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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37129 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Hydrogenobacter thermophilus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | pre-tRNA processing / tRNA / pre-tRNA complex / HYDROLASE-RNA COMPLEX / RNA-free ribonuclease P / ribonuclease P | ||||||||||||
機能・相同性 | RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / PIN-like domain superfamily / RNA-free ribonuclease P 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア) / Hydrogenobacter thermophilus DSM 653 (バクテリア) / Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Teramoto T / Adachi N / Yokogawa T / Koyasu T / Mayanagi K / Nakamura T / Senda T / Kakuta Y | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Hydrogenobacter thermophilus minimal protein-only RNase P (HARP) in complex with pre-tRNAs 著者: Teramoto T / Koyasu T / Yokogawa T / Adachi N / Mayanagi K / Nakamura T / Senda T / Kakuta Y | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37129.map.gz | 228.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37129-v30.xml emd-37129.xml | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37129.png | 77.3 KB | ||
マスクデータ | emd_37129_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-37129.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_37129_half_map_1.map.gz emd_37129_half_map_2.map.gz | 194.6 MB 194.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37129 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37129 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37129_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37129_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37129_validation.xml.gz | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37129_validation.cif.gz | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37129 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37129 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8kdaMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_37129_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37129_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37129_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in co...
全体 | 名称: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in co...
超分子 | 名称: Hydrogenobacter thermophilus RNA-free ribonuclease P, HARP, in complex with pre-tRNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Hydrogenobacter thermophilus (バクテリア) |
-分子 #1: RNA-free ribonuclease P
分子 | 名称: RNA-free ribonuclease P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease P |
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由来(天然) | 生物種: Hydrogenobacter thermophilus DSM 653 (バクテリア) 株: DSM 6534 |
分子量 | 理論値: 21.93909 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MDTFVLDTSV FTNPDVYHQF EEDQLGAIEN FISLASHTNA NFFMPTSVYY EFTKMVSLGD LAPKFELVVR IRSPRKWGLM VPAEFLYEF IEEVRYRINK GLRIAEEHTK EAGKLAEEEV GRVVNRLREK YREALRAGII DSKEDVDVLL LSYELDAILV S GDEGLRKW ...文字列: MDTFVLDTSV FTNPDVYHQF EEDQLGAIEN FISLASHTNA NFFMPTSVYY EFTKMVSLGD LAPKFELVVR IRSPRKWGLM VPAEFLYEF IEEVRYRINK GLRIAEEHTK EAGKLAEEEV GRVVNRLREK YREALRAGII DSKEDVDVLL LSYELDAILV S GDEGLRKW ADRVGIKLID PKNLRYIMEN L UniProtKB: RNA-free ribonuclease P |
-分子 #2: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal
分子 | 名称: Aquifex aeolicus pre-tRNAVal / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 5 |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 23.650148 KDa |
配列 | 文字列: AAGGCGCGUA GCUCAGUAGG GAGAGCGCCG GCCCGACACG CCGGAGGUCG GGGGUUCAAG UCCCCCCGCG CCU GENBANK: GENBANK: AE000657.1 |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 11206 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 215000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |