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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc | |||||||||
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![]() | IgE / high-affinity IgE receptor / allergy / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response / negative regulation of mast cell apoptotic process ...Platelet Adhesion to exposed collagen / IgE receptor activity / Fc-epsilon receptor I complex / serotonin secretion / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Dectin-2 family / Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / T cell differentiation involved in immune response / negative regulation of mast cell apoptotic process / high-affinity IgE receptor activity / GPVI-mediated activation cascade / FCERI mediated MAPK activation / Fc-gamma receptor III complex / mast cell apoptotic process / mast cell activation / FCERI mediated Ca+2 mobilization / serotonin secretion by platelet / positive regulation of interleukin-3 production / FCERI mediated NF-kB activation / Cell surface interactions at the vascular wall / neutrophil activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / Fc-gamma receptor signaling pathway / positive regulation of mast cell degranulation / regulation of platelet activation / positive regulation of type III hypersensitivity / IgE binding / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of protein localization to cell surface / : / leukotriene biosynthetic process / positive regulation of type I hypersensitivity / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / IgG binding / mast cell degranulation / phagocytosis, engulfment / positive regulation of interleukin-4 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of immune response / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of calcium-mediated signaling / neutrophil chemotaxis / Neutrophil degranulation / SH2 domain binding / osteoclast differentiation / establishment of localization in cell / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / phosphoprotein binding / calcium-mediated signaling / receptor internalization / positive regulation of interleukin-6 production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immune response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway / endosome / defense response to bacterium / immune response / protein heterodimerization activity / membrane raft / external side of plasma membrane / innate immune response / protein kinase binding / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å | |||||||||
![]() | Zhang Z / Yui M / Ohto U / Shimizu T | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Mouse Fc epsilon RI in complex withMouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc mIgE Fc 著者: Zhang Z / Yui M / Ohto U / Shimizu T | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 49.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 85 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 26.5 MB 49 MB 49 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k7tMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.245 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_36941_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36941_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36941_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc
全体 | 名称: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc |
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要素 |
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-超分子 #1: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc
超分子 | 名称: Mouse Fc epsilon RI in complex with mIgE Fc / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 31.646197 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MVTGRSAQLC LALLFMSLDV ILTATEKSVL TLDPPWIRIF TGEKVTLSCY GNNHLQMNST TKWIHNGTVS EVNSSHLVIV SATVQDSGK YICQKQGLFK SKPVYLNVTQ DWLLLQTSAD MVLVHGSFDI RCHGWKNWNV RKVIYYRNDH AFNYSYESPV S IREATLND ...文字列: MVTGRSAQLC LALLFMSLDV ILTATEKSVL TLDPPWIRIF TGEKVTLSCY GNNHLQMNST TKWIHNGTVS EVNSSHLVIV SATVQDSGK YICQKQGLFK SKPVYLNVTQ DWLLLQTSAD MVLVHGSFDI RCHGWKNWNV RKVIYYRNDH AFNYSYESPV S IREATLND SGTYHCKGYL RQVKYESDKF RIAVVKAYKC KYYWLQLIFP LLVAILFAVD TGLLLSTEEQ FKSVLEIQKT GK YKKVETE LLTENLYFQG DYKDDDDKHH HHHHHH UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit alpha |
-分子 #2: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 11.890856 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MISAVILFLL LLVEQAAALG EPQLCYILDA VLFLYGIVLT LLYCRLKIQV RKAAIASREK ADAVYTGLNT RSQETYETLK HEKPPQWSH PQFEKEQKLI SEEDL UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit gamma |
-分子 #3: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta
分子 | 名称: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27.166141 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDTENRSRAD LALPNPQESS SAPDIELLEA SPAKAAPPKQ TWRTFLKKEL EFLGATQILV GLICLCFGTI VCSVLYVSDF DEEVLLLYK LGYPFWGAVL FVLSGFLSII SERKNTLYLV RGSLGANIVS SIAAGTGIAM LILNLTNNFA YMNNCKNVTE D DGCFVASF ...文字列: MDTENRSRAD LALPNPQESS SAPDIELLEA SPAKAAPPKQ TWRTFLKKEL EFLGATQILV GLICLCFGTI VCSVLYVSDF DEEVLLLYK LGYPFWGAVL FVLSGFLSII SERKNTLYLV RGSLGANIVS SIAAGTGIAM LILNLTNNFA YMNNCKNVTE D DGCFVASF TTELVLMMLF LTILAFCSAV LFTIYRIGQE LESKKVPDDR LYEELNVYSP IYSELEDKGE TSSPVDSEQK LI SEEDL UniProtKB: High affinity immunoglobulin epsilon receptor subunit beta |
-分子 #4: IgE Fc
分子 | 名称: IgE Fc / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 40.369723 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: METGLRWLLL VAVLKGVQCV RPVNITDPTL ELLHSSCDPN AFHSTIQLYC FIYGHILNDV SVSWLMDDRE ITDTLAQTVL IKEEGKLAS TCSKLNITEQ QWMSESTFTC KVTSQGVDYL AHTRRCPDHE PRGVITYLIP PSPLDLYQNG APKLTCLVVD L ESEKNVNV ...文字列: METGLRWLLL VAVLKGVQCV RPVNITDPTL ELLHSSCDPN AFHSTIQLYC FIYGHILNDV SVSWLMDDRE ITDTLAQTVL IKEEGKLAS TCSKLNITEQ QWMSESTFTC KVTSQGVDYL AHTRRCPDHE PRGVITYLIP PSPLDLYQNG APKLTCLVVD L ESEKNVNV TWNQEKKTSV SASQWYTKHH NNATTSITSI LPVVAKDWIE GYGYQCIVDH PDFPKPIVRS ITKTPGQRSA PE VYVFPPP EEESEDKRTL TCLIQNFFPE DISVQWLGDG KLISNSQHST TTPLKSNGSN QGFFIFSRLE VAKTLWTQRK QFT CQVIHE ALQKPRKLEK TISTSLGNTS LRPSHHHHHH |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91911 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |