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- EMDB-37130: Cryo-EM structure of the human parainfluenza virus hPIV3 L-P poly... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37130
タイトルCryo-EM structure of the human parainfluenza virus hPIV3 L-P polymerase in dimeric form
マップデータCryo-EM map of the human parainfluenza virus hPIV3 L-P polymerase in dimeric form, class 1
試料
  • 複合体: Human parainfluenza virus hPIV3 L-P polymerase in dimeric form
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードdimeric polymerase / parainfluenza virus / L-P polymerase / cryo-EM structure / non-segmented negative-strand RNA virus / L-L dimerization / RNA replication / RdRp active site / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / viral genome replication / virion component / host cell cytoplasm / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity ...GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / viral genome replication / virion component / host cell cytoplasm / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / GTPase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirinae P phosphoprotein C-terminal domain / Paramyxovirinae P phosphoprotein C-terminal region / RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase ...Paramyxovirinae P phosphoprotein C-terminal domain / Paramyxovirinae P phosphoprotein C-terminal region / RNA polymerase, phosphoprotein P, C-terminal XD, paramyxovirinae / RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile. / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirales mRNA-capping domain V / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Human respirovirus 3 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Xie J / Wang L / Zhai G / Wu D / Lin Z / Wang M / Yan X / Gao L / Huang X / Fearns R / Chen S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for dimerization of a paramyxovirus polymerase complex.
著者: Jin Xie / Mohamed Ouizougun-Oubari / Li Wang / Guanglei Zhai / Daitze Wu / Zhaohu Lin / Manfu Wang / Barbara Ludeke / Xiaodong Yan / Tobias Nilsson / Lu Gao / Xinyi Huang / Rachel Fearns / Shuai Chen /
要旨: The transcription and replication processes of non-segmented, negative-strand RNA viruses (nsNSVs) are catalyzed by a multi-functional polymerase complex composed of the large protein (L) and a ...The transcription and replication processes of non-segmented, negative-strand RNA viruses (nsNSVs) are catalyzed by a multi-functional polymerase complex composed of the large protein (L) and a cofactor protein, such as phosphoprotein (P). Previous studies have shown that the nsNSV polymerase can adopt a dimeric form, however, the structure of the dimer and its function are poorly understood. Here we determine a 2.7 Å cryo-EM structure of human parainfluenza virus type 3 (hPIV3) L-P complex with the connector domain (CD') of a second L built, while reconstruction of the rest of the second L-P obtains a low-resolution map of the ring-like L core region. This study reveals detailed atomic features of nsNSV polymerase active site and distinct conformation of hPIV3 L with a unique β-strand latch. Furthermore, we report the structural basis of L-L dimerization, with CD' located at the putative template entry of the adjoining L. Disruption of the L-L interface causes a defect in RNA replication that can be overcome by complementation, demonstrating that L dimerization is necessary for hPIV3 genome replication. These findings provide further insight into how nsNSV polymerases perform their functions, and suggest a new avenue for rational drug design.
履歴
登録2023年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_37130.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37130.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of the human parainfluenza virus hPIV3 L-P polymerase in dimeric form, class 1
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 391.32 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0225
最小 - 最大-0.059882548 - 0.13835108
平均 (標準偏差)0.000024363715 (±0.0028735108)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 391.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_37130_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half1 map

ファイルemd_37130_half_map_1.map
注釈half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2 map

ファイルemd_37130_half_map_2.map
注釈half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human parainfluenza virus hPIV3 L-P polymerase in dimeric form

全体名称: Human parainfluenza virus hPIV3 L-P polymerase in dimeric form
要素
  • 複合体: Human parainfluenza virus hPIV3 L-P polymerase in dimeric form
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Human parainfluenza virus hPIV3 L-P polymerase in dimeric form

超分子名称: Human parainfluenza virus hPIV3 L-P polymerase in dimeric form
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: NP_067153.2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 260.103703 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MISNQQSDNG QKENIKNLGA KRARKMDTES NNGTVSDILY PECHLNSPIV KGKIAQLHTI MSLPQPYDMD DDSILVITRQ KIKLNKLDK RQRSIRRLKL ILTEKVNDLG KYTFIRYPEM SKEMFKLYIP GINSKVTELL LKADRTYSQM TDGLRDLWIN V LSKLASKN ...文字列:
MISNQQSDNG QKENIKNLGA KRARKMDTES NNGTVSDILY PECHLNSPIV KGKIAQLHTI MSLPQPYDMD DDSILVITRQ KIKLNKLDK RQRSIRRLKL ILTEKVNDLG KYTFIRYPEM SKEMFKLYIP GINSKVTELL LKADRTYSQM TDGLRDLWIN V LSKLASKN DGSNYDLNEE INNISKVHTT YKSDKWYNPF KTWFTIKYDM RRLQKARNEI TFNVGKDYNL LEDQKNFLLI HP ELVLILD KQNYNGYLIT PELVLMYCDV VEGRWNISAC AKLDPKLQSM YQKGNNLWEV IDKLFPIMGE KTFDVISLLE PLA LSLIQT HDPVKQLRGA FLNHVLSEME LIFESGESIR EFLSVDYIDK ILDIFNESTI DEIAEIFSFF RTFGHPPLEA SIAA EKVRK YMYIEKQLKF DTVNKCHAIF CTIIINGYRE RHGGQWPPVT LPDHAHEFII NAYGSNSAIS YENAVDYYQS FIGIK FNKF IEPQLDEDLT IYMKDKALSP KKSNWDTVYP ASNLLYRTNA SNESRRLVEV FIADSKFDPH QILDYVESGD WLDDPE FNI SYSLKEKEIK QEGRLFAKMT YKMRATQVLS ETLLANNIGK FFQENGMVKG EIELLKRLTT ISISGVPRYN EVYNNSK SH TDDLKTYNKI SNLNLSSNQK SKKFEFKSTD IYNDGYETVS CFLTTDLKKY CLNWRYESTA LFGETCNQIF GLNKLFNW L HPRLEGSTIY VGDPYCPPSD KEHISLEDHP DSGFYVHNPR GGIEGFCQKL WTLISISAIH LAAVRIGVRV TAMVQGDNQ AIAVTTRVPN NYDYRIKKEI VYKDVVRFFD SLREVMDDLG HELKLNETII SSKMFIYSKR IYYDGRILPQ ALKALSRCVF WSETVIDET RSASSNLATS FAKAIENGYS PVLGYACSIF KNIQQLYIAL GMNINPTITQ NIKDQYFKNS NWMQYASLIP A SVGGFNYM AMSRCFVRNI GDPSVAALAD IKRFIKANLL DRSVLYRIMN QEPGESSFLD WASDPYSCNL PQSQNITTMI KN ITARNVL QDSPNPLLSG LFTNTMIEED EELAEFLMDR KVILPRVAHD ILDNSLTGIR NAIAGMLDTT KSLIRVGINR GGL TYSLLR KISNYDLVQY ETLSRTLRLI VSDKIRYEDM CSVDLAIALR QKMWIHLSGG RMISGLETPD PLELLSGVVI TGSE HCKIC YSSDGTNPYT WMYLPGNIKI GSAETGVSSL RVPYFGSVTD ERSEAQLGYI KNLSKPAKAA IRIAMIYTWA FGNDE ISWM EASQIAQTRA NFTLDSLKIL TPVATSTNLS HRLKDTATQM KFSSTSLIRV SRFITMSNDN MSIKEANETK DTNLIY QQI MLTGLSVFEY LFRLKETTGH NPIVMHLHIE DECCIKESFN DEHINPESTL ELIRYPESNE FIYDKDPLKD VDLSKLM VI KDHSYTIDMN YWDDTDIIHA ISICTAITIA DTMSQLDRDN LKEIIVIAND DDINSLITEF LTLDILVFLK TFGGLLVN Q FAYTLYSLKI EGRDLIWDYI MRTLRDTSHS ILKVLSNALS HPKVFKRFWD CGVLNPIYGP NTASQDQIKL ALSICEYAL DLFMREWLNG VSLEIYICDS DMEVANDRKQ AFISRHLSFV CCLAEIASFG PNLLNLTYLE RLDLLKQYLE LNIKEDPTLK YVQISGLLI KSFPSTVTYV RKTAIKYLRI RGISPPEVID DWDPIEDENM LDNIVKTIND NCNKDNKGNK INNFWGLALK N YQVLKIRS ITSDSDDNDR LDASTSGLTL PQGGNYLSHQ LRLFGINSTS CLKALELSQI LMKEVNKDKD RLFLGEGAGA ML ACYDATL GPAINYYNSG LNITDVIGQR ELKIFPSEVS LVGKKLGNVT QILNRVKVLF NGNPNSTWIG NMECESLIWS ELN DKSIGL VHCDMEGAIG KSEETVLHEH YSVIRITYLI GDDDVVLVSK IIPTITPNWS RILYLYKLYW KDVSIISLKT SNPA STELY LISKDAYCTI MEPSEVVLSK LKRLSLLEEN NLLKWIILSK KRNNEWLHHE IKEGERDYGV MRPYHMALQI FGFQI NLNH LAKEFLSTPD LTNINNIIQS FQRTIKDVLF EWINITHDDK RHKLGGRYNI FPLKNKGKLR LLSRRLVLSW ISLSLS TRL LTGRFPDEKF EHRAQTGYVS LADTDLESLK LLSKNIIKNY RECIGSISYW FLTKEVKILM KLIGGAKLLG IPRQYKE PE EQLLENYNQH DEFDIDDYKD DDDK

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: NP_067149.1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human respirovirus 3 (ウイルス)
分子量理論値: 68.471312 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MESDAKNYQI MDSWEEESRD KSTNISSALN IIEFILSTDP QEDLSENDTI NTRTQQLSAT IYQPKIKPTE TSEKDSGSTD KNRQSGSSH ECTTEAKDRT IDQETVQRGP GRRSSSDSRA ETVVSGGISR SITNSKNGTQ NTEDIDLNEI RKMDKDSIEG K VRQSADVP ...文字列:
MESDAKNYQI MDSWEEESRD KSTNISSALN IIEFILSTDP QEDLSENDTI NTRTQQLSAT IYQPKIKPTE TSEKDSGSTD KNRQSGSSH ECTTEAKDRT IDQETVQRGP GRRSSSDSRA ETVVSGGISR SITNSKNGTQ NTEDIDLNEI RKMDKDSIEG K VRQSADVP SEISGSDVIF TTEQSRNSDH GRSLESISTP DTRSISVVTA ATPDDEEEIL MKNSRTKKSS SIHQEDDKRI KK GGKGKDW FKKSKDTDNQ IPTSDYRSTS KGQKKISKTT TINTDTKGQT EIQTESSGTQ SSSWNLTIDN NTDRTEQTNT TPP TTTSGS TYTKESIRTN SGSKPKTQKT NGKERKDTEE SNRFTERAIT LLQNLGVIQS TSKLDLYQDK RVVCVANVLN NVDT ASKID FLAGLVIGVS MDNDTKLTQI QNEMLNLKAD LKKMDESHRR LIENQREQLS LITSLISNLK IMTERGGKKD QNESN ERVS MIKTKLKEEK IKKTRFDPLM ETQGIDKNIP DLYRHAGNTL ENDVQVKSEI LSSYNESNAT RLIPKKVSST MRSLVA VIS NSNLSQSTKQ SYINELKHCK NDEEVSELMD MFNEDVNNCQ HHHHHH

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析 #1

Image processing ID1
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102956
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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画像解析 #2

Image processing ID2
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 102956
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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