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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36756 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the transketolase ANIP from Streptomyces hygrospinosus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | transketolase / apo form / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / Deoxyxylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / terpenoid biosynthetic process / Thiamin diphosphate-binding fold / magnesium ion binding / Putative transketolase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Salmonella (サルモネラ菌) / Streptomyces hygrospinosus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiang WX / Ma LX / Xing Q | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of the transketolase ANIP from Streptomyces hygrospinosus 著者: Jiang WX / Cheng XQ / Wu M / Ma LX / Xing Q | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36756.map.gz | 229.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36756-v30.xml emd-36756.xml | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36756_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36756.png | 32.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36756.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_36756_half_map_1.map.gz emd_36756_half_map_2.map.gz | 226.3 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36756 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36756 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36756_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36756_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36756_validation.xml.gz | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36756_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36756 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36756 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k03MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5667 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36756_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36756_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dimer of the transketolase ANIP
全体 | 名称: Dimer of the transketolase ANIP |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimer of the transketolase ANIP
超分子 | 名称: Dimer of the transketolase ANIP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella (サルモネラ菌) |
-分子 #1: Putative transketolase
分子 | 名称: Putative transketolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces hygrospinosus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 62.158332 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSALHALVQG PATAAAPRLT EPERAVVQRE LDELARGGYT GPLLESLRKL AAAVPERLYD DSARVLLRMH EIAGSGNYQS NLSSLPLVR ACFDLGLVPE DGPGPAELIV GRGHIAPAFY AEHYVRGTFP FAPLATLHQG GLTGVVHQDL GFTNTMRYSL G VGVAQAVS ...文字列: MSALHALVQG PATAAAPRLT EPERAVVQRE LDELARGGYT GPLLESLRKL AAAVPERLYD DSARVLLRMH EIAGSGNYQS NLSSLPLVR ACFDLGLVPE DGPGPAELIV GRGHIAPAFY AEHYVRGTFP FAPLATLHQG GLTGVVHQDL GFTNTMRYSL G VGVAQAVS LAWELTRRGE DRKVVCLAGD GELQEGVVFE CLRFAHEADL KNLILVVDTN DKGIEPLLKP LSRGYLASYL DR VEEVDGL DTATVRDSLG ALLAAPTSAA LVCRTRKGDH SFKPATTAPA TAPRPAKVSF ANTSGAALAA YRERTGRELA VFT ADMAAR FGLRDKVPYT NTGLAETLSL GLTLSLPEET VKVVATDAMY YMDSLSMLTE ATTSVRNLLV LAGRSWGAWG GAHN ATNLL GQLLHTRVYE PVTAAEFAAC LDRLDRHPDT THVVSTVDAK FDPPPADCAG DVDGGTWLTP PGDGPPRAAV VTFGY AGVL VAEANRDLGV PHLHCAALEP DLDARTLAQL GACEDLLTVE YNGVHGGFGE RLRTTYLLPA RVHGVRQDIA NRVHDR QLR LHGMGPEQLD ALLRGLTG UniProtKB: Putative transketolase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 39.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |