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- EMDB-37249: Cryo-EM structure of EBV gH/gL-gp42 in complex with fab 2C1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37249
タイトルCryo-EM structure of EBV gH/gL-gp42 in complex with fab 2C1
マップデータ
試料
  • 複合体: Pentamer complex of gH/gL-gp42 with fab 2C1
    • タンパク質・ペプチド: Soluble gp42
    • タンパク質・ペプチド: 2C1 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 2C1 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
キーワードHuman gammaherpesvirus 4 / Neutralizing antibody / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / host cell endosome / carbohydrate binding / host cell Golgi apparatus / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Gammaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain ...Gammaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
BKRF2 / BXLF2 / Glycoprotein 42
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Fang XY / Zhao GX / Zeng MS / Liu Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2024
タイトル: Potent human monoclonal antibodies targeting Epstein-Barr virus gp42 reveal vulnerable sites for virus infection.
著者: Ge-Xin Zhao / Xin-Yan Fang / Guo-Long Bu / Shuai-Jia-Bin Chen / Cong Sun / Ting Li / Chu Xie / Yu Wang / Shu-Xin Li / Ning Meng / Guo-Kai Feng / Qian Zhong / Xiang-Wei Kong / Zheng Liu / Mu-Sheng Zeng /
要旨: Epstein-Barr virus (EBV) is linked to various malignancies and autoimmune diseases, posing a significant global health challenge due to the lack of specific treatments or vaccines. Despite its ...Epstein-Barr virus (EBV) is linked to various malignancies and autoimmune diseases, posing a significant global health challenge due to the lack of specific treatments or vaccines. Despite its crucial role in EBV infection in B cells, the mechanisms of the glycoprotein gp42 remain elusive. In this study, we construct an antibody phage library from 100 EBV-positive individuals, leading to the identification of two human monoclonal antibodies, 2B7 and 2C1. These antibodies effectively neutralize EBV infection in vitro and in vivo while preserving gp42's interaction with the human leukocyte antigen class II (HLA-II) receptor. Structural analysis unveils their distinct binding epitopes on gp42, different from the HLA-II binding site. Furthermore, both 2B7 and 2C1 demonstrate potent neutralization of EBV infection in HLA-II-positive epithelial cells, expanding our understanding of gp42's role. Overall, this study introduces two human anti-gp42 antibodies with potential implications for developing EBV vaccines targeting gp42 epitopes, addressing a critical gap in EBV research.
履歴
登録2023年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37249.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 328.32 Å		0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 328.32 Å		0.86 Å/pix.
x 384 pix.
= 328.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.3103017 - 0.6119628
平均 (標準偏差)-0.00030473294 (±0.010990349)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 328.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37249_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37249_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pentamer complex of gH/gL-gp42 with fab 2C1

全体名称: Pentamer complex of gH/gL-gp42 with fab 2C1
要素
  • 複合体: Pentamer complex of gH/gL-gp42 with fab 2C1
    • タンパク質・ペプチド: Soluble gp42
    • タンパク質・ペプチド: 2C1 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 2C1 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L

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超分子 #1: Pentamer complex of gH/gL-gp42 with fab 2C1

超分子名称: Pentamer complex of gH/gL-gp42 with fab 2C1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: Soluble gp42

分子名称: Soluble gp42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 22.398324 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GGRVAAAAIT WVPKPNVEVW PVDPPPPVNF NKTAEQEYGD KEVKLPHWTP TLHTFQVPQN YTKANCTYCN TREYTFSYKG CCFYFTKKK HTWNGCFQAC AELYPCTYFY GPTPDILPVV TRNLNAIESL WVGVYRVGEG NWTSLDGGTF KVYQIFGSHC T YVSKFSTV ...文字列:
GGRVAAAAIT WVPKPNVEVW PVDPPPPVNF NKTAEQEYGD KEVKLPHWTP TLHTFQVPQN YTKANCTYCN TREYTFSYKG CCFYFTKKK HTWNGCFQAC AELYPCTYFY GPTPDILPVV TRNLNAIESL WVGVYRVGEG NWTSLDGGTF KVYQIFGSHC T YVSKFSTV PVSHHECSFL KPCLCVSQRS NSHHHHHH

UniProtKB: Glycoprotein 42

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分子 #2: 2C1 heavy chain

分子名称: 2C1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.978212 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QLVQSGAEVK KPGSSVKVSC RASGGTFDTY AISWVRQAPG HGLEWMGGII PVSGTANYAQ KFQGRVTITA DESTGTAYMD LSSLRSEDT AVYYCARVPD YGTNTPFDYW GQ

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分子 #3: 2C1 light chain

分子名称: 2C1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.849269 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIRLTQSPSS LPASVGDRVT ITCRASQDIA TYLAWYQQKP GRAPNLLIYA TSTLQSGVPP RFSGSRSGTD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QLRTYPITFG QGTRLEIK

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分子 #4: Envelope glycoprotein H

分子名称: Envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 72.600352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LSEVKLHLDI EGHASHYTIP WTELMAKVPG LSPEALWREA NVTEDLASML NRYKLIYKTS GTLGIALAEP VDIPAVSEGS MQVDASKVH PGVISGLNSP ACMLSAPLEK QLFYYIGTML PNTRPHSYVF YQLRCHLSYV ALSINGDKFQ YTGAMTSKFL M GTYKRVTE ...文字列:
LSEVKLHLDI EGHASHYTIP WTELMAKVPG LSPEALWREA NVTEDLASML NRYKLIYKTS GTLGIALAEP VDIPAVSEGS MQVDASKVH PGVISGLNSP ACMLSAPLEK QLFYYIGTML PNTRPHSYVF YQLRCHLSYV ALSINGDKFQ YTGAMTSKFL M GTYKRVTE KGDEHVLSLV FGKTKDLPDL RGPFSYPSLT SAQSGDYSLV IVTTFVHYAN FHNYFVPNLK DMFSRAVTMT AA SYARYVL QKLVLLEMKG GCREPELDTE TLTTMFEVSV AFFKVGHAVG ETGNGCVDLR WLAKSFFELT VLKDIIGICY GAT VKGMQS YGLERLAAML MATVKMEELG HLTTEKQEYA LRLATVGYPK AGVYSGLIGG ATSVLLSAYN RHPLFQPLHT VMRE TLFIG SHVVLRELRL NVTTQGPNLA LYQLLSTALC SALEIGEVLR GLALGTESGL FSPCYLSLRF DLTRDKLLSM APQEA TLDQ AAVSNAVDGF LGRLSLERED RDAWHLPAYK CVDRLDKVLM IIPLINVTFI ISSDREVRGS ALYEASTTYL SSSLFL SPV IMNKCSQGAV AGEPRQIPKI QNFTRTQKSC IFCGFALLSY DEKEGLETTT YITSQEVQNS ILSSNYFDFD NLHVHYL LL TTNGTVMEIA GLY

UniProtKB: BXLF2

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分子 #5: Envelope glycoprotein L

分子名称: Envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 11.759323 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
PCCHVTQLRA QHLLALENIS DIYLVSNQTC DGFSLASLNS PKNGSNQLVI SRCANGLNVV SFFISILKRS SSALTGHLRE LLTTLETLY GSFSVEDLFG ANLNRYAW

UniProtKB: BKRF2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227428
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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