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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36621 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a DNA-protein complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA / protein / interaction / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermococcus thioreducens (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of a DNA-protein complex 著者: Li Z | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36621.map.gz | 49.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36621-v30.xml emd-36621.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36621_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36621.png | 95.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36621.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_36621_half_map_1.map.gz emd_36621_half_map_2.map.gz | 48.9 MB 48.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36621 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36621 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36621_validation.pdf.gz | 945.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36621_full_validation.pdf.gz | 945.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36621_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36621_validation.cif.gz | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36621 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36621 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jsiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36621_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36621_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : a DNA-protein complex
全体 | 名称: a DNA-protein complex |
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要素 |
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-超分子 #1: a DNA-protein complex
超分子 | 名称: a DNA-protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus thioreducens (古細菌) |
-分子 #1: Argonaute family protein
分子 | 名称: Argonaute family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus thioreducens (古細菌) |
分子量 | 理論値: 87.488398 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MLMKVLTNMV KLNQDIIPNE IYLYKIFNKP EDGMNIYKIA YRNHGIVIDP QNRIIATPSE LEYSGKFAIE DEISFNELPE NYQNRLVLR ILRDNGISDH ALSRTLQKYR KPKPFGDFEV IPEIRSSVIK HGGDFYLVLH LSHQIRSKKT LWELVGRNKD A LRDFLKEH ...文字列: MLMKVLTNMV KLNQDIIPNE IYLYKIFNKP EDGMNIYKIA YRNHGIVIDP QNRIIATPSE LEYSGKFAIE DEISFNELPE NYQNRLVLR ILRDNGISDH ALSRTLQKYR KPKPFGDFEV IPEIRSSVIK HGGDFYLVLH LSHQIRSKKT LWELVGRNKD A LRDFLKEH RGTILLRDIA SEHKVVYKPI FKRYNGDPDL IEDNSNDVEH WYDYHLERYW NTPELKKEFY KKFGPVDLNQ PI ILAKPLR QHNRGDLVHL LPQFVVPVYN AEQLNDILAS EILEYLKLTS NQRISLLSRL INDIKTNTNI IVSSLTELEA NTF DVDLND MLQVRNADNV KVTLSELEIS KTRLFTWMKS RKYPVILPYD IPQKLKKIEK IPVFIIVDSA LSRDIQTFAK DEFR YLISS LQKSLSNWVD FPILDIRDKY IFTIDLTSDK DIVNLSIKLV NLMKNAELGL ALIATRTKLP NETFDEVKKR LFSVN IISQ VVNEATLYKR DKYNESRLNL YVQHNLLFQI LSKLGIKYYV LRHKFSYDYI VGIDVTPMKL SHGYIGGSAV MFDSQG YIR KIIPVEIGEQ MGESIDMKEF FKDMVVQFGK FGIDLEGKSI LILRDGKITK DEEEGLAYIS KVFGIKITTF NIVKRHL LR IFANRKLYLR LANSVYLLPH RIKQSVGTPV PLKLSEKRLI LDGTITSQEI TYNDIFEILL LSELNYGSIS ADMKLPAP V HYAHKFVRAL RKGWRIREEL LAEGFLYFV UniProtKB: Argonaute family protein |
-分子 #2: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*AP*CP*CP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*CP*TP*CP*C)-3') タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus thioreducens (古細菌) |
分子量 | 理論値: 4.747109 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC) |
-分子 #3: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3')
分子 | 名称: DNA (5'-D(P*GP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*T)-3') タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus thioreducens (古細菌) |
分子量 | 理論値: 5.049273 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT) |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |