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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36071 | |||||||||
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タイトル | Membrane bound PRTase, C3 symmetry, donor bound | |||||||||
マップデータ | EM map of a membrane-bound PRTase, C3 symmetry donor-bound | |||||||||
試料 |
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キーワード | phosphoribose transferase complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase / arabinosyltransferase activity / glycolipid biosynthetic process / capsule polysaccharide biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / cell wall organization / transferase activity / magnesium ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu FY / Gao S / Zhang L / Rao ZH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2024 タイトル: Structural analysis of phosphoribosyltransferase-mediated cell wall precursor synthesis in Mycobacterium tuberculosis. 著者: Shan Gao / Fangyu Wu / Sudagar S Gurcha / Sarah M Batt / Gurdyal S Besra / Zihe Rao / Lu Zhang / 要旨: In Mycobacterium tuberculosis, Rv3806c is a membrane-bound phosphoribosyltransferase (PRTase) involved in cell wall precursor production. It catalyses pentosyl phosphate transfer from phosphoribosyl ...In Mycobacterium tuberculosis, Rv3806c is a membrane-bound phosphoribosyltransferase (PRTase) involved in cell wall precursor production. It catalyses pentosyl phosphate transfer from phosphoribosyl pyrophosphate to decaprenyl phosphate, to generate 5-phospho-β-ribosyl-1-phosphoryldecaprenol. Despite Rv3806c being an attractive drug target, structural and molecular mechanistic insight into this PRTase is lacking. Here we report cryogenic electron microscopy structures for Rv3806c in the donor- and acceptor-bound states. In a lipidic environment, Rv3806c is trimeric, creating a UbiA-like fold. Each protomer forms two helical bundles, which, alongside the bound lipids, are required for PRTase activity in vitro. Mutational and functional analyses reveal that decaprenyl phosphate and phosphoribosyl pyrophosphate bind the intramembrane and extramembrane cavities of Rv3806c, respectively, in a distinct manner to that of UbiA superfamily enzymes. Our data suggest a model for Rv3806c-catalysed phosphoribose transfer through an inverting mechanism. These findings provide a structural basis for cell wall precursor biosynthesis that could have potential for anti-tuberculosis drug development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36071.map.gz | 106.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36071-v30.xml emd-36071.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36071.png | 38.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36071.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_36071_half_map_1.map.gz emd_36071_half_map_2.map.gz | 104.8 MB 104.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36071 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36071 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36071_validation.pdf.gz | 715.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36071_full_validation.pdf.gz | 714.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36071_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36071_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36071 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36071 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8j8jMC 8j8kC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36071.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | EM map of a membrane-bound PRTase, C3 symmetry donor-bound | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: EM half map B of a membrane-bound PRTase, C3 symmetry donor-bound
ファイル | emd_36071_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half map B of a membrane-bound PRTase, C3 symmetry donor-bound | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EM half map A of a membrane-bound PRTase, C3 symmetry donor-bound
ファイル | emd_36071_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EM half map A of a membrane-bound PRTase, C3 symmetry donor-bound | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : trimeric phosphoribosyltransferase
全体 | 名称: trimeric phosphoribosyltransferase |
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要素 |
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-超分子 #1: trimeric phosphoribosyltransferase
超分子 | 名称: trimeric phosphoribosyltransferase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: trimeric phosphoribosyltransferase, donor bound |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
分子量 | 理論値: 97.8 KDa |
-分子 #1: Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase
分子 | 名称: Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
分子量 | 理論値: 32.682355 KDa |
組換発現 | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
配列 | 文字列: MSEDVVTQPP ANLVAGVVKA IRPRQWVKNV LVLAAPLAAL GGGVRYDYVE VLSKVSMAFV VFSLAASAVY LVNDVRDVEA DREHPTKRF RPIAAGVVPE WLAYTVAVVL GVTSLAGAWM LTPNLALVMV VYLAMQLAYC FGLKHQAVVE ICVVSSAYLI R AIAGGVAT ...文字列: MSEDVVTQPP ANLVAGVVKA IRPRQWVKNV LVLAAPLAAL GGGVRYDYVE VLSKVSMAFV VFSLAASAVY LVNDVRDVEA DREHPTKRF RPIAAGVVPE WLAYTVAVVL GVTSLAGAWM LTPNLALVMV VYLAMQLAYC FGLKHQAVVE ICVVSSAYLI R AIAGGVAT KIPLSKWFLL IMAFGSLFMV AGKRYAELHL AERTGAAIRK SLESYTSTYL RFVWTLSATA VVLCYGLWAF ER DGYSGSW FAVSMIPFTI AILRYAVDVD GGLAGEPEDI ALRDRVLQLL ALAWIATVGA AVAFG UniProtKB: Decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase |
-分子 #2: 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose
分子 | 名称: 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: PRP |
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分子量 | 理論値: 390.07 Da |
Chemical component information | ChemComp-PRP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...
分子 | 名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: PGW |
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分子量 | 理論値: 749.007 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 40 sec. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % | |||||||||
詳細 | This sample was mono disperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 9908 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |