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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 | |||||||||
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![]() | neuropeptide Y receptor 1 / complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() pancreatic polypeptide receptor activity / peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / synaptic signaling via neuropeptide / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / neuropeptide Y receptor binding / neuropeptide receptor activity / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of appetite / adult feeding behavior ...pancreatic polypeptide receptor activity / peptide YY receptor activity / neuropeptide Y receptor activity / synaptic signaling via neuropeptide / negative regulation of adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway involved in heart process / neuropeptide Y receptor binding / neuropeptide receptor activity / intestinal epithelial cell differentiation / positive regulation of appetite / adult feeding behavior / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of urine volume / negative regulation of adenylate cyclase activity / neuropeptide hormone activity / neuropeptide binding / positive regulation of neural precursor cell proliferation / feeding behavior / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / negative regulation of synaptic transmission / outflow tract morphogenesis / central nervous system neuron development / neuronal dense core vesicle / regulation of calcium ion transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / negative regulation of apoptotic signaling pathway / neuropeptide signaling pathway / regulation of multicellular organism growth / calcium channel regulator activity / GABA-ergic synapse / Adenylate cyclase inhibitory pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / response to nutrient / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / sensory perception of pain / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / locomotory behavior / Regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / regulation of blood pressure / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cerebral cortex development / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / glucose metabolic process / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / neuron projection development / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / midbody / G alpha (i) signalling events / cell body / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / chemical synaptic transmission / Extra-nuclear estrogen signaling 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Shen SY / Zhao C / Shao ZH | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 著者: Shen SY / Shao ZH | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 56.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 96.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 824 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 823.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k6mMC ![]() 8k6oC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36923_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36923_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Structural complex of neuropeptide Y receptor 1
全体 | 名称: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1
超分子 | 名称: Structural complex of neuropeptide Y receptor 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.516891 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEEECRQYR AVVYSNTIQS IMAIVKAMG NLQIDFADPS RADDARQLFA LSCTAEEQGV LPDDLSGVIR RLWADHGVQA CFGRSREYQL NDSAAYYLND L ERIAQSDY ...文字列: MGCTLSAEDK AAAERSKMID KNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEDG YSEEECRQYR AVVYSNTIQS IMAIVKAMG NLQIDFADPS RADDARQLFA LSCTAEEQGV LPDDLSGVIR RLWADHGVQA CFGRSREYQL NDSAAYYLND L ERIAQSDY IPTQQDVLRT RVKTTGIVET HFTFKDLHFK MFDVGAQRSE RKKWIHCFEG VTAIIFCVAL SAYDLVLAED EE MNRMHAS MKLFDSICNN KWFTDTSIIL FLNKKDLFEE KITHSPLTIC FPEYTGANKY DEAASYIQSK FEDLNKRKDT KEI YTHFTC STDTKNVQFV FDAVTDVIIK NNLKDCGLF UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2 |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 39.141793 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHLEVLF QGPGSSGSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSA SQDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT G YLSCCRFL ...文字列: MHHHHLEVLF QGPGSSGSEL DQLRQEAEQL KNQIRDARKA CADATLSQIT NNIDPVGRIQ MRTRRTLRGH LAKIYAMHWG TDSRLLVSA SQDGKLIIWD SYTTNKVHAI PLRSSWVMTC AYAPSGNYVA CGGLDNICSI YNLKTREGNV RVSRELAGHT G YLSCCRFL DDNQIVTSSG DTTCALWDIE TGQQTTTFTG HTGDVMSLSL APDTRLFVSG ACDASAKLWD VREGMCRQTF TG HESDINA ICFFPNGNAF ATGSDDATCR LFDLRADQEL MTYSHDNIIC GITSVSFSKS GRLLLAGYDD FNCNVWDALK ADR AGVLAG HDNRVSCLGV TDDGMAVATG SWDSFLKIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #4: Neuropeptide Y receptor type 1
分子 | 名称: Neuropeptide Y receptor type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.569445 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNSTLFSQVE NHSVHSNFSE KNAQLLAFEN DDCHLPLAMI FTLALAYGAV IILGVSGNLA LIIIILKQKE MRNVTNILIV NLSFSDLLV AIMCLPFTFV YTLMDHWVFG EAMCKLNPFV QCVSITVSIF SLVLIAVERH QLIINPRGWR PNNRHAYVGI A VIWVLAVA ...文字列: MNSTLFSQVE NHSVHSNFSE KNAQLLAFEN DDCHLPLAMI FTLALAYGAV IILGVSGNLA LIIIILKQKE MRNVTNILIV NLSFSDLLV AIMCLPFTFV YTLMDHWVFG EAMCKLNPFV QCVSITVSIF SLVLIAVERH QLIINPRGWR PNNRHAYVGI A VIWVLAVA SSLPFLIYQV MTDEPFQNVT LDAYKDKYVC FDQFPSDSHR LSYTTLLLVL QYFGPLCFIF ICYFKIYIRL KR RNNMMDK MRDNKYRSSE TKRINIMLLS IVVAFAVCWL PLTIFNTVFD WNHQIIATCN HNLLFLLCHL TAMISTCVNP IFY GFLNKN FQRDLQFFFN FCDFRSRDDD YET UniProtKB: Neuropeptide Y receptor type 1 |
-分子 #5: scFV16
分子 | 名称: scFV16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 28.636793 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAENLYFQ GHHHHHHHH |
-分子 #6: Neuropeptide Y
分子 | 名称: Neuropeptide Y / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 4.27872 KDa |
配列 | 文字列: YPSKPDNPGE DAPAEDMARY YSALRHYINL ITRQRY UniProtKB: Pro-neuropeptide Y |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127586 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |