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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36859 | |||||||||
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タイトル | S. cerevisiae Chs1 in complex with UDP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ANTIFUNGAL PROTEIN-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chitosome / : / chitin synthase / chitin synthase activity / septum digestion after cytokinesis / cell septum / cell periphery / cell wall organization / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Bai L / Chen D | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure, catalysis, chitin transport, and selective inhibition of chitin synthase. 著者: Dan-Dan Chen / Zhao-Bin Wang / Le-Xuan Wang / Peng Zhao / Cai-Hong Yun / Lin Bai / 要旨: Chitin is one of the most abundant natural biopolymers and serves as a critical structural component of extracellular matrices, including fungal cell walls and insect exoskeletons. As a linear ...Chitin is one of the most abundant natural biopolymers and serves as a critical structural component of extracellular matrices, including fungal cell walls and insect exoskeletons. As a linear polymer of β-(1,4)-linked N-acetylglucosamine, chitin is synthesized by chitin synthases, which are recognized as targets for antifungal and anti-insect drugs. In this study, we determine seven different cryo-electron microscopy structures of a Saccharomyces cerevisiae chitin synthase in the absence and presence of glycosyl donor, acceptor, product, or peptidyl nucleoside inhibitors. Combined with functional analyses, these structures show how the donor and acceptor substrates bind in the active site, how substrate hydrolysis drives self-priming, how a chitin-conducting transmembrane channel opens, and how peptidyl nucleoside inhibitors inhibit chitin synthase. Our work provides a structural basis for understanding the function and inhibition of chitin synthase. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36859.map.gz | 38.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36859-v30.xml emd-36859.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36859.png | 57.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36859.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_36859_half_map_1.map.gz emd_36859_half_map_2.map.gz | 37.5 MB 37.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36859 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36859 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36859_validation.pdf.gz | 951.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36859_full_validation.pdf.gz | 950.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36859_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36859_validation.cif.gz | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36859 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36859 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k3tMC 8k3pC 8k3qC 8k3rC 8k3uC 8k3vC 8k3wC 8k3xC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_36859_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_36859_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : S. cerevisiae Chs1 in complex with UDP
全体 | 名称: S. cerevisiae Chs1 in complex with UDP |
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要素 |
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-超分子 #1: S. cerevisiae Chs1 in complex with UDP
超分子 | 名称: S. cerevisiae Chs1 in complex with UDP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Chitin synthase 1
分子 | 名称: Chitin synthase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chitin synthase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 130.001141 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MSDQNNRSRN EYHSNRKNEP SYELQNAHSG LFHSSNEELT NRNQRYTNQN ASMGSFTPVQ SLQFPEQSQQ TNMLYNGDDG NNNTINDNE RDIYGGFVNH HRQRPPPATA EYNDVFNTNS QQLPSEHQYN NVPSYPLPSI NVIQTTPELI HNGSQTMATP I ERPFFNEN ...文字列: MSDQNNRSRN EYHSNRKNEP SYELQNAHSG LFHSSNEELT NRNQRYTNQN ASMGSFTPVQ SLQFPEQSQQ TNMLYNGDDG NNNTINDNE RDIYGGFVNH HRQRPPPATA EYNDVFNTNS QQLPSEHQYN NVPSYPLPSI NVIQTTPELI HNGSQTMATP I ERPFFNEN DYYYNNRNSR TSPSIASSSD GYADQEARPI LEQPNNNMNS GNIPQYHDQP FGYNNGYHGL QAKDYYDDPE GG YIDQRGD DYQINSYLGR NGEMVDPYDY ENSLRHMTPM ERREYLHDDS RPVNDGKEEL DSVKSGYSHR DLGEYDKDDF SRD DEYDDL NTIDKLQFQA NGVPASSSVS SIGSKESDII VSNDNLTANR ALKRSGTEIR KFKLWNGNFV FDSPISKTLL DQYA TTTEN ANTLPNEFKF MRYQAVTCEP NQLAEKNFTV RQLKYLTPRE TELMLVVTMY NEDHILLGRT LKGIMDNVKY MVKKK NSST WGPDAWKKIV VCIISDGRSK INERSLALLS SLGCYQDGFA KDEINEKKVA MHVYEHTTMI NITNISESEV SLECNQ GTV PIQLLFCLKE QNQKKINSHR WAFEGFAELL RPNIVTLLDA GTMPGKDSIY QLWREFRNPN VGGACGEIRT DLGKRFV KL LNPLVASQNF EYKMSNILDK TTESNFGFIT VLPGAFSAYR FEAVRGQPLQ KYFYGEIMEN EGFHFFSSNM YLAEDRIL C FEVVTKKNCN WILKYCRSSY ASTDVPERVP EFILQRRRWL NGSFFASVYS FCHFYRVWSS GHNIGRKLLL TVEFFYLFF NTLISWFSLS SFFLVFRILT VSIALAYHSA FNVLSVIFLW LYGICTLSTF ILSLGNKPKS TEKFYVLTCV IFAVMMIYMI FCSIFMSVK SFQNILKNDT ISFEGLITTE AFRDIVISLG STYCLYLISS IIYLQPWHML TSFIQYILLS PSYINVLNIY A FCNVHDLS WGTKGAMANP LGKINTTEDG TFKMEVLVSS SEIQANYDKY LKVLNDFDPK SESRPTEPSY DEKKTGYYAN VR SLVIIFW VITNFIIVAV VLETGGIADY IAMKSISTDD TLETAKKAEI PLMTSKASIY FNVILWLVAL SALIRFIGCS IYM IVRFFK KVTFR UniProtKB: Chitin synthase 1 |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: UDP |
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分子量 | 理論値: 404.161 Da |
Chemical component information | ChemComp-UDP: |
-分子 #4: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ChemComp-POV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 184449 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |