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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36205 | |||||||||
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タイトル | Human sodium-dependent vitamin C transporter 1 in an intermediate state | |||||||||
マップデータ | Unsharpened map by Refine3D | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transporter / Solute carrier / Ascorbic acid / Vitamin C / Sodium / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleobase transport / L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transport / nucleobase transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process ...nucleobase transport / L-ascorbate:sodium symporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transporter activity / L-ascorbic acid transmembrane transport / nucleobase transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transmembrane transporter activity / dehydroascorbic acid transport / sodium ion transmembrane transporter activity / Vitamin C (ascorbate) metabolism / L-ascorbic acid metabolic process / urate transmembrane transporter activity / intracellular organelle / sodium ion transport / basal plasma membrane / lung development / brain development / response to toxic substance / apical plasma membrane / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Kobayashi TA / Kusakizako T / Nureki O | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structures of human sodium-dependent vitamin C transporter 1 著者: Kobayashi TA / Kusakizako T / Nureki O | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36205.map.gz | 4.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36205-v30.xml emd-36205.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36205_fsc.xml | 9.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36205.png | 96.7 KB | ||
マスクデータ | emd_36205_msk_1.map | 5.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-36205.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_36205_half_map_1.map.gz emd_36205_half_map_2.map.gz | 4.6 MB 4.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36205 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36205 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36205_validation.pdf.gz | 815.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36205_full_validation.pdf.gz | 814.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36205_validation.xml.gz | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36205_validation.cif.gz | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36205 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36205 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36205.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map by Refine3D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.10667 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_36205_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36205_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36205_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human SVCT1 dimer in an intermediate state
全体 | 名称: Human SVCT1 dimer in an intermediate state |
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要素 |
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-超分子 #1: Human SVCT1 dimer in an intermediate state
超分子 | 名称: Human SVCT1 dimer in an intermediate state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 23 member 1
分子 | 名称: Solute carrier family 23 member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 64.860707 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MRAQEDLEGR TQHETTRDPS TPLPTEPKFD MLYKIEDVPP WYLCILLGFQ HYLTCFSGTI AVPFLLAEAL CVGHDQHMVS QLIGTIFTC VGITTLIQTT VGIRLPLFQA SAFAFLVPAK AILALERWKC PPEEEIYGNW SLPLNTSHIW HPRIREVQGA I MVSSVVEV ...文字列: MRAQEDLEGR TQHETTRDPS TPLPTEPKFD MLYKIEDVPP WYLCILLGFQ HYLTCFSGTI AVPFLLAEAL CVGHDQHMVS QLIGTIFTC VGITTLIQTT VGIRLPLFQA SAFAFLVPAK AILALERWKC PPEEEIYGNW SLPLNTSHIW HPRIREVQGA I MVSSVVEV VIGLLGLPGA LLNYIGPLTV TPTVSLIGLS VFQAAGDRAG SHWGISACSI LLIILFSQYL RNLTFLLPVY RW GKGLTLL RIQIFKMFPI MLAIMTVWLL CYVLTLTDVL PTDPKAYGFQ ARTDARGDIM AIAPWIRIPY PCQWGLPTVT AAA VLGMFS ATLAGIIESI GDYYACARLA GAPPPPVHAI NRGIFTEGIC CIIAGLLGTG NGSTSSSPNI GVLGITKVGS RRVV QYGAA IMLVLGTIGK FTALFASLPD PILGGMFCTL FGMITAVGLS NLQFVDMNSS RNLFVLGFSM FFGLTLPNYL ESNPG AINT GILEVDQILI VLLTTEMFVG GCLAFILDNT VPGSPEERGL IQWKAGAHAN SDMSSSLKSY DFPIGMGIVK RITFLK YIP ICPVFKGFSS SSKDQIAIPE DTPENTETAS VCTKV UniProtKB: Solute carrier family 23 member 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5907 / 平均電子線量: 50.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |