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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36123 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the NmeCas9-sgRNA-AcrIIC4 ternary complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | a protein complex / VIRAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) / Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Yin H / Li Z / Yu GM / Li XZ | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the NmeCas9-sgRNA-AcrIIC4 ternary complex 著者: Yin H / Li Z / Yu GM / Li XZ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36123.map.gz | 78.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36123-v30.xml emd-36123.xml | 14.8 KB 14.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36123_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36123.png | 94.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36123.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_36123_half_map_1.map.gz emd_36123_half_map_2.map.gz | 77.7 MB 77.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36123 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36123 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36123_validation.pdf.gz | 835.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36123_full_validation.pdf.gz | 835 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36123_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36123_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36123 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36123 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ja0MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36123.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36123_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36123_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : a protein complex
全体 | 名称: a protein complex |
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要素 |
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-超分子 #1: a protein complex
超分子 | 名称: a protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) |
-分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子 | 名称: CRISPR-associated endonuclease Cas9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) |
分子量 | 理論値: 124.613883 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAAFKPNSIN YILGLDIGIA SVGWAMVEID EEENPIRLID LGVRVFERAE VPKTGDSLAM ARRLARSVRR LTRRRAHRLL RTRRLLKRE GVLQAANFDE NGLIKSLPNT PWQLRAAALD RKLTPLEWSA VLLHLIKHRG YLSQRKNEGE TADKELGALL K GVAGNAHA ...文字列: MAAFKPNSIN YILGLDIGIA SVGWAMVEID EEENPIRLID LGVRVFERAE VPKTGDSLAM ARRLARSVRR LTRRRAHRLL RTRRLLKRE GVLQAANFDE NGLIKSLPNT PWQLRAAALD RKLTPLEWSA VLLHLIKHRG YLSQRKNEGE TADKELGALL K GVAGNAHA LQTGDFRTPA ELALNKFEKE SGHIRNQRSD YSHTFSRKDL QAELILLFEK QKEFGNPHVS GGLKEGIETL LM TQRPALS GDAVQKMLGH CTFEPAEPKA AKNTYTAERF IWLTKLNNLR ILEQGSERPL TDTERATLMD EPYRKSKLTY AQA RKLLGL EDTAFFKGLR YGKDNAEAST LMEMKAYHAI SRALEKEGLK DKKSPLNLSP ELQDEIGTAF SLFKTDEDIT GRLK DRIQP EILEALLKHI SFDKFVQISL KALRRIVPLM EQGKRYDEAC AEIYGDHYGK KNTEEKIYLP PIPADEIRNP VVLRA LSQA RKVINGVVRR YGSPARIHIE TAREVGKSFK DRKEIEKRQE ENRKDREKAA AKFREYFPNF VGEPKSKDIL KLRLYE QQH GKCLYSGKEI NLGRLNEKGY VEIDHALPFS RTWDDSFNNK VLVLGSENQN KGNQTPYEYF NGKDNSREWQ EFKARVE TS RFPRSKKQRI LLQKFDEDGF KERNLNDTRY VNRFLCQFVA DRMRLTGKGK KRVFASNGQI TNLLRGFWGL RKVRAEND R HHALDAVVVA CSTVAMQQKI TRFVRYKEMN AFDGKTIDKE TGEVLHQKTH FPQPWEFFAQ EVMIRVFGKP DGKPEFEEA DTLEKLRTLL AEKLSSRPEA VHEYVTPLFV SRAPNRKMSG QGHMETVKSA KRLDEGVSVL RVPLTQLKLK DLEKMVNRER EPKLYEALK ARLEAHKDDP AKAFAEPFYK YDKAGNRTQQ VKAVRVEQVQ KTGVWVRNHN GIADNATMVR VDVFEKGDKY Y LVPIYSWQ VAKGILPDRA VVQGKDEEDW QLIDDSFNFK FSLHPNDLVE VITKKARMFG YFASCHRGTG NINIRIHDLD HK IGKNGIL EGIGVKTALS FQKYQIDELG KEIRPCRLKK RPPVR UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas9 |
-分子 #2: Uncharacterized protein
分子 | 名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Haemophilus parainfluenzae (パラインフルエンザ菌) |
分子量 | 理論値: 9.985316 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKITSSNFAT IATSENFAKL SVLPKNHREP IKGLFKSAVE QFSSARDFFK NENYSKELAE KFNKEAVNEA VEKLQKAIDL AEKQGIQF UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: RNA (117-MER)
分子 | 名称: RNA (117-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) |
分子量 | 理論値: 37.367059 KDa |
配列 | 文字列: UAACUUUACG UUGUAGCUCC CUUUCUCGAA AGAGAACCGU UGCUACAAUA AGGCCGUCUG AAAAGAUGUG CCGCAACGCU CUGCCCCUU AAAGCUCCUG CUUUAAGGGG CAUCGUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |