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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37163 | |||||||||
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タイトル | The local refined map of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike complexed with antibody PW5-570 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Antibody / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun L / Mao Q / Wang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Potent and broadly neutralizing antibodies against sarbecoviruses induced by sequential COVID-19 vaccination. 著者: Xiaoyu Zhao / Tianyi Qiu / Xiner Huang / Qiyu Mao / Yajie Wang / Rui Qiao / Jiayan Li / Tiantian Mao / Yuan Wang / Yewei Cun / Caicui Wang / Cuiting Luo / Chaemin Yoon / Xun Wang / Chen Li / ...著者: Xiaoyu Zhao / Tianyi Qiu / Xiner Huang / Qiyu Mao / Yajie Wang / Rui Qiao / Jiayan Li / Tiantian Mao / Yuan Wang / Yewei Cun / Caicui Wang / Cuiting Luo / Chaemin Yoon / Xun Wang / Chen Li / Yuchen Cui / Chaoyue Zhao / Minghui Li / Yanjia Chen / Guonan Cai / Wenye Geng / Zixin Hu / Jinglei Cao / Wenhong Zhang / Zhiwei Cao / Hin Chu / Lei Sun / Pengfei Wang / 要旨: The current SARS-CoV-2 variants strikingly evade all authorized monoclonal antibodies and threaten the efficacy of serum-neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, urging the ...The current SARS-CoV-2 variants strikingly evade all authorized monoclonal antibodies and threaten the efficacy of serum-neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, urging the need to develop antivirals against SARS-CoV-2 and related sarbecoviruses. Here, we identified both potent and broadly neutralizing antibodies from a five-dose vaccinated donor who exhibited cross-reactive serum-neutralizing activity against diverse coronaviruses. Through single B-cell sorting and sequencing followed by a tailor-made computational pipeline, we successfully selected 86 antibodies with potential cross-neutralizing ability from 684 antibody sequences. Among them, PW5-570 potently neutralized all SARS-CoV-2 variants that arose prior to Omicron BA.5, and the other three could broadly neutralize all current SARS-CoV-2 variants of concern, SARS-CoV and their related sarbecoviruses (Pangolin-GD, RaTG13, WIV-1, and SHC014). Cryo-EM analysis demonstrates that these antibodies have diverse neutralization mechanisms, such as disassembling spike trimers, or binding to RBM or SD1 to affect ACE2 binding. In addition, prophylactic administration of these antibodies significantly protects nasal turbinate and lung infections against BA.1, XBB.1, and SARS-CoV viral challenge in golden Syrian hamsters, respectively. Importantly, post-exposure treatment with PW5-5 and PW5-535 also markedly protects against XBB.1 challenge in these models. This study reveals the potential utility of computational process to assist screening cross-reactive antibodies, as well as the potency of vaccine-induced broadly neutralizing antibodies against current SARS-CoV-2 variants and related sarbecoviruses, offering promising avenues for the development of broad therapeutic antibody drugs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37163.map.gz | 111.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37163-v30.xml emd-37163.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37163.png | 83.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37163.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_37163_half_map_1.map.gz emd_37163_half_map_2.map.gz | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37163 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37163 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37163_validation.pdf.gz | 636.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37163_full_validation.pdf.gz | 636 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37163_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37163_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37163 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37163 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8kepMC 8kdmC 8kdrC 8kdsC 8kdtC 8kehC 8kejC 8kekC 8keoC 8keqC 8kerC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37163_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37163_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : BA.1 spike protein (S) in complex with broadly neutralizing antib...
全体 | 名称: BA.1 spike protein (S) in complex with broadly neutralizing antibody PW5-570 |
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要素 |
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-超分子 #1: BA.1 spike protein (S) in complex with broadly neutralizing antib...
超分子 | 名称: BA.1 spike protein (S) in complex with broadly neutralizing antibody PW5-570 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: PW5-570 heavy chain
分子 | 名称: PW5-570 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.548699 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QMQLVQSGPE VRKPGTSVKV SCRASVFSFD TSAVQWVRQA RGQPLEWIGW IVFGSSNTDY AQKFRDRVTI TGDMSTGTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP HCNRTNCHDG FDIWGQGTVV TVSSTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列: QMQLVQSGPE VRKPGTSVKV SCRASVFSFD TSAVQWVRQA RGQPLEWIGW IVFGSSNTDY AQKFRDRVTI TGDMSTGTAY MELSSLRSE DTAVYYCAAP HCNRTNCHDG FDIWGQGTVV TVSSTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKTH TCPPCPAPEL LG GPSVFLF PPKPKDTLMI SRTPEVTCVV VDVSHEDPEV KFNWYVDGVE VHNAKTKPRE EQYNSTYRVV SVLTVLHQDW LNG KEYKCK VSNKALPAPI EKTISKAKGQ PREPQVYTLP PSRDELTKNQ VSLTCLVKGF YPSDIAVEWE SNGQPENNYK TTPP VLDSD GSFFLYSKLT VDKSRWQQGN VFSCSVLHEA LHSHYTQKSL SLSPGK |
-分子 #2: PW5-570 light chain
分子 | 名称: PW5-570 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.802461 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVR SGYLGWYQQK PGQAPRLLIY GAYNRATGIP DRFRGSGSGT DFTLTISRLE PEDFVVYYC QQYDRSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVR SGYLGWYQQK PGQAPRLLIY GAYNRATGIP DRFRGSGSGT DFTLTISRLE PEDFVVYYC QQYDRSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #3: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: BA.1 spike / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.718297 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHVISG TNGTKRFDNP VLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DHKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ PFLMDLEGKQ GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPIIVR EPEDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LA LHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPT ESIVRF PNITNLCPFD EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NLAPFFTFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIR GDEVR QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVSGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGV AGFN CYFPLRSYSF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLK GTGVLTESNK KFLPFQ QFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVF QT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHRRAR SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLK RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KYFGGFNFS QILPDPSKPS KRSFIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFKGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGA ALQIPFAMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTA SALGKLQDVV NHNAQALNTL V KQLSSKFG AISSVLNDIF SRLDPPEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVFLSTFLS GLEVLFQGPG GWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG GSHHH HHHH H UniProtKB: Spike glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 439708 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |