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万見
- EMDB-36195: Conformation 1 of the plant potassium channel SKOR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36195
タイトルConformation 1 of the plant potassium channel SKOR
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric SKOR complex
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel SKOR
キーワードvoltage-gated potassium channel / outward-rectifier / symmetry reduction / ploy-ankyrin domain / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium ion homeostasis / outward rectifier potassium channel activity / monoatomic ion channel complex / potassium ion transport
類似検索 - 分子機能
Potassium channel KAT/AKT / KHA domain / KHA, dimerisation domain of potassium ion channel / KHA domain profile. / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Potassium channel KAT/AKT / KHA domain / KHA, dimerisation domain of potassium ion channel / KHA domain profile. / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel SKOR
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Liu S / Li S / Sun D / Tian C
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21825703 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000854 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure reveals a symmetry reduction of the plant outward-rectifier potassium channel SKOR.
著者: Siyu Li / Yuanxia Wang / Chenyang Wang / Yong Zhang / Demeng Sun / Peng Zhou / Changlin Tian / Sanling Liu /
履歴
登録2023年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36195.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36195.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 320 pix.
= 323.2 Å		1.01 Å/pix.
x 320 pix.
= 323.2 Å		1.01 Å/pix.
x 320 pix.
= 323.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.22
最小 - 最大-0.63913965 - 1.2775164
平均 (標準偏差)0.0026395852 (±0.07594537)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 323.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36195_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36195_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric SKOR complex

全体名称: Tetrameric SKOR complex
要素
  • 複合体: Tetrameric SKOR complex
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel SKOR

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超分子 #1: Tetrameric SKOR complex

超分子名称: Tetrameric SKOR complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Potassium channel SKOR

分子名称: Potassium channel SKOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 94.011062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGGSSGGGVS YRSGGESDVE LEDYEVDDFR DGIVESRGNR FNPLTNFLGL DFAGGSGGKF TVINGIRDIS RGSIVHPDNR WYKAWTMFI LIWALYSSFF TPLEFGFFRG LPENLFILDI AGQIAFLVDI VLTFFVAYRD SRTYRMIYKR SSIALRYLKS T FIIDLLAC ...文字列:
MGGSSGGGVS YRSGGESDVE LEDYEVDDFR DGIVESRGNR FNPLTNFLGL DFAGGSGGKF TVINGIRDIS RGSIVHPDNR WYKAWTMFI LIWALYSSFF TPLEFGFFRG LPENLFILDI AGQIAFLVDI VLTFFVAYRD SRTYRMIYKR SSIALRYLKS T FIIDLLAC MPWDIIYKAA GEKEEVRYLL LIRLYRVHRV ILFFHKMEKD IRINYLFTRI VKLIFVELYC THTAACIFYY LA TTLPASQ EGYTWIGSLK LGDYSYSKFR EIDLWTRYTT SMYFAVVTMA TVGYGDIHAV NMREMIFAMV YISFDMILGA YLI GNMTAL IVKGSKTERF RDKMADIMRY MNRNKLGRNI RGQITGHLRL QYESSYTEAA VLQDIPVSIR AKIAQTLYLP YIEK VPLFR GCSSEFINQI VIRLHEEFFL PGEVIMEQGS VVDQLYFVCH GVLEEIGITK DGSEEIVAVL QPDHSFGEIS ILCNI PQPY TVRVAELCRI LRLDKQSFMN ILEIFFHDGR RILNNLLEGK ESNVRIKQLE SDITFHISKQ EAELALKLNS AAFYGD LYQ LKSLIRAGGD PNKTDYDGRS PLHLAASRGY EDITLYLIQE SVDVNIKDKL GSTPLLEAIK NGNDRVAALL VKEGATL NI ENAGTFLCTV VAKGDSDFLK RLLSNGIDPN SKDYDHRTPL HVAASEGFYV LAIQLVEASA NVLAKDRWGN TPLDEALG C GNKMLIKLLE DAKNSQISSF PSGSKEPKDK VYKKKCTVYF SHPGDSKEKR RRGIVLWVPR SIEELIRTAK EQLNVPEAS CVLSEDEAKI IDVDLISDGQ KLYLAVET

UniProtKB: Potassium channel SKOR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 129992
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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