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- EMDB-36303: Cryo-EM structure of the TcsH-CROP in complex with TMPRSS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36303
タイトルCryo-EM structure of the TcsH-CROP in complex with TMPRSS2
マップデータ
試料
  • 複合体: The TcsH-TMPRSS2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protease serine 2
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Hemorrhagic toxin
キーワードTcsH / TMPESS2 / TOXIN/HYDROLASE / TOXIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane protease serine 2 / host cell cytosol / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / glycosyltransferase activity / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / protein autoprocessing ...transmembrane protease serine 2 / host cell cytosol / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / glycosyltransferase activity / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / protein autoprocessing / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / cysteine-type peptidase activity / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / host cell endosome membrane / outer membrane-bounded periplasmic space / toxin activity / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / periplasmic space / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / lipid binding / DNA damage response / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Scavenger receptor cysteine-rich domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / SRCR-like domain superfamily ...Scavenger receptor cysteine-rich domain / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / SRCR domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / SRCR-like domain superfamily / TcdA/TcdB pore forming domain / Scavenger receptor Cys-rich / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemorrhagic toxin / Transmembrane protease serine 2 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Paeniclostridium sordellii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zhou R / Tao L / Zhan X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of TMPRSS2 recognition by Paeniclostridium sordellii hemorrhagic toxin.
著者: Ruoyu Zhou / Liuqing He / Jiahao Zhang / Xiaofeng Zhang / Yanyan Li / Xiechao Zhan / Liang Tao /
要旨: Hemorrhagic toxin (TcsH) is a major virulence factor produced by Paeniclostridium sordellii, which is a non-negligible threat to women undergoing childbirth or abortions. Recently, Transmembrane ...Hemorrhagic toxin (TcsH) is a major virulence factor produced by Paeniclostridium sordellii, which is a non-negligible threat to women undergoing childbirth or abortions. Recently, Transmembrane Serine Protease 2 (TMPRSS2) was identified as a host receptor of TcsH. Here, we show the cryo-EM structures of the TcsH-TMPRSS2 complex and uncover that TcsH binds to the serine protease domain (SPD) of TMPRSS2 through the CROP unit-VI. This receptor binding mode is unique among LCTs. Five top surface loops of TMPRSS2, which also determine the protease substrate specificity, constitute the structural determinants recognized by TcsH. The binding of TcsH inhibits the proteolytic activity of TMPRSS2, whereas its implication in disease manifestations remains unclear. We further show that mutations selectively disrupting TMPRSS2-binding reduce TcsH toxicity in the intestinal epithelium of the female mice. These findings together shed light on the distinct molecular basis of TcsH-TMPRSS2 interactions, which expands our knowledge of host recognition mechanisms employed by LCTs and provides novel targets for developing therapeutics against P. sordellii infections.
履歴
登録2023年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36303.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36303.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 278.272 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-5.729135 - 7.51492
平均 (標準偏差)-0.00055739126 (±0.10037074)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 278.272 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36303_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36303_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The TcsH-TMPRSS2 complex

全体名称: The TcsH-TMPRSS2 complex
要素
  • 複合体: The TcsH-TMPRSS2 complex
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protease serine 2
    • タンパク質・ペプチド: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Hemorrhagic toxin

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超分子 #1: The TcsH-TMPRSS2 complex

超分子名称: The TcsH-TMPRSS2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transmembrane protease serine 2

分子名称: Transmembrane protease serine 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: transmembrane protease serine 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.712984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GHHHHHHWKF MGSKCSNSGI ECDSSGTCIN PSNWCDGVSH CPGGEDENRC VRLYGPNFI LQVYSSQRKS WHPVCQDDWN ENYGRAACRD MGYKNNFYSS QGIVDDSGST SFMKLNTSAG NVDIYKKLYH S DACSSKAV ...文字列:
MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GHHHHHHWKF MGSKCSNSGI ECDSSGTCIN PSNWCDGVSH CPGGEDENRC VRLYGPNFI LQVYSSQRKS WHPVCQDDWN ENYGRAACRD MGYKNNFYSS QGIVDDSGST SFMKLNTSAG NVDIYKKLYH S DACSSKAV VSLRCIACGV NLNSSRQSQI VGGESALPGA WPWQVSLHVQ NVHVCGGSII TPEWIVTAAH CVEKPLNNPW HW TAFAGIL RQSFMFYGAG YQVEKVISHP NYDSKTKNND IALMKLQKPL TFNDLVKPVC LPNPGMMLQP EQLCWISGWG ATE EKGKTS EVLNAAKVLL IETQRCNSRY VYDNLITPAM ICAGFLQGNV DSCQGDSGGP LVTSKNNIWW LIGDTSWGSG CAKA YRPGV YGNVMVFTDW IYRQMRADG

UniProtKB: Transmembrane protease serine 2

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分子 #2: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Hemorrhagic toxin

分子名称: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Hemorrhagic toxin
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paeniclostridium sordellii (バクテリア)
分子量理論値: 87.735609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASMTGGQQM GRGSHHHHHH HHMKIEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEKF PQVAATGDGP DIIFWAHDR FGGYAQSGLL AEITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI YNKDLLPNPP KTWEEIPALD K ELKAKGKS ...文字列:
MASMTGGQQM GRGSHHHHHH HHMKIEEGKL VIWINGDKGY NGLAEVGKKF EKDTGIKVTV EHPDKLEEKF PQVAATGDGP DIIFWAHDR FGGYAQSGLL AEITPDKAFQ DKLYPFTWDA VRYNGKLIAY PIAVEALSLI YNKDLLPNPP KTWEEIPALD K ELKAKGKS ALMFNLQEPY FTWPLIAADG GYAFKYENGK YDIKDVGVDN AGAKAGLTFL VDLIKNKHMN ADTDYSIAEA AF NKGETAM TINGPWAWSN IDTSKVNYGV TVLPTFKGQP SKPFVGVLSA GINAASPNKE LAKEFLENYL LTDEGLEAVN KDK PLGAVA LKSYEEELAK DPRIAATMEN AQKGEIMPNI PQMSAFWYAV RTAVINAASG RQTVDEALKD AQTGSSSLEV LFQG PEFCT INNEKYYFSY DGILQNGYIT IGRLNFYFDS NNDSKMTTGV FKGPNGFEYF APANTYNNNL EGQAIVYQNK FLTIN GKKY YFDNKSKAVT GWQTIDGKKY YFNPNTAIAA MGWQAIDGKK YYFNPNTAIA TTGWQTIDGK KYYFNPNTAI AATGWQ AID GKKYYFNPNT ATTSIGYTTI NSKNFYFNND GIMQLGVFKG PDGFEYFAPA NTHNNNEEGQ SITYQNKFLI FNEDVYY FD SSSKAVTGWR TIDDHRFYFE PNTGIGANGY KTLDGKNFYF RNGLPQFGVF KGPDGFEYFA PANTHNNNEE GQSITYQN K FLVFLGNRYY FDSSSKAVTG WQTINGNTYY FMPDTAIAAA GGFFTIDGAI YFFGIDGVKQ PGIYG

UniProtKB: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein, Hemorrhagic toxin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 760140
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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