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- EMDB-36192: DltB tetramer in complex with inhibitor m-AMSA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36192
タイトルDltB tetramer in complex with inhibitor m-AMSA
マップデータThis map is reconstructed from cryo-EM images collected from K3 camera of TITAN KRIOSg3i and is analysised mainly by the cryoSPARC and Relion.
試料
  • 複合体: DltB tetramer in complex with inhibitor m-AMSA.
    • タンパク質・ペプチド: Teichoic acid D-alanyltransferase
  • リガンド: N-[4-(acridin-9-ylamino)-3-methoxyphenyl]methanesulfonamide
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL
キーワードchannel / anti-virulence / MBOAT / DltB / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性D-alanyl transfer protein DltB / Alginate O-acetyltransferase AlgI/D-alanyl transfer protein DltB / lipoteichoic acid biosynthetic process / Membrane bound O-acyl transferase, MBOAT / MBOAT, membrane-bound O-acyltransferase family / acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / plasma membrane / Teichoic acid D-alanyltransferase
機能・相同性情報
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) / Streptococcus thermophilus LMG 18311 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Zhang P / Liu Z
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the transporting and catalyzing mechanism of DltB in LTA D-alanylation.
著者: Pingfeng Zhang / Zheng Liu /
要旨: DltB, a model member of the Membrane-Bound O-AcylTransferase (MBOAT) superfamily, plays a crucial role in D-alanylation of the lipoteichoic acid (LTA), a significant component of the cell wall of ...DltB, a model member of the Membrane-Bound O-AcylTransferase (MBOAT) superfamily, plays a crucial role in D-alanylation of the lipoteichoic acid (LTA), a significant component of the cell wall of gram-positive bacteria. This process stabilizes the cell wall structure, influences bacterial virulence, and modulates the host immune response. Despite its significance, the role of DltB is not well understood. Through biochemical analysis and cryo-EM imaging, we discover that Streptococcus thermophilus DltB forms a homo-tetramer on the cell membrane. We further visualize DltB in an apo form, in complex with DltC, and in complex with its inhibitor amsacrine (m-AMSA). Each tetramer features a central hole. The C-tunnel of each protomer faces the intratetramer interface and provides access to the periphery membrane. Each protomer binds a DltC without changing the tetrameric organization. A phosphatidylglycerol (PG) molecule in the substrate-binding site may serve as an LTA carrier. The inhibitor m-AMSA bound to the L-tunnel of each protomer blocks the active site. The tetrameric organization of DltB provides a scaffold for catalyzing D-alanyl transfer and regulating the channel opening and closing. Our findings unveil DltB's dual function in the D-alanylation pathway, and provide insight for targeting DltB as a anti-virulence antibiotic.
履歴
登録2023年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36192.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36192.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This map is reconstructed from cryo-EM images collected from K3 camera of TITAN KRIOSg3i and is analysised mainly by the cryoSPARC and Relion.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.7863302 - 1.1035136
平均 (標準偏差)0.0016279727 (±0.025187027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 265.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36192_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36192_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DltB tetramer in complex with inhibitor m-AMSA.

全体名称: DltB tetramer in complex with inhibitor m-AMSA.
要素
  • 複合体: DltB tetramer in complex with inhibitor m-AMSA.
    • タンパク質・ペプチド: Teichoic acid D-alanyltransferase
  • リガンド: N-[4-(acridin-9-ylamino)-3-methoxyphenyl]methanesulfonamide
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIACYL GLYCEROL

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超分子 #1: DltB tetramer in complex with inhibitor m-AMSA.

超分子名称: DltB tetramer in complex with inhibitor m-AMSA. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311
分子量理論値: 48 kDa/nm

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分子 #1: Teichoic acid D-alanyltransferase

分子名称: Teichoic acid D-alanyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
由来(天然)生物種: Streptococcus thermophilus LMG 18311 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311
分子量理論値: 51.780027 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH NYDIPTTENL YFQGSMIDFL KQLPHLEPYG NPFYFIYLGI ALLPIFIGLF FKKRFAIYEC LVSITFIVLA LTGTHASQI LALLFYIVWQ IIWVYSYKRY RSQRDNKWVF YLHSFLVVLP LILVKVEPTI NGTQSLLNFL GISYLTFRAV G MIIEMRDG ...文字列:
MGSSHHHHHH NYDIPTTENL YFQGSMIDFL KQLPHLEPYG NPFYFIYLGI ALLPIFIGLF FKKRFAIYEC LVSITFIVLA LTGTHASQI LALLFYIVWQ IIWVYSYKRY RSQRDNKWVF YLHSFLVVLP LILVKVEPTI NGTQSLLNFL GISYLTFRAV G MIIEMRDG VLKEFTLGEF LRFMLFMPTF TSGPIDRFKR FNEDYQSIPN RDELLNMLEQ AVKYIMLGFL YKFVLAQIFG SM LLPPLKA QALSQGGIFN LPTLGVMYVY GFDLFFDFAG YSMFALAVSN LMGIKSPINF DKPFISRDMK EFWNRWHMSL SFW FRDFVF MRLVIVLMRN KVFKNRNTTS NVAYIINMMV MGFWHGITWY YIAYGIFHGI GLVINDAWLR KKKTINKDRK KAGL KPLPE NKWTKALGIF ITFNTVMLSF LIFSGFLNDL WFTKK

UniProtKB: Teichoic acid D-alanyltransferase

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分子 #2: N-[4-(acridin-9-ylamino)-3-methoxyphenyl]methanesulfonamide

分子名称: N-[4-(acridin-9-ylamino)-3-methoxyphenyl]methanesulfonamide
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ASW
分子量理論値: 393.459 Da
Chemical component information

ChemComp-ASW:
N-[4-(acridin-9-ylamino)-3-methoxyphenyl]methanesulfonamide / アムサクリン / 抗腫瘍剤*YM

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分子 #3: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

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分子 #4: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 40 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #5: DIACYL GLYCEROL

分子名称: DIACYL GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: DGA
分子量理論値: 625.018 Da
Chemical component information

ChemComp-DGA:
DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 25.0 mM / 構成要素 - 名称: Hepes / 詳細: 20 mM Hopes-Na, pH7.5, 0.03% DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: After incubation on the grids at 277K under 100% humidity for 10 s, the grids were bloted for 3.0 s and then plunged frozen into liquid ethane cooled by liquid nitrogen using a Vitrobot..
詳細The DltB protein was purified in DDM, the tetramer fractions from gel filtration column were concentrated to about 10 mg/ml.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6buh


詳細: Crystal structure of a membrane-bound O-acyltransferase.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 294021
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8jem:
DltB tetramer in complex with inhibitor m-AMSA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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