+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36594 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of a designed AAV8-based vector | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | AAV8 / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Ke X / Luo S / Zheng Q / Jiang H / Liu F / Sun X | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: An adeno-associated virus variant enabling efficient ocular-directed gene delivery across species. 著者: Shuang Luo / Hao Jiang / Qingwei Li / Yingfei Qin / Shiping Yang / Jing Li / Lingli Xu / Yan Gou / Yafei Zhang / Fengjiang Liu / Xiao Ke / Qiang Zheng / Xun Sun / 要旨: Recombinant adeno-associated viruses (rAAVs) have emerged as promising gene therapy vectors due to their proven efficacy and safety in clinical applications. In non-human primates (NHPs), rAAVs are ...Recombinant adeno-associated viruses (rAAVs) have emerged as promising gene therapy vectors due to their proven efficacy and safety in clinical applications. In non-human primates (NHPs), rAAVs are administered via suprachoroidal injection at a higher dose. However, high doses of rAAVs tend to increase additional safety risks. Here, we present a novel AAV capsid (AAVv128), which exhibits significantly enhanced transduction efficiency for photoreceptors and retinal pigment epithelial (RPE) cells, along with a broader distribution across the layers of retinal tissues in different animal models (mice, rabbits, and NHPs) following intraocular injection. Notably, the suprachoroidal delivery of AAVv128-anti-VEGF vector completely suppresses the Grade IV lesions in a laser-induced choroidal neovascularization (CNV) NHP model for neovascular age-related macular degeneration (nAMD). Furthermore, cryo-EM analysis at 2.1 Å resolution reveals that the critical residues of AAVv128 exhibit a more robust advantage in AAV binding, the nuclear uptake and endosome escaping. Collectively, our findings highlight the potential of AAVv128 as a next generation ocular gene therapy vector, particularly using the suprachoroidal delivery route. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36594.map.gz | 176.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-36594-v30.xml emd-36594.xml | 13.7 KB 13.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36594.png | 56.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36594.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_36594_half_map_1.map.gz emd_36594_half_map_2.map.gz | 318.6 MB 318.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36594 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36594 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36594_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_36594_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36594_validation.xml.gz | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36594_validation.cif.gz | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36594 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36594 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jreMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36594.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36594_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36594_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus - 8
全体 | 名称: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Adeno-associated virus - 8
超分子 | 名称: Adeno-associated virus - 8 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 202813 / 生物種: Adeno-associated virus - 8 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 60 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Adeno-associated virus - 8 (アデノ随伴ウイルス) |
分子量 | 理論値: 59.270191 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GADGVGSSSG NWHCDSTWLG DRVITTSTRT WALPTYNNHL YKQISNGTSG GATNDNTYFG YSTPWGYFDF NRFHCHFSPR DWQRLINNN WGFRPKRLSF KLFNIQVKEV TQNEGTKTIA NNLTSTIQVF TDSEYQLPYV LGSAHQGCLP PFPADVFMIP Q YGYLTLNN ...文字列: GADGVGSSSG NWHCDSTWLG DRVITTSTRT WALPTYNNHL YKQISNGTSG GATNDNTYFG YSTPWGYFDF NRFHCHFSPR DWQRLINNN WGFRPKRLSF KLFNIQVKEV TQNEGTKTIA NNLTSTIQVF TDSEYQLPYV LGSAHQGCLP PFPADVFMIP Q YGYLTLNN GSQAVGRSSF YCLEYFPSQM LRTGNNFQFT YTFEDVPFHS SYAHSQSLDR LMNPLIDQYL YYLSRTQTTG GT ANTQTLG FSQGGPNTMA NQAKNWLPGP CYRQQRVSTT TGQNNNSNFA WTAGTKYHLN GRNSLANPGI AMATHKDDEE RFF PSNGIL IFGKQNAARD NADYSDVMLT SEEEIKTTNP VATEEYGIVA DNLQRGNQQN TARQPQIGTV NSQGALPGMV WQNR DVYLQ GPIWAKIPHT DGNFHPSPLM GGFGLKHPPP QILIKNTPVP ADPPTTFNQS KLNSFITQYS TGQVSVEIEW ELQKE NSKR WNPEIQYTSN YYKSTSVDFA VNTEGVYSEP RPIGTRYLTR NL UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90744 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |