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万見
- EMDB-36461: Structure of a synthetic circadian clock protein KaiC mutant of c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36461
タイトルStructure of a synthetic circadian clock protein KaiC mutant of cyanobacteria Synechococcus elongatus PCC 7942
マップデータCryo-EM map of anKaiC
試料
  • 複合体: Synthetic KaiC protein
    • タンパク質・ペプチド: Circadian clock oscillator protein KaiC
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードcircadian clock protein / Synthetic protein / KaiC / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity ...regulation of phosphorelay signal transduction system / negative regulation of circadian rhythm / entrainment of circadian clock / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / circadian rhythm / non-specific serine/threonine protein kinase / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Circadian clock KaiC, bacteria / : / Circadian clock protein kinase KaiC / : / KaiC domain / KaiC domain profile. / KaiC-like domain / KaiC / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Circadian clock oscillator protein KaiC
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (strain ATCC 33912 / PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Jia X / Zhang Q / Li S / Guo J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Adaptation of ancient cyanobacterial clock to the day length ~ 0.95 Ga ago
著者: Li S / Wan Y
履歴
登録2023年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36461.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of anKaiC
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.71 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-2.1398401 - 4.673848
平均 (標準偏差)-0.000000000000548 (±0.12961799)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 213.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_36461_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_36461_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Synthetic KaiC protein

全体名称: Synthetic KaiC protein
要素
  • 複合体: Synthetic KaiC protein
    • タンパク質・ペプチド: Circadian clock oscillator protein KaiC
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Synthetic KaiC protein

超分子名称: Synthetic KaiC protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain ATCC 33912 / PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア)

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分子 #1: Circadian clock oscillator protein KaiC

分子名称: Circadian clock oscillator protein KaiC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus (strain ATCC 33912 / PCC 7942 / FACHB-805) (バクテリア)
分子量理論値: 58.58909 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MTSLAEHTSP NNESSHQRLS EVQKMPTMIE GFDDISHGGL PTGRSTLVSG TSGTGKTLFS IQFLYNGITE FDEPGIFVTF EESPQDIIK NARSFGWNLQ KLVDQGKLFI LDASPDPDGQ EVAGGFDLSA LIERINYAIQ KYKARRVSID SVTAVFQQYD A ASVVRREI ...文字列:
MTSLAEHTSP NNESSHQRLS EVQKMPTMIE GFDDISHGGL PTGRSTLVSG TSGTGKTLFS IQFLYNGITE FDEPGIFVTF EESPQDIIK NARSFGWNLQ KLVDQGKLFI LDASPDPDGQ EVAGGFDLSA LIERINYAIQ KYKARRVSID SVTAVFQQYD A ASVVRREI FRLVARLKQI GVTTVMTTER IDEYGPIARY GVEEFVSDNV VILRNVLEGE RRRRTVEILK LRGTTHMKGE YP FTINDHG INIFPLGAMR LTQRSSNVRV SSGVPRLDEM CGGGFFKDSI ILATGATGTG KTLLVSKFIE NACQNKERAI LFA YEESRA QLLRNASSWG IDFEEMERQG LLKIICAYPE SAGLEDHLQI IKSEIGDFKP SRIAIDSLSA LARGVSNNAF RQFV IGVTG YAKQEEITGF FTNTSDQFMG SHSITDSHIS TITDTILLLQ YVEIRGEMSR AINVFKMRGS WHDKGIREYV ITDKG PEIK DSFRNFERII SGSPTRITVD EKSENLSRIA RGVQEKEPES

UniProtKB: Circadian clock oscillator protein KaiC

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62981
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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