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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of Cas1-Cas2-dsDNA complex | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex / ANTIBIOTIC | |||||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / defense response to virus / hydrolase activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Zhang LX / Feng Y | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Cas1-Cas2 complex bound dsDNA 著者: Zhang LX / Feng Y | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 33.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 6.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 43.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 32.9 MB 32.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 782.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 781.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k25MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36828_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36828_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : csy complex
全体 | 名称: csy complex |
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要素 |
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-超分子 #1: csy complex
超分子 | 名称: csy complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*G)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*CP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*G)-3') タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.283474 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DG) |
-分子 #2: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*C)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*C)-3') タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.127345 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC) |
-分子 #3: HD Cas3-type domain-containing protein
分子 | 名称: HD Cas3-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 8.879253 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFIRIKCFSK QPIAKKVSRE VSAYLEYTGN NTWEGHISGQ GVSNLQTKLI NVGKGVKVVC NYQDKVLFAI GNVAMSDTGS V UniProtKB: HD Cas3-type domain-containing protein |
-分子 #4: Cas1
分子 | 名称: Cas1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 33.60348 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MQKQILTSQK RNMYILSRCK VLVKNGQVCH LHEDGNVYTV PYANTVFIGL AEGTSITNEA MSMLAANGVI VFWTKGGGYD MFAADIICH LPQADYRPTK YMQNWVRLWL DEEKKLSAAK EILKMRVDSL STHVHDFGVD VENKRVSSIV NKFDKGVTQA T SFESLLGH ...文字列: MQKQILTSQK RNMYILSRCK VLVKNGQVCH LHEDGNVYTV PYANTVFIGL AEGTSITNEA MSMLAANGVI VFWTKGGGYD MFAADIICH LPQADYRPTK YMQNWVRLWL DEEKKLSAAK EILKMRVDSL STHVHDFGVD VENKRVSSIV NKFDKGVTQA T SFESLLGH EGTFVKSLYK EYALEYEIEF KRDHKSADNY NKFLTLGNYY AYGIARSSLW ALGIDNSFPL LHGSTRRGGL VF DVADIIK TSIILPLAFH AADQGMSNTE FKRSCVAYFD KNDILAYLIN NIKRLCMEN UniProtKB: Cas1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |