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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36757 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of a 2,3-hydroxycinnamic acid 1,2-dioxygenase MhpB in apo form | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | dioxygenase / BIOSYNTHETIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 3-carboxyethylcatechol 2,3-dioxygenase / 3-carboxyethylcatechol 2,3-dioxygenase activity / 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase / Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class III enzyme, subunit B / Catalytic LigB subunit of aromatic ring-opening dioxygenase / 3-phenylpropionate catabolic process / ferrous iron binding / 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiang WX / Cheng XQ / Ma LX / Xing Q | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of the NADP-dependent malic enzyme in complex with oxaloacetate 著者: Jiang WX / Cheng XQ / Wu M / Ma LX / Xing Q | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36757.map.gz | 116.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36757-v30.xml emd-36757.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36757.png | 57 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36757.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_36757_half_map_1.map.gz emd_36757_half_map_2.map.gz | 226.2 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36757 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36757_validation.pdf.gz | 840.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36757_full_validation.pdf.gz | 840.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36757_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36757_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36757 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36757 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k04MC 8jzoC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36757.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.56667 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36757_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36757_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB
全体 | 名称: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB |
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要素 |
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-超分子 #1: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB
超分子 | 名称: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-diox...
分子 | 名称: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 3-carboxyethylcatechol 2,3-dioxygenase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 34.230961 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHAYLHCLSH SPLVGYVDPA QEVLDEVNGV IASARERIAA FSPELVVLFA PDHYNGFFYD VMPPFCLGVG ATAIGDFGSA AGELPVPVE LAEACAHAVM KSGIDLAVSY CMQVDHGFAQ PLEFLLGGLD KVPVLPVFIN GVATPLPGFQ RTRMLGEAIG R FTSTLNKR ...文字列: MHAYLHCLSH SPLVGYVDPA QEVLDEVNGV IASARERIAA FSPELVVLFA PDHYNGFFYD VMPPFCLGVG ATAIGDFGSA AGELPVPVE LAEACAHAVM KSGIDLAVSY CMQVDHGFAQ PLEFLLGGLD KVPVLPVFIN GVATPLPGFQ RTRMLGEAIG R FTSTLNKR VLFLGSGGLS HQPPVPELAK ADAHMRDRLL GSGKDLPASE RELRQQRVIS AAEKFVEDQR TLHPLNPIWD NQ FMTLLEQ GRIQELDAVS NEELSAIAGK STHEIKTWVA AFAAISAFGN WRSEGRYYRP IPEWIAGFGS LSARTEN UniProtKB: 2,3-dihydroxyphenylpropionate/2,3-dihydroxicinnamic acid 1,2-dioxygenase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 39.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 364814 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |