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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36906 | ||||||||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 BA.1 spike with UT28-RD | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 / Antibody / Spike protein / STRUCTURAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Chen L / Kita S / Anraku Y / Maenaka K | ||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 5件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Rational in silico design identifies two mutations that restore UT28K SARS-CoV-2 monoclonal antibody activity against Omicron BA.1. 著者: Tatsuhiko Ozawa / Yoshiki Ikeda / Liuan Chen / Rigel Suzuki / Atsushi Hoshino / Akira Noguchi / Shunsuke Kita / Yuki Anraku / Emiko Igarashi / Yumiko Saga / Noriko Inasaki / Shunta Taminishi ...著者: Tatsuhiko Ozawa / Yoshiki Ikeda / Liuan Chen / Rigel Suzuki / Atsushi Hoshino / Akira Noguchi / Shunsuke Kita / Yuki Anraku / Emiko Igarashi / Yumiko Saga / Noriko Inasaki / Shunta Taminishi / Jiei Sasaki / Yuhei Kirita / Hideo Fukuhara / Katsumi Maenaka / Takao Hashiguchi / Takasuke Fukuhara / Kenichi Hirabayashi / Hideki Tani / Hiroyuki Kishi / Hideki Niimi / 要旨: SARS-CoV-2 rapidly mutates and acquires resistance to neutralizing antibodies. We report an in-silico-designed antibody that restores the neutralizing activity of a neutralizing antibody. Our ...SARS-CoV-2 rapidly mutates and acquires resistance to neutralizing antibodies. We report an in-silico-designed antibody that restores the neutralizing activity of a neutralizing antibody. Our previously generated antibody, UT28K, exhibited broad neutralizing activity against mutant variants; however, its efficacy against Omicron BA.1 was compromised by the mutation. Using previously determined structural information, we designed a modified-UT28K (V T28R/N57D), UT28K-RD targeting the mutation site. In vitro and in vivo experiments demonstrated the efficacy of UT28K-RD in neutralizing Omicron BA.1. Although the experimentally determined structure partially differed from the predicted model, our study serves as a successful case of antibody design, wherein the predicted amino acid substitution enhanced the recognition of the previously elusive Omicron BA.1. We anticipate that numerous similar cases will be reported, showcasing the potential of this approach for improving protein-protein interactions. Our findings will contribute to the development of novel therapeutic strategies for highly mutable viruses, such as SARS-CoV-2. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36906.map.gz | 46.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36906-v30.xml emd-36906.xml | 24 KB 24 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36906_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36906.png | 89.7 KB | ||
マスクデータ | emd_36906_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36906.cif.gz | 7.8 KB | ||
その他 | emd_36906_half_map_1.map.gz emd_36906_half_map_2.map.gz | 84.7 MB 84.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36906 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36906 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k5hMC 8k5gC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.34 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36906_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36906_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36906_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex
全体 | 名称: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein with UT28K-RD complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 50 KDa |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 BA.1 spike protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
-超分子 #3: UT28K-RD Fab
超分子 | 名称: UT28K-RD Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 133.229938 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GTSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHVIS GTNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LDHKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ P FLMDLEGK ...文字列: GTSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPFF SNVTWFHVIS GTNGTKRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LDHKNNKSWM ESEFRVYSSA NNCTFEYVSQ P FLMDLEGK QGNFKNLREF VFKNIDGYFK IYSKHTPIIV REPEDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PG DSSSGWT AGAAAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV DCALDPLSET KCTLKSFTVE KGIYQTSNFR VQPTESIVRF PNI TNLCPF DEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNLAPFFTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAP GQTGN IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNKLDSKVSG NYNYLYRLFR KSNLKPFERD ISTEIYQAGN KPCNGVAGFN CYFPL RSYS FRPTYGVGHQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTNLVKN KCVNFNFNGL KGTGVLTESN KKFLPFQQFG RDIADT TDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVPVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNVFQT RAGCLIG AE YVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTKSHGSA GSVASQSIIA YTMSLGAENS VAYSNNSIAI PTNFTISVTT EILPVSMT K TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL KRALTGIAVE QDKNTQEVFA QVKQIYKTPP IKYFGGFNFS QILPDPSKP SKRSPIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG DIAARDLICA QKFKGLTVLP PLLTDEMIAQ YTSALLAGTI TSGWTFGAGP ALQIPFPMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI GKIQDSLSST PSALGKLQDV VNHNAQALNT LVKQLSSKFG A ISSVLNDI FSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SF PQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PREGVFVSNG THWFVTQRNF YEPQIITTDN TFVSGNCDVV IGI VNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ YIAS UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: UT28K-RD Fab heavy chain
分子 | 名称: UT28K-RD Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.100398 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFRFS ISAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGDTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRFE DTAVYYCAAP YCGGDCSDGF DIWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL ...文字列: QMQLVQSGPE VKKPGTSVKV SCKASGFRFS ISAVQWVRQA RGQRLEWIGW IVVGSGDTNY AQKFQERVTI TRDMSTSTAY MELSSLRFE DTAVYYCAAP YCGGDCSDGF DIWGQGTMVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC LVKDYFPEPV T VSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK KVEPKSCDKT HTCPPCPAPE GS SGHHHHH HHHHH |
-分子 #3: UT28K-RD Fab light chain
分子 | 名称: UT28K-RD Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.728674 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: METPAQLLFL LLLWLPDTTG EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSG TDFTLTISRL EPEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ ...文字列: METPAQLLFL LLLWLPDTTG EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSG TDFTLTISRL EPEDFAVYYC QQYGNSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN F YPREAKVQ WKVDNALQSG NSQESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 34 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 4161 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |