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- EMDB-36070: SPARTA monomer bound with guide-target, state 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36070
タイトルSPARTA monomer bound with guide-target, state 2
マップデータ
試料
  • 複合体: Short ago complexed with TIR-APAZ
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3')
    • DNA: DNA (25-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Piwi domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: TIR domain-containing protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードSPARTA / Ago / Tir / DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性TIR domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / nucleic acid binding / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / signal transduction / Piwi domain-containing protein / TIR domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li ZX / Guo LJ / Huang PP / Xiao YB / Chen MR
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)Nos.2018YFA0902000 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)ZX-2021ZD0203404 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)Nos. 32271330 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)Nos. 32000889 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970547 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Auto-inhibition and activation of a short Argonaute-associated TIR-APAZ defense system.
著者: Lijie Guo / Pingping Huang / Zhaoxing Li / Young-Cheul Shin / Purui Yan / Meiling Lu / Meirong Chen / Yibei Xiao /
要旨: Short prokaryotic Ago accounts for most prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) and is involved in defending bacteria against invading nucleic acids. Short pAgo associated with TIR-APAZ (SPARTA) has ...Short prokaryotic Ago accounts for most prokaryotic Argonaute proteins (pAgos) and is involved in defending bacteria against invading nucleic acids. Short pAgo associated with TIR-APAZ (SPARTA) has been shown to oligomerize and deplete NAD upon guide-mediated target DNA recognition. However, the molecular basis of SPARTA inhibition and activation remains unknown. In this study, we determined the cryogenic electron microscopy structures of Crenotalea thermophila SPARTA in its inhibited, transient and activated states. The SPARTA monomer is auto-inhibited by its acidic tail, which occupies the guide-target binding channel. Guide-mediated target binding expels this acidic tail and triggers substantial conformational changes to expose the Ago-Ago dimerization interface. As a result, SPARTA assembles into an active tetramer, where the four TIR domains are rearranged and packed to form NADase active sites. Together with biochemical evidence, our results provide a panoramic vision explaining SPARTA auto-inhibition and activation and expand understanding of pAgo-mediated bacterial defense systems.
履歴
登録2023年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年4月10日-
現状2024年4月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36070.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36070.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.3645371 - 0.71136135
平均 (標準偏差)-0.000052798692 (±0.01575059)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 268.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36070_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36070_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Short ago complexed with TIR-APAZ

全体名称: Short ago complexed with TIR-APAZ
要素
  • 複合体: Short ago complexed with TIR-APAZ
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3')
    • DNA: DNA (25-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Piwi domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: TIR domain-containing protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Short ago complexed with TIR-APAZ

超分子名称: Short ago complexed with TIR-APAZ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #3-#4, #1-#2
由来(天然)生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア)

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分子 #1: Piwi domain-containing protein

分子名称: Piwi domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 61.857793 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMKELIY IEEPSILFAH GQKCTDPRDG LALFGPLNQI YGIKSGVVGT QKGLQIFKS YLDKIQKPIY NHNNITRPMF PGFEAVFGCK WESQNIVFKE ITDEEIRRYL FNASTHKRTY DLVTLFNDKI I TANKNDEE ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMKELIY IEEPSILFAH GQKCTDPRDG LALFGPLNQI YGIKSGVVGT QKGLQIFKS YLDKIQKPIY NHNNITRPMF PGFEAVFGCK WESQNIVFKE ITDEEIRRYL FNASTHKRTY DLVTLFNDKI I TANKNDEE RVDVWFVIVP EEIYKYCRPN SVLPNELVQT KSLISKSKAK SFRYTPTLFE EFNKKLKEVE KEAKTYNYDA QF HDQLKAR LLEHTIPTQI LRESTLAWRD FKNTFGAPIR DFSKIEGHLA WTISTAAYYK AGGKPWKLGD IRPGVCYLGL VYK KIEKSK NPQNACCAAQ MFLDNGDGTV FKGEVGPWYN PEKGEYHLKP KEAKALLTQA LESYKEQNKS YPKEVFIHAR TRFN DEEWN AFNEVTPKNT NLVGVTITKS KPLKLYKTEG AFPIMRGNAY IVDEKKAFLW TLGFVPKLQS TLSMEVPNPI FIEIN KGEA EIQQVLKDIL ALTKLNYNAC IYADGEPVTL RFANKIGEIL TASTEIKTPP LAFKYYI

UniProtKB: Piwi domain-containing protein

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分子 #2: TIR domain-containing protein

分子名称: TIR domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 56.809668 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMRNKIF ISHATPEDDD FTRWLSLKLI GLGYEVWCDI LFLDKGVDFW STIEKEIRE NTCKFLIVSS TAGNKREGVL KELAVATKVK KHLQDDMFII PLAIDENLSY DDINIEIVRL NAIDFKKSWA K GLQDLLDA ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMRNKIF ISHATPEDDD FTRWLSLKLI GLGYEVWCDI LFLDKGVDFW STIEKEIRE NTCKFLIVSS TAGNKREGVL KELAVATKVK KHLQDDMFII PLAIDENLSY DDINIEIVRL NAIDFKKSWA K GLQDLLDA FEKQNVPKKP PDHSKSNLLY QQIFLHDKQA IEKEETYDSN WFPIISFPNE LRFHRYDWRL PKQFDVRTLA FP AIRYKEY LCTFAWEYDF IHQLPKTETY NGQESIRIST SDILSGRYDT DFIRNYECQR LIVQLINKAF ELRMKDKNVR EYQ MSKTFA YWIEKGKLEK DKFEKIKLVG KQKNKYWHFG ISAAGKLYPS PVLMVSSHII FTMDGINLIK SKSIQHSSRR KQGK NWWND KWREKLLAFI RFLSDDQNAI YLNVGSEEKI LISNKPLKFF GKMSYVTPSE VTLEEESVLA DINNFEEDTE DLDEL EDIE

UniProtKB: TIR domain-containing protein

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分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP...

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*UP*CP*UP*AP*AP*UP*CP*UP*AP*UP*UP*AP*GP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 6.651949 KDa
配列文字列:
UGACGGCUCU AAUCUAUUAG U

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分子 #4: DNA (25-MER)

分子名称: DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermoflavifilum thermophilum (バクテリア)
分子量理論値: 7.675 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DG) (DT)(DC)(DA)(DA)(DT)

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 117819
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8j8h:
SPARTA monomer bound with guide-target, state 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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