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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36943 | |||||||||
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タイトル | the alpha-galactosidase 5 with Cacl2 | |||||||||
マップデータ | this is map of alpha-galactosidases with cacl2. | |||||||||
試料 |
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キーワード | alpha-Galactosidase / HYDROLASE / Cacl2 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Blautia pseudococcoides (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å | |||||||||
データ登録者 | Li YW / Ru YX | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Activity-Based Meta proteomics Drives Discovery and Enzymological Characterization of Novel alpha-galactosidases in the Gut Microbiome 著者: Li YW / Ru YX | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36943.map.gz | 20.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36943-v30.xml emd-36943.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36943_fsc.xml | 6.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36943.png | 40.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36943.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_36943_half_map_1.map.gz emd_36943_half_map_2.map.gz | 17 MB 17 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36943 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36943 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36943_validation.pdf.gz | 924.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36943_full_validation.pdf.gz | 924.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36943_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36943_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36943 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36943 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | this is map of alpha-galactosidases with cacl2. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: this is half map1.
ファイル | emd_36943_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | this is half map1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: this is half map2.
ファイル | emd_36943_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | this is half map2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The tetramer alpha-galactosidase 5 protein with Cacl2
全体 | 名称: The tetramer alpha-galactosidase 5 protein with Cacl2 |
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要素 |
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-超分子 #1: The tetramer alpha-galactosidase 5 protein with Cacl2
超分子 | 名称: The tetramer alpha-galactosidase 5 protein with Cacl2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Blautia pseudococcoides (バクテリア) |
-分子 #1: Alpha-galactosidase
分子 | 名称: Alpha-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Blautia pseudococcoides (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 88.017266 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAVIFHEKTK EFHIFNREVS YLMRIMENGQ LENLYYGKVI RDKEDFGYLH EEAMRSQMSV CIPEPGILSM QYTRQEYPVY GTGDYRSPA LTVLQENGSR LVDFSYVSHE IYKGKKGIPP LPSTYAESED EAETLEVTLH DQVTDTDLVL TYTIYEDYPV I TRNARFEQ ...文字列: MAVIFHEKTK EFHIFNREVS YLMRIMENGQ LENLYYGKVI RDKEDFGYLH EEAMRSQMSV CIPEPGILSM QYTRQEYPVY GTGDYRSPA LTVLQENGSR LVDFSYVSHE IYKGKKGIPP LPSTYAESED EAETLEVTLH DQVTDTDLVL TYTIYEDYPV I TRNARFEQ KGEQKIVLER AMSASVEFLD MDYELVQLSG AWSRERYVKN RKLEMGIQSV HSLNGTCGGA EHNPFIALKR PQ TTENQGE VYGFSLVYSG NFLAQAEVST FDMTRVMLGI NPEDFSWELN QGESFQTPEV VMVYSDRGLN KMSQAYHRLY RTR LMRVTW RDKARPILLN NWEATYFDFN EEKILKIAEK AKEAGVELFV LDDGWFGARN DDYRGLGDWY VNLEKLPDGI AGLS RKVEA LGLKFGLWVE LEMVNKDSDL YRAHPDWLIG APDRFESHAR HQHVLDFSRK EVVDYIYKMI AKVLRESSIS YIKWD MNRY MTEPYSRGAD ASQQGKVMHK YILGVYDLYT RLTTEFPEIL FESCASGGAR FDPAMLYFAP QTWTSDDTDA SERTKI QYG TSYVYPVVSM GSHVSAVPNH QMHRMTPIET RANVAYFGTF GYELDLNLLS EAELESVKKQ IAFMKEYREL IQVDGDF YR LLSPFEGNET AWMVVAQDKS RAVAAFYQRM NKVNASWIRF KLQGLDAGTL YEVSCDMAPS ASYDESLAKI YGIQTEEN M VKTYRAYGDE LMQVGIPIDR EDLNKKGGDF ASLLYTLKKV TD UniProtKB: Alpha-galactosidase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |