGN NLTALPPGLL DALPALRTAH LGANPWRCDC RLVPLRAWLA GRPERAPYR DLRCVAPPAL RGRLLPYLAE DELRAACAPG PLCWGALAAQ LALLGLGLLH ALLLVLLLSR LRRLRARARA R AAARLSLT ...文字列:
CPAPCSCAGT LVDCGRRGLT WASLPTAFPV DTTELVLTGN NLTALPPGLL DALPALRTAH LGANPWRCDC RLVPLRAWLA GRPERAPYR DLRCVAPPAL RGRLLPYLAE DELRAACAPG PLCWGALAAQ LALLGLGLLH ALLLVLLLSR LRRLRARARA R AAARLSLT DPLVAERAGT DESGSGDYKD DDDK

UniProtKB: Platelet glycoprotein Ib beta chain

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分子 #2: Platelet glycoprotein IX

分子名称: Platelet glycoprotein IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.346125 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TKDCPSPCTC RALETMGLWV DCRGHGLTAL PALPARTRHL LLANNSLQSV PPGAFDHLPQ LQTLDVTQNP WHCDCSLTYL RLWLEDRTP EALLQVRCAS PSLAAHGPLG RLTGYQLGSC GWQLQASWVR PGVLWDVALV AVAALGLALL AGLLSATTEA L DSAWSHPQ ...文字列:
TKDCPSPCTC RALETMGLWV DCRGHGLTAL PALPARTRHL LLANNSLQSV PPGAFDHLPQ LQTLDVTQNP WHCDCSLTYL RLWLEDRTP EALLQVRCAS PSLAAHGPLG RLTGYQLGSC GWQLQASWVR PGVLWDVALV AVAALGLALL AGLLSATTEA L DSAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEK

UniProtKB: Platelet glycoprotein IX

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分子 #3: Platelet glycoprotein Ib alpha chain

分子名称: Platelet glycoprotein Ib alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.587024 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PDFCCLLPLG FYVLGLFWLL FASVVLILLL SWVGHVKPQA LDSGQGAALT TATQTTHLEL QRGRQVTVPR AWLLFLRGEL PTFRSSLFL WVRPNGRVGP LVAGRRPSAL SQGRGQDLLS TVSIRYSGHE LGGHHHHHHH H

UniProtKB: Platelet glycoprotein Ib alpha chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 180680
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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