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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37389 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of native mastigonemes isolated from Chlamydomonas reinhardtii at 3.0 angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cilia / arabinoglycan / PKD2 / PPII helix / mechanosensation. / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like / Putative ephrin-receptor like / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang J / Tao H / Chen J / Pan J / Yan C / Yan N | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Structure-guided discovery of protein and glycan components in native mastigonemes. 著者: Junhao Huang / Hui Tao / Jikun Chen / Yang Shen / Jianlin Lei / Junmin Pan / Chuangye Yan / Nieng Yan / 要旨: Mastigonemes, the hair-like lateral appendages lining cilia or flagella, participate in mechanosensation and cellular motion, but their constituents and structure have remained unclear. Here, we ...Mastigonemes, the hair-like lateral appendages lining cilia or flagella, participate in mechanosensation and cellular motion, but their constituents and structure have remained unclear. Here, we report the cryo-EM structure of native mastigonemes isolated from Chlamydomonas at 3.0 Å resolution. The long stem assembles as a super spiral, with each helical turn comprising four pairs of anti-parallel mastigoneme-like protein 1 (Mst1). A large array of arabinoglycans, which represents a common class of glycosylation in plants and algae, is resolved surrounding the type II poly-hydroxyproline (Hyp) helix in Mst1. The EM map unveils a mastigoneme axial protein (Mstax) that is rich in heavily glycosylated Hyp and contains a PKD2-like transmembrane domain (TMD). Mstax, with nearly 8,000 residues spanning from the intracellular region to the distal end of the mastigoneme, provides the framework for Mst1 assembly. Our study provides insights into the complexity of protein and glycan interactions in native bio-architectures. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37389.map.gz | 483.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37389-v30.xml emd-37389.xml | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37389_fsc.xml | 16.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37389.png | 80.7 KB | ||
マスクデータ | emd_37389_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-37389.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_37389_additional_1.map.gz emd_37389_additional_2.map.gz emd_37389_additional_3.map.gz emd_37389_half_map_1.map.gz emd_37389_half_map_2.map.gz | 483.2 MB 483.2 MB 483.4 MB 475.2 MB 475.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37389 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37389 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37389_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37389_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37389_validation.xml.gz | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37389_validation.cif.gz | 34.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37389 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37389 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wa2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37389.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_37389_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_37389_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_37389_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_37389_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37389_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37389_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : mastigoneme
全体 | 名称: mastigoneme |
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要素 |
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-超分子 #1: mastigoneme
超分子 | 名称: mastigoneme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-分子 #1: Mst1
分子 | 名称: Mst1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
分子量 | 理論値: 206.316203 KDa |
配列 | 文字列: MAMPRHGRRP ARCSSNRASQ WLLLVLGVAL AASPRFLLLV EAATYTLTLD KLGPTVNPTT SDAVTFTATV ASPDSTTAVF FTLDYGDGV TAETTRTTTG ALSTTPTANL VSAGTYTVTY ASIGTKFVTL RLYDSAVAPG VLLASKTVPI YVEDSTLTAT L LQSGVPRL ...文字列: MAMPRHGRRP ARCSSNRASQ WLLLVLGVAL AASPRFLLLV EAATYTLTLD KLGPTVNPTT SDAVTFTATV ASPDSTTAVF FTLDYGDGV TAETTRTTTG ALSTTPTANL VSAGTYTVTY ASIGTKFVTL RLYDSAVAPG VLLASKTVPI YVEDSTLTAT L LQSGVPRL NLAFSGFKGR VSSSTANRAD MWATIQLDTA PGVFESSRIF IGIAPTASTN YDFVIPDQVY NLEGAKTTVL RI YDAPVGG TLLRTFTPAA ANAVYVVDPS KYVLTLTVGP TSVTTADQVT FTQTTTEVSY SASATSPILQ WRFNWDDPSV VET PLAYPD ALTAASNFPT TATAVSSAAA STFRYTSTGS KNARLRLYDG ANNVIAEKIV VITVSNAGYT LALAKTTADP VTTD DTIAF SAGAKHLSST SQVWWTIDYG AGESSPRTAL TMTNVGAAAP NAIASLSNQY TSGGTKLATL RIYDRDGVGA NTGLL LAST TVTFTVTPVL YALESAVEPF SPIATVAAKW SFRIQRSKAT PAGVTESIKC AFFGADTGTA PADLAAWLTA ANGAGG LTA TILPSSIPSD IISFTRTYAA AAASLQGKLQ CFIGSTPLWD PYYPTPVFQV LAAAPTYTLS ASVTPAVVPV DTATLWT YN IIRSVPVPAG GPSLPILCSF WDGKTGAAPT TDAGWAALAG SANGKGTSMA PGSTTATCSF TPSYSTTGTA TPTLQLIQ N SFALDAATTV GFLSPVYTAP AFATVTAASY TISSYLNPVT PVAGGAAAVW RIVITRNAAV TASAKTLTCQ MPDNGQGGS PADVTADIAV GGTTTVCVFS IAGYTTATPG PYFATVNVVD GAVTTSHITK NFTVLASGTT APTYAVTSVV SPATPVKVST PVTYTFTIT RTTAVPAGGI PQPIICEFFN GEGTAPASAA AYWRVSTTIP DADTVVAVMA PGETTTTCTF TTYYTTVSAG G FTAKLMVF GESATAAPLL TSLSVTPSQL LAAVHSFATP MVVAAAVVAV ESTTISPNYN PTTPYTNIPT YFTFTLLRDP PV PPSASSG VQFACALYTG QNVNPASAPS AITDAVYKTF TDVTTAVATD ANYFADQQLR VVTMAPGTGR VSCTFPTLYA AAG PFSPKF FVFEYASSTV GANALAVADT VTSLTSFTTQ AAPTFITGPT NVPQRVPLPK GFRTTCFDGY ELIFSNDNYT NGVR VAVDA YPYPVGQCRK CPGGTATMDG YRCIPCPSGY WSNEGARECT ACPAGTIAKP AALTARAKYS IDPTTYHFVT HLAMG PESC KKCPKGYFQP NIAGTVCLPC PSGFVSTSGA TGCTACSEGT YHTDGVGTTT PGEATSLDTT DTFGSIYPII PNTCRQ CPA NTYLPLRGQA AIASMNLAAV SSATPCRPCE DGTWSKAGAA GCQKCPPGTY RNTWFSGQLG SPFITADGVP VATTLTE LG SGCSQCPPGT YAPTFGMSVC LPCPAGTFAS APGATACQQC KPGTNSLMGD RTQQMALVVT NAANDFPALR AYTISGMV A GPAYAKPIVT GPDTNFFMAG KSETCSTNLP GYYTDVDGLP IQLPCKPGTF MPFDTATANL LDTGLTVDGT QCYTCQTGT FNDEFSQPVC KACWSGSFAS KRGLPTCEIA QPGTFTNVAA AANATFNTAT LIPTGLVKGA QAPTPCGMGY FQSSAETTTC TACAVGTYA DQAGLAACKP CQPGRYQNSI GQRVCKPCDM GTYSRYGGEL CTKCPAGTVA SKTGSSQCTP CAAGFYANAP D SATSCRAC PRGYYGPYSG AYADNLGDEF EGPRGCYKCP YDFFADRPGV RQCTACPPLD LGGGNLVEQC TEDLGSQRCK PC SLLSKPK TARTEQS(HYP)(HYP)(HYP) (HYP)S(HYP)S(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP) (HYP)S (HYP)R(HYP)(HYP)S(HYP)N (HYP)(HYP)S(HYP)R(HYP)(HYP)S(HYP)A (HYP)(HYP)S(HYP)N(HYP) (HYP)(HYP)T S(HYP)(HYP)(HYP)S(HYP)(HYP)(HYP)S(HYP) (HYP)(HYP)(HYP)R(HYP)(HYP)(HYP) (HYP)(HYP) (HYP)(HYP)(HYP)(HYP)S(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)N RS(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP) (HYP)A SSAINPGGGV NQNGDPVGHR RAILSLMEDE DAEAAQEEQA IVDVDAEMQP QDDE UniProtKB: Tyrosine-protein kinase ephrin type A/B receptor-like domain-containing protein |
-分子 #2: Mstax
分子 | 名称: Mstax / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: Our Mstax sequence in the structure (chain G, H and I) represents the average sequence resulting from the statistical analysis of a segment of 34 repeated sequences in Mstax. コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 6.239464 KDa |
配列 | 文字列: (HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP) (HYP)GT(HYP)DQ(HYP)AA(HYP) AA (HYP)AA(HYP)AA(HYP) AA(HYP)(HYP)(HYP)AL(HYP)GA (HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP) (HYP)(HYP) (HYP)(HYP) ...文字列: (HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP) (HYP)GT(HYP)DQ(HYP)AA(HYP) AA (HYP)AA(HYP)AA(HYP) AA(HYP)(HYP)(HYP)AL(HYP)GA (HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP)(HYP) (HYP)(HYP) (HYP)(HYP)(HYP)(HYP)GV(HYP)(HYP)AA AAAAAA |
-分子 #25: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 6 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #26: alpha-L-arabinofuranose
分子 | 名称: alpha-L-arabinofuranose / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 20 / 式: AHR |
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分子量 | 理論値: 150.13 Da |
Chemical component information | ChemComp-AHR: |
-分子 #27: alpha-D-galactopyranose
分子 | 名称: alpha-D-galactopyranose / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 62 / 式: GLA |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ChemComp-GLA: |
-分子 #28: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |