+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36746 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of the Salmonella effector inositol phosphate phosphatase SopB | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Type III secretion system / inositol phosphate phosphatase / bacteria effector / LIPID BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of signaling / symbiont-containing vacuole / lipid phosphatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / regulation of protein kinase activity / positive regulation of DNA replication / molecular function activator activity / cell periphery / negative regulation of cell growth 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å | |||||||||
データ登録者 | Jiang WX / Cheng XQ / Wu M / Ma LX | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of the Salmonella effector inositol phosphate phosphatase SopB 著者: Jiang WX / Cheng XQ / Wu M / Ma LX / Xing Q | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36746.map.gz | 207.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-36746-v30.xml emd-36746.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36746_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36746.png | 44.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36746.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_36746_half_map_1.map.gz emd_36746_half_map_2.map.gz | 391.5 MB 391.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36746 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36746 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36746_validation.pdf.gz | 910.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_36746_full_validation.pdf.gz | 910.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36746_validation.xml.gz | 25.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36746_validation.cif.gz | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36746 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36746 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jzlMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36746.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.566 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36746_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36746_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB
全体 | 名称: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB
超分子 | 名称: Homohexamer of inositol phosphate phosphatase SopB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) |
-分子 #1: Inositol phosphate phosphatase SopB
分子 | 名称: Inositol phosphate phosphatase SopB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 55.05268 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: QHQKASNHSL HNLYNLQRDL LTVAATVLGK QDPVLTSMAN QMELAKVKAD RPATKQEEAA AKALKKNLIE LIAARTQQQD GLPAKEAHR FAAVAFRDAQ VKQLNNQPWQ TIKNTLTHNG HHYTNTQLPA AEMKIGAKDI FPSAYEGKGV CSWDTKNIHH A NNLWMSTV ...文字列: QHQKASNHSL HNLYNLQRDL LTVAATVLGK QDPVLTSMAN QMELAKVKAD RPATKQEEAA AKALKKNLIE LIAARTQQQD GLPAKEAHR FAAVAFRDAQ VKQLNNQPWQ TIKNTLTHNG HHYTNTQLPA AEMKIGAKDI FPSAYEGKGV CSWDTKNIHH A NNLWMSTV SVHEDGKDKT LFCGIRHGVL SPYHEKDPLL RHVGAENKAK EVLTAALFSK PELLNKALAG EAVSLKLVSV GL LTASNIF GKEGTMVEDQ MRAWQSLTQP GKMIHLKIRN KDGDLQTVKI KPDVAAFNVG VNELALKLGF GLKASDSYNA EAL HQLLGN DLRPEARPGG WVGEWLAQYP DNYEVVNTLA RQIKDIWKNN QHHKDGGEPY KLAQRLAMLA HEIDAVPAWN CKSG KDRTG MMDSEIKREI ISLHQTHMLS APGSLPDSGG QKIFQKVLLN SGNLEIQKQN TGGAGNKVMK NLSPEVLNLS YQKRV GDEN IWQSVKGISS LITS UniProtKB: Inositol phosphate phosphatase SopB |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 39.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |