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- EMDB-36620: Structure of the 30S-body-IF3 complex from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36620
タイトルStructure of the 30S-body-IF3 complex from Escherichia coli
マップデータMap of the 30S-body and IF3 complex
試料
  • 複合体: Complex of the small ribosomal subunit (30S) body and Translation initiation factor 3 (IF3) in Escherichia coli
    • 細胞器官・細胞要素: Initiation factor 3
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 細胞器官・細胞要素: Body of the 30S subunit of ribosome
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
      • RNA: x 1種
キーワードRibosome / 30S / IF3 / Translation initiation / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / translation initiation factor activity ...ribosome disassembly / mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / translation initiation factor activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / mRNA 5'-UTR binding / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site ...Translation initiation factor 3, conserved site / Initiation factor 3 signature. / Translation initiation factor 3, C-terminal / Translation initiation factor IF-3, C-terminal domain / Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S11 / S4 RNA-binding domain / Ribosomal protein S11 / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S11 superfamily / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor IF-3 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 ...Translation initiation factor IF-3 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS21
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Uday AB / Mishra RK / Hussain T
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2023
タイトル: Initiation factor 3 bound to the 30S ribosomal subunit in an initial step of translation.
著者: Adwaith B Uday / Rishi Kumar Mishra / Tanweer Hussain /
要旨: Bacterial ribosomes require three initiation factors IF1, IF2, and IF3 during the initial steps of translation. These IFs ensure correct base pairing of the initiator tRNA anticodon with the start ...Bacterial ribosomes require three initiation factors IF1, IF2, and IF3 during the initial steps of translation. These IFs ensure correct base pairing of the initiator tRNA anticodon with the start codon in the mRNA located at the P-site of the 30S ribosomal subunit. IF3 is one of the first IFs to bind to the 30S and plays a crucial role in the selection of the correct start codon and codon: anticodon base pairing. IF3 also prevents the premature association of the 50S subunit of ribosomes and aids in ribosome recycling. IF3 is reported to change binding sites and conformation to ensure translation initiation fidelity. A recent study suggested an initial binding of IF3 CTD away from the P-site and that IF1 and IF2 promote the movement of CTD to the P-site and concomitant movement of NTD. Hence, to visualize the position of IF3 in the absence of any other IFs, we determined cryo-EM structure of the 30S-IF3 complex. The map shows that IF3 is present in an extended conformation with CTD present at the P-site and NTD near the platform even in the absence of IF1 and IF2. Hence, IF3 CTD binds at the P-site and moves away during the accommodation of the initiator tRNA at the P-site in the later steps of translation initiation. Overall, we report the structure of 30S-IF3 which demystifies the starting binding site and conformation of IF3 on the 30S ribosomal subunit.
履歴
登録2023年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月24日-
マップ公開2024年1月24日-
更新2024年1月24日-
現状2024年1月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36620.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36620.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the 30S-body and IF3 complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0078
最小 - 最大-0.0019491398 - 0.02479602
平均 (標準偏差)0.00014003472 (±0.0013430344)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 384.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_36620_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_36620_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_36620_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the small ribosomal subunit (30S) body and Translation...

全体名称: Complex of the small ribosomal subunit (30S) body and Translation initiation factor 3 (IF3) in Escherichia coli
要素
  • 複合体: Complex of the small ribosomal subunit (30S) body and Translation initiation factor 3 (IF3) in Escherichia coli
    • 細胞器官・細胞要素: Initiation factor 3
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-3
    • 細胞器官・細胞要素: Body of the 30S subunit of ribosome
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • RNA: 16S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16

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超分子 #1: Complex of the small ribosomal subunit (30S) body and Translation...

超分子名称: Complex of the small ribosomal subunit (30S) body and Translation initiation factor 3 (IF3) in Escherichia coli
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: Initiation factor 3

超分子名称: Initiation factor 3 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Body of the 30S subunit of ribosome

超分子名称: Body of the 30S subunit of ribosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#13

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分子 #1: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.005472 KDa
配列文字列:
MARYFRRRKF CRFTAEGVQE IDYKDIATLK NYITESGKIV PSRITGTRAK YQRQLARAIK RARYLSLLPY TDRHQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18

+
分子 #2: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.524039 KDa
配列文字列:
MPVIKVRENE PFDVALRRFK RSCEKAGVLA EVRRREFYEK PTTERKRAKA SAVKRHAKKL ARENARRTRL Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21

+
分子 #3: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.708464 KDa
配列文字列:
MANIKSAKKR AIQSEKARKH NASRRSMMRT FIKKVYAAIE AGDKAAAQKA FNEMQPIVDR QAAKGLIHKN KAARHKANLT AQINKLA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #4: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.724491 KDa
配列文字列:
MTDKIRTLQG RVVSDKMEKS IVVAIERFVK HPIYGKFIKR TTKLHVHDEN NECGIGDVVE IRECRPLSKT KSWTLVRVVE KAVL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #6: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 17.629398 KDa
配列文字列:
MAHIEKQAGE LQEKLIAVNR VSKTVKGGRI FSFTALTVVG DGNGRVGFGY GKAREVPAAI QKAMEKARRN MINVALNNGT LQHPVKGVH TGSRVFMQPA SEGTGIIAGG AMRAVLEVAG VHNVLAKAYG STNPINVVRA TIDGLENMNS PEMVAAKRGK S VEEILGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #7: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 23.514199 KDa
配列文字列: MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP ...文字列:
MARYLGPKLK LSRREGTDLF LKSGVRAIDT KCKIEQAPGQ HGARKPRLSD YGVQLREKQK VRRIYGVLER QFRNYYKEAA RLKGNTGEN LLALLEGRLD NVVYRMGFGA TRAEARQLVS HKAIMVNGRV VNIASYQVSP NDVVSIREKA KKQSRVKAAL E LAEQREKP TWLEVDAGKM EGTFKRKPER SDLSADINEH LIVELYSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #8: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform

分子名称: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.727512 KDa
配列文字列:
MRHYEIVFMV HPDQSEQVPG MIERYTAAIT GAEGKIHRLE DWGRRQLAYP INKLHKAHYV LMNVEAPQEV IDELETTFRF NDAVIRSMV MRTKHAVTEA SPMVKAKDER RERRDDFANE TADDAEAGDS EEEEEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #9: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.146557 KDa
配列文字列:
MSMQDPIADM LTRIRNGQAA NKAAVTMPSS KLKVAIANVL KEEGFIEDFK VEGDTKPELE LTLKYFQGKA VVESIQRVSR PGLRIYKRK DELPKVMAGL GIAVVSTSKG VMTDRAARQA GLGGEIICYV A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #10: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.870975 KDa
配列文字列:
MAKAPIRARK RVRKQVSDGV AHIHASFNNT IVTITDRQGN ALGWATAGGS GFRGSRKSTP FAAQVAAERC ADAVKEYGIK NLEVMVKGP GPGRESTIRA LNAAGFRITN ITDVTPIPHN GCRPPKKRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #11: Small ribosomal subunit protein uS12

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.768157 KDa
配列文字列:
MATVNQLVRK PRARKVAKSN VPALEACPQK RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVCRVRLTNG FEVTSYIGGE GHNLQEHSVI LIRGGRVKD LPGVRYHTVR GALDCSGVKD RKQARSKYGV KRPKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #12: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.290816 KDa
配列文字列:
MSLSTEATAK IVSEFGRDAN DTGSTEVQVA LLTAQINHLQ GHFAEHKKDH HSRRGLLRMV SQRRKLLDYL KRKDVARYTQ LIERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #13: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.207572 KDa
配列文字列:
MVTIRLARHG AKKRPFYQVV VADSRNARNG RFIERVGFFN PIASEKEEGT RLDLDRIAHW VGQGATISDR VAALIKEVNK AA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #14: Translation initiation factor IF-3

分子名称: Translation initiation factor IF-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.600994 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MKGGKRVQTA RPNRINGEIR AQEVRLTGLE GEQLGIVSLR EALEKAEEAG VDLVEISPNA EPPVCRIMDY GKFLYEKSKS SKEQKKKQK VIQVKEIKFR PGTDEGDYQV KLRSLIRFLE EGDKAKITLR FRGREMAHQQ IGMEVLNRVK DDLQELAVVE S FPTKIEGR QMIMVLAPKK KQ

UniProtKB: Translation initiation factor IF-3

+
分子 #5: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 5 / 詳細: truncated version of 16S rRNA (2-922, 1540) / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 498.725406 KDa
配列文字列: AAUUGAAGAG UUUGAUCAUG GCUCAGAUUG AACGCUGGCG GCAGGCCUAA CACAUGCAAG UCGAACGGUA ACAGGAAGAA GCUUGCUUC UUUGCUGACG AGUGGCGGAC GGGUGAGUAA UGUCUGGGAA ACUGCCUGAU GGAGGGGGAU AACUACUGGA A ACGGUAGC ...文字列:
AAUUGAAGAG UUUGAUCAUG GCUCAGAUUG AACGCUGGCG GCAGGCCUAA CACAUGCAAG UCGAACGGUA ACAGGAAGAA GCUUGCUUC UUUGCUGACG AGUGGCGGAC GGGUGAGUAA UGUCUGGGAA ACUGCCUGAU GGAGGGGGAU AACUACUGGA A ACGGUAGC UAAUACCGCA UAACGUCGCA AGACCAAAGA GGGGGACCUU CGGGCCUCUU GCCAUCGGAU GUGCCCAGAU GG GAUUAGC UAGUAGGUGG GGUAACGGCU CACCUAGGCG ACGAUCCCUA GCUGGUCUGA GAGGAUGACC AGCCACACUG GAA CUGAGA CACGGUCCAG ACUCCUACGG GAGGCAGCAG UGGGGAAUAU UGCACAAUGG GCGCAAGCCU GAUGCAGCCA UGCC GCGUG UAUGAAGAAG GCCUUCGGGU UGUAAAGUAC UUUCAGCGGG GAGGAAGGGA GUAAAGUUAA UACCUUUGCU CAUUG ACGU UACCCGCAGA AGAAGCACCG GCUAACUCCG UGCCAGCAGC CGCGGUAAUA CGGAGGGUGC AAGCGUUAAU CGGAAU UAC UGGGCGUAAA GCGCACGCAG GCGGUUUGUU AAGUCAGAUG UGAAAUCCCC GGGCUCAACC UGGGAACUGC AUCUGAU AC UGGCAAGCUU GAGUCUCGUA GAGGGGGGUA GAAUUCCAGG UGUAGCGGUG AAAUGCGUAG AGAUCUGGAG GAAUACCG G UGGCGAAGGC GGCCCCCUGG ACGAAGACUG ACGCUCAGGU GCGAAAGCGU GGGGAGCAAA CAGGAUUAGA UACCCUGGU AGUCCACGCC GUAAACGAUG UCGACUUGGA GGUUGUGCCC UUGAGGCGUG GCUUCCGGAG CUAACGCGUU AAGUCGACCG CCUGGGGAG UACGGCCGCA AGGUUAAAAC UCAAAUGAAU UGACGGGGGC CCGCACAAGC GGUGGAGCAU GUGGUUUAAU U CGAUGCAA CGCGAAGAAC CUUACCUGGU CUUGACAUCC ACGGAAGUUU UCAGAGAUGA GAAUGUGCCU UCGGGAACCG UG AGACAGG UGCUGCAUGG CUGUCGUCAG CUCGUGUUGU GAAAUGUUGG GUUAAGUCCC GCAACGAGCG CAACCCUUAU CCU UUGUUG CCAGCGGUCC GGCCGGGAAC UCAAAGGAGA CUGCCAGUGA UAAACUGGAG GAAGGUGGGG AUGACGUCAA GUCA UCAUG GCCCUUACGA CCAGGGCUAC ACACGUGCUA CAAUGGCGCA UACAAAGAGA AGCGACCUCG CGAGAGCAAG CGGAC CUCA UAAAGUGCGU CGUAGUCCGG AUUGGAGUCU GCAACUCGAC UCCAUGAAGU CGGAAUCGCU AGUAAUCGUG GAUCAG AAU GCCACGGUGA AUACGUUCCC GGGCCUUGUA CACACCGCCC GUCACACCAU GGGAGUGGGU UGCAAAAGAA GUAGGUA GC UUAACCUUCG GGAGGGCGCU UACCACUUUG UGAUUCAUGA CUGGGGUGAA GUCGUAACAA GGUAACCGUA GGGGAACC U GCGGUUGGAU CACCUCCU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
5.0 mMC8H19KN2O5SHEPES-KOH
10.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium acetate
50.0 mMKClPottasium chloride
10.0 mMNH4ClAmmonium chloride
6.0 mMC2H6OSBeta-mercaptoethanol
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 4564 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6o7k

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 145664
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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