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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36465 | |||||||||
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タイトル | structure of human sodium-calciumexchanger NCX1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | sodium/calcium exchanger / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 relaxation of smooth muscle / vascular associated smooth muscle contraction / calcium ion export / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium:sodium antiporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of the force of heart contraction / sodium ion export across plasma membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity ...relaxation of smooth muscle / vascular associated smooth muscle contraction / calcium ion export / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium:sodium antiporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of the force of heart contraction / sodium ion export across plasma membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / calcium ion import / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / cardiac muscle cell development / calcium ion transport into cytosol / Sodium/Calcium exchangers / relaxation of cardiac muscle / calcium ion transmembrane import into cytosol / Reduction of cytosolic Ca++ levels / ankyrin binding / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of the force of heart contraction / intercalated disc / regulation of cardiac conduction / sodium ion transmembrane transport / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / positive regulation of bone mineralization / calcium ion homeostasis / monoatomic ion transport / cardiac muscle contraction / axon terminus / muscle contraction / Ion homeostasis / T-tubule / response to muscle stretch / cytoskeletal protein binding / regulation of heart rate / cell periphery / calcium ion transmembrane transport / sarcolemma / Z disc / cellular response to reactive oxygen species / intracellular calcium ion homeostasis / regulation of gene expression / postsynapse / transmembrane transporter binding / postsynaptic density / calmodulin binding / axon / neuronal cell body / dendrite / synapse / calcium ion binding / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Dong Y / Zhao Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2024 タイトル: Structural insight into the allosteric inhibition of human sodium-calcium exchanger NCX1 by XIP and SEA0400. 著者: Yanli Dong / Zhuoya Yu / Yue Li / Bo Huang / Qinru Bai / Yiwei Gao / Qihao Chen / Na Li / Lingli He / Yan Zhao / 要旨: Sodium-calcium exchanger proteins influence calcium homeostasis in many cell types and participate in a wide range of physiological and pathological processes. Here, we elucidate the cryo-EM ...Sodium-calcium exchanger proteins influence calcium homeostasis in many cell types and participate in a wide range of physiological and pathological processes. Here, we elucidate the cryo-EM structure of the human Na/Ca exchanger NCX1.3 in the presence of a specific inhibitor, SEA0400. Conserved ion-coordinating residues are exposed on the cytoplasmic face of NCX1.3, indicating that the observed structure is stabilized in an inward-facing conformation. We show how regulatory calcium-binding domains (CBDs) assemble with the ion-translocation transmembrane domain (TMD). The exchanger-inhibitory peptide (XIP) is trapped within a groove between the TMD and CBD2 and predicted to clash with gating helices TMs at the outward-facing state, thus hindering conformational transition and promoting inactivation of the transporter. A bound SEA0400 molecule stiffens helix TM2ab and affects conformational rearrangements of TM2ab that are associated with the ion-exchange reaction, thus allosterically attenuating Ca-uptake activity of NCX1.3. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36465.map.gz | 117.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36465-v30.xml emd-36465.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36465.png | 87.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36465.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_36465_half_map_1.map.gz emd_36465_half_map_2.map.gz | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36465 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36465 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36465_validation.pdf.gz | 770.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36465_full_validation.pdf.gz | 769.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36465_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36465_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36465 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36465 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8jp0MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36465_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36465_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer
全体 | 名称: Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer |
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要素 |
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-超分子 #1: Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer
超分子 | 名称: Human sodium/calcium exchenger 1(NCX1), monomer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium/calcium exchanger 1
分子 | 名称: Sodium/calcium exchanger 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 104.794266 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MYNMRRLSLS PTFSMGFHLL VTVSLLFSHV DHVIAETEME GEGNETGECT GSYYCKKGVI LPIWEPQDPS FGDKIARATV YFVAMVYMF LGVSIIADRF MSSIEVITSQ EKEITIKKPN GETTKTTVRI WNETVSNLTL MALGSSAPEI LLSVIEVCGH N FTAGDLGP ...文字列: MYNMRRLSLS PTFSMGFHLL VTVSLLFSHV DHVIAETEME GEGNETGECT GSYYCKKGVI LPIWEPQDPS FGDKIARATV YFVAMVYMF LGVSIIADRF MSSIEVITSQ EKEITIKKPN GETTKTTVRI WNETVSNLTL MALGSSAPEI LLSVIEVCGH N FTAGDLGP STIVGSAAFN MFIIIALCVY VVPDGETRKI KHLRVFFVTA AWSIFAYTWL YIILSVISPG VVEVWEGLLT FF FFPICVV FAWVADRRLL FYKYVYKRYR AGKQRGMIIE HEGDRPSSKT EIEMDGKVVN SHVENFLDGA LVLEVDERDQ DDE EARREM ARILKELKQK HPDKEIEQLI ELANYQVLSQ QQKSRAFYRI QATRLMTGAG NILKRHAADQ ARKAVSMHEV NTEV TENDP VSKIFFEQGT YQCLENCGTV ALTIIRRGGD LTNTVFVDFR TEDGTANAGS DYEFTEGTVV FKPGDTQKEI RVGII DDDI FEEDENFLVH LSNVKVSSEA SEDGILEANH VSTLACLGSP STATVTIFDD DHAGIFTFEE PVTHVSESIG IMEVKV LRT SGARGNVIVP YKTIEGTARG GGEDFEDTCG ELEFQNDEIV KIITIRIFDR EEYEKECSFS LVLEEPKWIR RGMKGGF TI TDEYDDKQPL TSKEEEERRI AEMGRPILGE HTKLEVIIEE SYEFKSTVDK LIKKTNLALV VGTNSWREQF IEAITVSA G EDDDDDECGE EKLPSCFDYV MHFLTVFWKV LFAFVPPTEY WNGWACFIVS ILMIGLLTAF IGDLASHFGC TIGLKDSVT AVVFVALGTS VPDTFASKVA ATQDQYADAS IGNVTGSNAV NVFLGIGVAW SIAAIYHAAN GEQFKVSPGT LAFSVTLFTI FAFINVGVL LYRRRPEIGG ELGGPRTAKL LTSCLFVLLW LLYIFFSSLE AYCHIKGF UniProtKB: Sodium/calcium exchanger 1 |
-分子 #2: 2-{4-[(2,5-difluorophenyl)methoxy]phenoxy}-5-ethoxyaniline
分子 | 名称: 2-{4-[(2,5-difluorophenyl)methoxy]phenoxy}-5-ethoxyaniline タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: EKY |
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分子量 | 理論値: 371.377 Da |
Chemical component information | ChemComp-EKY: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 22.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 12.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 177782 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |