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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36785 | |||||||||
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タイトル | SID1 transmembrane family member 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | RNA transmembrane transporter activity / SID1 transmembrane family / dsRNA-gated channel SID-1 / RNA transport / cholesterol binding / double-stranded RNA binding / lysosome / plasma membrane / SID1 transmembrane family member 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo H / Qi C / Lu Y / Yang H / Zhu Y / Sun F / Ji X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of human SID-1 transmembrane family proteins and implications for their low-pH-dependent RNA transport activity. 著者: Le Zheng / Tingting Yang / Hangtian Guo / Chen Qi / Yuchi Lu / Haonan Xiao / Yan Gao / Yue Liu / Yixuan Yang / Mengru Zhou / Henry C Nguyen / Yun Zhu / Fei Sun / Chen-Yu Zhang / Xiaoyun Ji / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | EMDBマップデータ形式 | |||
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ヘッダ (付随情報) | EMDBヘッダ | |||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36785 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36785 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36785_validation.pdf.gz | 802.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36785_full_validation.pdf.gz | 802.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36785_validation.xml.gz | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36785_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36785 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36785 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k13MC 36782 36783 36784 36791 36792 8k10C 8k11C 8k12C 8k1bC 8k1dC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36785.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 16.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer
全体 | 名称: human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer |
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要素 |
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-超分子 #1: human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer
超分子 | 名称: human SID1 transmembrane family member 1 (SIDT1) homodimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: SID1 transmembrane family member 1
分子 | 名称: SID1 transmembrane family member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 91.771867 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKANLLVLLC ALAAADASPG HPAKSPRQPP APRRDPFDAA RGADFDHVYS GVVNLSTENI YSFNYTSQPD QVTAVRVYVN SSSENLNYP VLVVVRQQKE VLSWQVPLLF QGLYQRSYNY QEVSRTLCPS EATNETGPLQ QLIFVDVASM APLGAQYKLL V TKLKHFQL ...文字列: MKANLLVLLC ALAAADASPG HPAKSPRQPP APRRDPFDAA RGADFDHVYS GVVNLSTENI YSFNYTSQPD QVTAVRVYVN SSSENLNYP VLVVVRQQKE VLSWQVPLLF QGLYQRSYNY QEVSRTLCPS EATNETGPLQ QLIFVDVASM APLGAQYKLL V TKLKHFQL RTNVAFHFTA SPSQPQYFLY KFPKDVDSVI IKVVSEMAYP CSVVSVQNIM CPVYDLDHNV EFNGVYQSMT KK AAITLQK KDFPGEQFFV VFVIKPEDYA CGGSFFIQEK ENQTWNLQRK KNLEVTIVPS IKESVYVKSS LFSVFIFLSF YLG CLLVGF VHYLRFQRKS IDGSFGSNDG SGNMVASHPI AASTPEPDIE SDKNIIRTKM FLYLSDLSRK DRRIVSKKYK IYFW NIITI AVFYALPVIQ LVITYQTVVN VTGNQDICYY NFLCAHPLGV LSAFNNILSN LGHVLLGFLF LLIVLRRDIL HRRAL EAKD IFAVEYGIPK HFGLFYAMGI ALMMEGVLSA CYHVCPNYSN FQFDTSFMYM IAGLCMLKLY QTRHPDINAS AYSAYA SFA VVIMVTVLGV VFGKNDVWFW VIFSAIHVLA SLALSTQIYY MGRFKIDLGI FRRAAMVFYT DCIQQCSRPL YMDRMVL LV VGNLVNWSFA LFGLIYRPRD FASYMLGIFI CNLLLYLAFY IIMKLRSSEK VLPVPLFCIV ATAVMWAAAL YFFFQNLS S WEGTPAESRE KNRECILLDF FDDHDIWHFL SATALFFSFL VLLTLDDDLD VVRRDQIPVF DYKDHDGDYK DHDIDYKDD DDK UniProtKB: SID1 transmembrane family member 1 |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 149089 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |